Per citar aquest document: http://ddd.uab.cat/record/103759
Deciphering the genetic architecture of prolificacy related traits in an experimental Iberian x Meishan F2 intercross
Balcells Ortega, Ingrid
Sánchez Bonastre, Armando, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Tomás Sangenís, Anna, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments

Publicació: [Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2012
Descripció: 1 recurs electrònic (264 p.)
Resum: Els caràcters reproductius són de gran interès en la indústria porcina per tal de millorar l'eficiència productiva. En estudis previs, utilitzant un creuament experimental F2 entre les races Ibèric (Ib) i Meishan (Me) es van identificar varis QTL afectant varis caràcters reproductius (Noguera et al. , 2009, Fernandez-Rodriguez et al. , 2010, Rodriguez et al. , 2005). En particular, es van identificar 2 QTL amb efecte al nombre de garrins nascuts vius (NV) i al nombre total de garrins nascuts (NT) localitzats en els cromosomes porcins 13 (SSC13) i SSC17 (Noguera et al. , 2009). Per tal de poder identificar els gens responsables dels QTL en el SSC13, es van analitzar quatre gens candidats (ITIH1, ITIH3, ITIH4 and MUC4). La caracterització del clúster de gens ITIH va permetre identificar que aquests tenen un efecte sobre el NV però que és independent dels QTL associats a la mida de la ventrada. Els anàlisis del gen MUC4, que es troba localitzat dins l'interval de confiança del QTL en el SSC13, van determinar una associació significativa entre un SNP dins d'aquest gen i els caràcters NV i NT, tot i que l'efecte era superior pel NV. A més, l'expressió del gen MUC4 en l'úter és dues vegades superior en truges d'alta prolificitat. Per tal de millorar el nostre coneixement envers l'arquitectura genètica dels caràcters relacionats amb la prolificitat, es va analitzar el transcriptoma a nivell d'expressió gènica en úter així com també els nivells d'expressió de miRNAs tant en úter com en ovari. Aquests estudis es van realitzar utilitzant truges F2 IbxMe que presentaven fenotips extrems pels nivells de prolificitat definits com el nombre d'embrions (NE) units a l'úter a dia 30-32 de la gestació. En l'úter de les truges d'alta prolificitat es van identificar 101 gens (upregulated) implicats en la resposta inflamatòria enfront als estímuls i en el desenvolupament del teixit muscular. Per altra banda, 196 gens (downregulated) es van relacionar amb el desenvolupament del teixit muscular, l'organització d'unió cel·lular, en processos d'adhesió, en la regulació biològica, en processos del sistema muscular i circulatori i en el transport. L'estudi del microRNAoma va identificar els miR-125b-5p, miR-200C-3p, miR-23b-3p, miR-23-3p i miR-99-5p com els més abundants en l'úter de les truges gestants, mentre que l'expressió de miR-139- 5p, miR-150-5p, miR-27-3p i miR-20-5P es van associar amb els nivells de prolificitat. Entre tots els possibles gens diana per als miRNAs relacionats amb la prolificitat, es troben 32 gens localitzats dins l'interval de confiança per als QTL de prolificitat i, per tant, es van proposar com a bons gens candidats per a ser estudiats. Entre aquests, es troba el gen MUC4 que és de gran interès per a ser el responsable del QTL en el SSC13 ja que reuneix varis criteris; es localitza dins l'interval de confiança del QTL en el SSC13, té un efecte sobre la mida de la ventrada, el seu nivell d'expressió es relaciona amb els nivells de prolificitat i pot ser regulat pel miR-150-5p, que també es va trobar diferencialment expressat en relació amb els nivells de prolificitat. D'altra banda, en ovari, els miR-146a-5p i miR-142-3p, involucrats en processos del sistema immunològic i en la homeòstasis cel·lular, estan diferencialment expressats en relació amb els nivells de prolificitat. Quatre gens diana per aquests miRNAs (LRRK1, CCL8, CPEB2 and BAT1) es troben dins l'interval de confiança per als QTL amb efecte per la prolificitat, fet que fa que siguin bons candidats a ser estudiats. Finalment, es va dissenyar un nou mètode RT-qPCR molt específic, sensible i precís per tal de mesurar els nivell d'expressió dels miRNAs mitjançant l'ús d'encebadors d'ADN.
