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Epigenetic regulation during cancer transitions across 11 tumour types
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Terekhanova, Nadezhda V. (Washington University in St Louis) ;
Karpova, Alla (Washington University in St Louis) ;
Liang, Wen Wei (Washington University in St Louis) ;
Strzalkowski, Alexander (Department of Computer Science. Princeton University) ;
Chen, Siqi (Washington University in St Louis) ;
Li, Yize (Washington University in St Louis) ;
Southard-Smith, Austin N. (Washington University in St Louis) ;
Iglesia, Michael D. (Washington University in St Louis) ;
Wendl, Michael C. (Washington University in St Louis) ;
Jayasinghe, Reyka G. (Washington University in St Louis) ;
Liu, Jingxian (Washington University in St Louis) ;
Song, Yizhe (Washington University in St Louis) ;
Cao, Song (Washington University in St Louis) ;
Houston, Andrew (Washington University in St Louis) ;
Liu, Xiuting (Department of Medicine. Washington University in St Louis) ;
Wyczalkowski, Michael A. (Washington University in St Louis) ;
Lu, Rita Jui-Hsien (Washington University in St Louis) ;
Caravan, Wagma (Washington University in St Louis) ;
Shinkle, Andrew (Department of Medicine. Washington University in St Louis) ;
Naser Al Deen, Nataly (Washington University in St Louis) ;
Herndon, John M. (Washington University in St Louis) ;
Mudd, Jacqueline (Department of Surgery. Washington University in St Louis) ;
Ma, Cong (Department of Computer Science. Princeton University) ;
Sarkar, Hirak (Department of Computer Science. Princeton University) ;
Sato, Kazuhito (Washington University in St Louis) ;
Ibrahim, Omar.M. (Washington University in St Louis) ;
Mo, Chia-Kuei (Washington University in St Louis) ;
Chasnoff, Sara E. (Washington University in St Louis) ;
Porta-Pardo, Eduard (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) ;
Held, Jasson M. (Washington University in St Louis) ;
Pachynski, Russell (Washington University in St Louis) ;
Schwarz, Julie K. (Department of Radiation Oncology. Washington University in St Louis) ;
Gillanders, William E. (Washington University in St Louis) ;
Kim, Albert H. (Department of Neurological Surgery. Washington University in St Louis) ;
Vij, Ravi (Washington University in St Louis) ;
DiPersio, John.F. (Washington University in St Louis) ;
Puram, Sidharth V. (Department of Otolaryngology-Head & Neck Surgery. Washington University in St Louis) ;
Chheda, Milan G. (Washington University in St Louis) ;
Fuh, Katherine C. (Department of Obstetrics and Gynecology. Washington University in St Louis) ;
DeNardo, David G. (Washington University in St Louis) ;
Fields, Ryan C. (Washington University in St Louis) ;
Chen, Feng (Washington University in St Louis) ;
Raphael, Benjamin J. (Department of Computer Science. Princeton University) ;
Ding, Li (Department of Genetics. Washington University in St Louis)
Chromatin accessibility is essential in regulating gene expression and cellular identity, and alterations in accessibility have been implicated in driving cancer initiation, progression and metastasis. [...]
