Per citar aquest document: http://ddd.uab.cat/record/44177
Approximating subtree distances between Phylogenies
Bonet Carbonell, Maria Luisa
Mahindru, Ruchi
Amenta, Nina
St. John, Katherine
Centre de Recerca Matemàtica

Publicació: Centre de Recerca Matemàtica 2006
Col·lecció: Prepublicacions del Centre de Recerca Matemàtica ; 669
Resum: We give a 5-approximation algorithm to the rooted Subtree-Prune-and-Regraft (rSPR) distance between two phylogenies, which was recently shown to be NP-complete by Bordewich and Semple [5]. This paper presents the first approximation result for this important tree distance. The algorithm follows a standard format for tree distances such as Rodrigues et al. [24] and Hein et al. [13]. The novel ideas are in the analysis. In the analysis, the cost of the algorithm uses a \cascading" scheme that accounts for possible wrong moves. This accounting is missing from previous analysis of tree distance approximation algorithms. Further, we show how all algorithms of this type can be implemented in linear time and give experimental results.
Drets: Aquest document està subjecte a una llicència d'ús de Creative Commons, amb la qual es permet copiar, distribuir i comunicar públicament l'obra sempre que se'n citin l'autor original, la universitat i el centre i no se'n faci cap ús comercial ni obra derivada, tal com queda estipulat en la llicència d'ús Creative Commons
Llengua: Anglès.
Document: preprint
Matèria: Filogènia ; Mètodes estadístics ; Arbres (Teoria dels grafs)

Adreça alternativa: http://hdl.handle.net/2072/2028


23 p, 286.0 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Prepublicacions

 Registre creat el 2009-07-13, darrera modificació el 2016-06-11



   Favorit i Compartir