Resum: Reproductive traits are of great interest in the swine industry to improve the pig efficiency production. In a previous study, several QTL affecting reproductive traits were identified in an Iberian (Ib) x Meishan (Me) F2 population (Noguera et al. , 2009, Fernandez-Rodriguez et al. , 2010, Rodriguez et al. , 2005). In particular, two QTL for the number of piglets born alive (NBA) and the total number of piglets born (TNB) were located on porcine chromosomes 13 (SSC13) and SSC17 (Noguera et al. , 2009). To identify genes responsible for the prolificacy QTL on SSC13, four candidate genes (ITIH1, ITIH3, ITIH4 and MUC4) were analysed. Analyses for ITIH gene cluster showed that these genes had an effect on NBA independent of litter size QTL. Results for MUC4 gene, located within the confidence interval of the QTL on SSC13, determined that a SNP within the MUC4 gene was associated with NBA and TNB although the effect was stronger for NBA. In addition, uterine MUC4 expression was two-fold higher in high prolificacy sows. To better understand the genetic basis of prolificacy related traits, transcriptome analyses, which included the study of uterine gene expression as well as the miRNA expression profile in the uterus and in the ovary, was performed. For this, IbxMe F2 sows displaying extreme phenotypes regarding the prolificacy levels defined as the number of embryos (NE) attached to the uterus at day 30-32 of the gestation were used. In uterus of high prolificacy sows, 101 genes involved in the inflammatory response to stimulus and muscle tissue development were upregulated whereas 196 genes that participated in muscle tissue development, cell junction organization and adhesion, biological regulation, muscle and circulatory system processes, and transport were downregulated. The microRNAome identified the miR-125b-5p, miR-200c-3p, miR-23b-3p, miR-23a-3p and miR-99a-5p as the most abundant miRNAs in uterus of pregnant sows while expression of miR-139-5p, miR-150-5p, miR-27a-3p and miR-20-5p was associated with prolificacy levels. Among predicted gene target for uterine prolificacy-related miRNAs, 32 were located within the confidence interval of the QTL for NBA and TNB and therefore, they are proposed to be good candidate genes to be further investigated. Importantly, among these candidate genes, it is found MUC4 gene which is of great interest to be the responsible for the prolificacy QTL on SSC13 because it fulfilled several criteria: it is located within the QTL confidence interval with an effect on NBA and TNB, its expression level varies regarding the prolificacy level of sows, and it is targeted by miR-150-5p, a miRNA that was also found diferentially expressed regarding the prolificacy levels. On the other hand, ovarian miR-146a-5p and miR-142-3p, involved in immune system processes and cellular homeostasis, were differentially expressed regarding prolificacy levels. Four predicted target genes (LRRK1, CCL8, CPEB2 and BAT1), located within confidence intervals for prolificacy QTL, are good candidate genes to be studied for QTL on litter size. Alternatively, we have designed a new RT-qPCR methodology, by using DNA primers to measure miRNA expression, which is highly specific, sensitive and accurate.
Nota: Tesi doctoral - Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments, 2012
Drets: ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
Llengua: Anglès.
Document: Tesis i dissertacions electròniques ; doctoralThesis
Matèria: Genètica veterinària ; Porcs ; Reproducció ; Tesis doctorals

Adreça alternativa: http://hdl.handle.net/10803/96517


264 p, 2.5 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Tesis doctorals

 Registre creat el 2013-02-13, darrera modificació el 2016-04-17



   Favorit i Compartir