2023 -  10.1038/s41586-023-06682-5
Nature, Vol. 623 Núm. 7986 (september 2023) , p. 432-441
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Integrative multi-omic cancer profiling reveals DNA methylation patterns associated with therapeutic vulnerability and cell-of-origin
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Liang, Wen-Wei (Washington University in St. Louis) ;
Lu, Rita Jui-Hsien Lu (Washington University in St. Louis) ;
Jayasinghe, Reyka G. (Washington University in St. Louis) ;
Foltz, Steven M. (Washington University in St. Louis) ;
Porta-Pardo, Eduard (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) ;
Geffen, Yifat (Massachusetts General Hospital) ;
Wendl, Michael C. (Department of Mathematics. Washington University in St. Louis) ;
Lazcano, Rossana (Departments of Pathology & Genomic Medicine. The University of Texas MD Anderson Cancer Center) ;
Kolodziejczak, Iga (Medical University of Warsaw) ;
Song, Yizhe (Washington University in St. Louis) ;
Govindan, Akshay (Washington University in St. Louis) ;
Demicco, Elisabeth G. (University of Toronto) ;
Li, Xiang (Washington University in St. Louis) ;
Li, Yize (Washington University in St. Louis) ;
Sethuraman, Sunantha (Washington University in St. Louis) ;
Payne, Samuel H. (Department of Biology. Brigham Young University) ;
Fenyö, David (Department of Biochemistry and Molecular Pharmacology. NYU Grossman School of Medicine) ;
Rodriguez, Henry (Office of Cancer Clinical Proteomics Research. National Cancer Institute) ;
Wiznerowicz, Maciej (Poznań University of Medical Sciences) ;
Shen, Hui (Van Andel Research Institute) ;
Mani, D.R. (Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard) ;
Rodland, Karin D. (Developmental. and Cancer Biology. Oregon Health & Science University) ;
Lazar, Alexander J. (Departments of Pathology & Genomic Medicine. The University of Texas MD Anderson Cancer Center) ;
Robles, Ana I. (Office of Cancer Clinical Proteomics Research) ;
Ding, Li (Washington University in St. Louis) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
DNA methylation plays a critical role in establishing and maintaining cellular identity. However, it is frequently dysregulated during tumor development and is closely intertwined with other genetic alterations. [...]
2023 - 10.1016/j.ccell.2023.07.013
Cancer Cell, Vol. 41 Núm. 9 (november 2023) , p. 1567-1585.e7
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Detection of oncogenic and clinically actionable mutations in cancer genomes critically depends on variant calling tools
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García-Prieto, Carlos A (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) ;
Martínez Jiménez, Francisco (Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona)) ;
Valencia, Alfonso (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) ;
Porta-Pardo, Eduard (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras)
Motivation: The analysis of cancer genomes provides fundamental information about its etiology, the processes driving cell transformation or potential treatments. While researchers and clinicians are often only interested in the identification of oncogenic mutations, actionable variants or mutational signatures, the first crucial step in the analysis of any tumor genome is the identification of somatic variants in cancer cells (i. [...]
2022 - 10.1093/bioinformatics/btac306
Bioinformatics, Vol. 38 Núm. 12 (15 2022) , p. 3181-3191
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Neuroblastoma in Spain : Linking the national clinical database and epidemiological registries - A study by the Joint Action on Rare Cancers
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Cañete, Adela (Hospital Universitari i Politècnic La Fe (València)) ;
Peris-Bonet, Rafael (Universitat de València) ;
Capocaccia, Riccardo (Direzione scientifica, Epidemiologia & Prevenzione (Milan, Itàlia)) ;
Pardo-Romaguera, Elena (Universitat de València) ;
Segura, Vanessa (Instituto de Investigación Sanitaria La Fe (València). Grupo de Investigación Clínica y Traslacional en Cáncer. Servicio de Oncología médica y Pediátrica) ;
Muñoz-López, Ana (Universitat de València. Registro Nacional de Tumores Infantiles) ;
