Per citar aquest document: http://ddd.uab.cat/record/113569
Prediction of enzyme function by combining sequence similarity and protein interactions
Espadaler, Jordi (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut)
Eswar, Narayanan (University of California. Departments of Biopharmaceutical Sciences and Pharmaceutical Chemistry)
Querol Murillo, Enrique (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica)
Avilés, Francesc X. (Francesc Xavier) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica)
Sali, Andrej (University of California. Departments of Biopharmaceutical Sciences and Pharmaceutical Chemistry)
Martí Renom, Marc A. (Centro de Investigación Príncipe Felipe (València))
Oliva Miguel, Baldomero (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut)

Data: 2008
Resum: Background: A number of studies have used protein interaction data alone for protein function prediction. Here, we introduce a computational approach for annotation of enzymes, based on the observation that similar protein sequences are more likely to perform the same function if they share similar interacting partners. Results: The method has been tested against the PSI-BLAST program using a set of 3,890 protein sequences from which interaction data was available. For protein sequences that align with at least 40% sequence identity to a known enzyme, the specificity of our method in predicting the first three EC digits increased from 80% to 90% at 80% coverage when compared to PSI-BLAST. Conclusion: Our method can also be used in proteins for which homologous sequences with known interacting partners can be detected. Thus, our method could increase 10% the specificity of genome-wide enzyme predictions based on sequence matching by PSI-BLAST alone.
Nota: Número d'acord de subvenció MEC/BIO2005-00533
Nota: Número d'acord de subvenció MEC/BIO2007-67904-C02-01
Nota: Número d'acord de subvenció MEC/BIO2007-66670
Nota: Número d'acord de subvenció MEC/BIO2007-68046
Nota: Número d'acord de subvenció MEC/PSE-010000-2007-1
Drets: Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original. Creative Commons
Llengua: Anglès
Document: publishedVersion ; recerca
Publicat a: BMC Bioinformatics, Vol. 9, N. 249 (May 2008), p. 1-8, ISSN 1471-2105

DOI: 10.1186/1471-2105-9-249


8 p, 958.4 KB

1 p, 6.4 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats

 Registre creat el 2013-12-02, darrera modificació el 2016-11-29



   Favorit i Compartir