Fernandez-Teijeiro, Ana (Hospital Universitario Virgen Macarena (Sevilla, Andalusia)) ;
Galceran, Jaume (Red Española de Registros de Cáncer (REDECAN)) ;
Gatta, Gemma (Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori di Milano) ;
Almazán, Francisco (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol) ;
Benito, A.I. (Hospital Materno-Infantil Carlos Haya) ;
Buedo Rubio, María Isabel (Complejo Hospitalario Universitario de Albacete) ;
Calvo, Carlota (Hospital Universitario Miguel Servet (Saragossa)) ;
Cruz, Ofelia (Hospital Sant Joan de Déu (Manresa)) ;
Esquembre, Carlos S. (Hospital General Universitario de Alicante (Alacant, País Valencià)) ;
Jorge Fernández, Mónica (Hospital Clínico Universitario de Santiago (Santiago de Compostel·la)) ;
Fuster, Jose Luis (Hospital Universitario Virgen de la Arrixaca (Múrcia)) ;
García, M. (Hospital General Universitario Gregorio Marañón) ;
Gil López, Celia (Hospital Universitario Clínico San Carlos (Madrid)) ;
Gómez, J. (Hospital Universitario Nuestra Señora de Candelaria (Santa Cruz de Tenerife)) ;
Gondra, Ainhoa (Hospital Universitario de Basurto (Bilbao, Biscaia)) ;
González, M. (Hospital Universitario de Canarias (La Laguna)) ;
González, H. (Hospital Clinico Universitario de Valladolid) ;
Herrero, Blanca (Hospital Universitario La Moraleja) ;
Lassaletta, Álvaro (Hospital Infantil Universitario Niño Jesús (Madrid)) ;
López Almaraz , Ricardo (Hospital Universitario de Cruces) ;
López-Ibor Aliño, Blanca (Hospital Montepríncipe) ;
Madero López, Luis (Hospital Universitario Quironsalud) ;
Maldonado, Soledad (Hospital Universitario Ramón y Cajal (Madrid)) ;
Mares, F.J. (Hospital Clínico Universitario de Valencia) ;
Márquez Vega, Catalina (Hospital Universitario Virgen del Rocío (Sevilla, Andalusia)) ;
Mateos, M.E. (Hospital Universitario Reina Sofía (Córdoba, Espanya)) ;
Melwani, K. (Hospital Materno Infantil de Las Palmas de Gran Canaria) ;
Mendoza, M.C. (Hospital Universitario de Salamanca) ;
Moreno, Lucas (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Moreno, Miriam L. (Hospital Materno-Infantil) ;
Muñoz, G.M. (Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña) ;
Ortega, M.J. (Hospital Universitario Virgen de las Nieves (Granada)) ;
Panizo Morgado, Elena (Clínica Universitaria Navarra) ;
Pisa Gatell, S. (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT)) ;
Portugal, Raquel (Hospital Universitario de Burgos) ;
Sagaseta de Ilúrdoz, María (Hospital Virgen del Camino (Pamplona)) ;
Salinas, José Antonio (Hospital Universitari Son Espases (Palma de Mallorca, Balears)) ;
Sastre, Ana (Hospital Universitario La Paz (Madrid)) ;
Tallón, María (Hospital Álvaro Cunqueiro Vigo) ;
Torrent, Montse (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau) ;
Uriz, José Javier (Hospital de Donostia (Sant Sebastià, País Basc)) ;
Varo, A. (Hospital San Rafael) ;
Vázquez, María Ángeles (Hospital Torrecárdenas) ;
Vílchez, J.S. (Hospital Materno-Infantil) ;
Villegas, José Antonio (Hospital Universitario Central de Asturias) ;
Vivanco, J.L. (Hospital 12 de Octubre (Madrid)) ;
Zamora Auñon, Maria del Pilar (Hospital Virgen de la Salud (Toledo)) ;
Álamo Sanz, Rufino (Red Española de Registros de Cáncer. Registro Poblacional de Cáncer de Castilla y León) ;
Alemán Herrera, Araceli (Red Española de Registros de Cáncer. Registro Poblacional de Cáncer de la Comunidad Autónoma de Canarias) ;
Chico Mena, Matilde (Red Española de Registros de Cáncer. Registro de Cáncer de Ciudad Real) ;
Chirlaque López , María Dolores (Red Española de Registros de Cáncer. Registro de Cáncer de Murcia) ;
Marcos-Gragera, Rafael (Red Española de Registros de Cáncer. Registro de Cáncer de Girona) ;
Mateos, A. (Red Española de Registros de Cáncer. Registro de Cáncer de Albacete) ;
Quirós García, José Ramón (Red Española de Registros de Cáncer. Registro de tumores del Principado de Asturias) ;
Sanchez-Contador, Carmen (Red Española de Registros de Cáncer. Registre de Càncer de Mallorca) ;
Sabater, Consol (Registro de Tumores Infantiles de la Comunitat Valenciana)
Purpose: Linkage between clinical databases and population-based cancer registries may serve to evaluate European Reference Networks' (ERNs) activity, by monitoring the proportion of patients benefiting from these and their impact on survival at a population level. [...]
2022 - 10.1016/j.canep.2022.102145
Cancer Epidemiology, Vol. 78 (june 2022) , p. 102145
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Long-term follow-up of certolizumab pegol in uveitis due to immune-mediated inflammatory diseases : multicentre study of 80 patients
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Martín-Varillas, José Luis (Hospital Comarcal de Laredo. Reumatología) ;
Sanchez-Bilbao, Lara (Hospital Universitario Marqués de Valdecilla. Instituto de Investigación Marqués de Valdecilla. Reumatología) ;
Calvo-Río, Vanesa (Hospital Universitario Marqués de Valdecilla. Instituto de Investigación Marqués de Valdecilla. Reumatología) ;
Adan Civera, Alfredo (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona. Oftalmologia) ;
Hernanz, Inés (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona. Oftalmologia) ;
Gallego-Flores, Adela (Complejo Hospitalario Universitario de Badajoz. Reumatología) ;
Beltran Catalan, Emma (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya)) ;
Castro-Oreiro, Sonia (Hospital Universitari Joan XXIII de Tarragona) ;
Fanlo, Patricia (Complejo Hospitalario de Navarra) ;
Garcia Martos, Alvaro (Hospital Universitario del Tajo. Reumatología) ;
Torre, Ignacio (Hospital de Basurto. Reumatología) ;
Cordero-Coma, Miguel (Complejo Asistencial Universitario de León. Oftalmología) ;
De Dios, Juan Ramon (Hospital Universitario de Áraba. Servicio de Reumatología) ;
García-Aparicio, Ángel (Hospital Universitario de Toledo. Reumatología) ;
Hernández-Garfella, Marisa (Consorcio Hospital General Universitario (València). Oftalmología) ;
Sánchez-Andrade, Amalia (Hospital Universitario Lucus Augusti (Lugo)) ;
García-Valle, Andrea (Complejo Asistencial de Palencia. Reumatología) ;
Maiz, Olga (Hospital de Donostia. Reumatología) ;
Miguélez, Roberto (Hospital Universitario de Móstoles. Reumatología) ;
Rodríguez-Montero, Sergio (Hospital Universitario Virgen de Valme (Sevilla, Andalusia)) ;
Urruticoechea, Ana (Hospital Can Misses. Reumatología) ;
Veroz, Raúl (Hospital de Mérida. Reumatología) ;
Conesa, Arantxa (Hospital General Universitari de Castelló. Reumatología) ;
Fernández-Carballido, Cristina (Hospital Universitario San Juan de Alicante. Reumatología) ;
Jovaní, Vega (Hospital General Universitario de Alicante (Alacant, País Valencià)) ;
Mondejar, Jose J. (Hospital General Universitario de Alicante (Alacant, País Valencià)) ;
Martínez González, Olga (Hospital Universitario de Salamanca. Reumatología) ;
Moya, Patricia (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau) ;
Romero-Yuste, Susana (Complejo Hospitalario Universitario de Pontevedra. Reumatología) ;
Rubio-Muñoz, Paula (Fundació Hospital de l'Esperit Sant. Reumatología) ;
Peña-Sainz-Pardo, Eva (Hospital Universitario 12 de Octubre (Madrid)) ;
Garijo-Bufort, Marta (Hospital de Sagunto. Reumatología) ;
Demetrio-Pablo, Rosalía (Hospital Universitario Marqués de Valdecilla. Instituto de Investigación Marqués de Valdecilla. Oftalmología) ;
Hernández, José Luis (Universidad de Cantabria. Departamento de Medicina y Psiquiatría) ;
Blanco, Ricardo (Hospital Universitario Marqués de Valdecilla. Instituto de Investigación Marqués de Valdecilla. Reumatología)
Objectives To evaluate effectiveness and safety of certolizumab pegol (CZP) in uveitis due to immune-mediated inflammatory diseases (IMID). Methods Multicentre study of CZP-treated patients with IMID uveitis refractory to conventional immunosuppressant. [...]
2022 - 10.1136/rmdopen-2022-002693
RMD Open, Vol. 8 Núm. 2 (june 2022) , p. e002693
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The structural coverage of the human proteome before and after AlphaFold
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Porta-Pardo, Eduard (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) ;
Ruiz-Serra, Victoria (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) ;
Valentini, Samuel (University of Trento) ;
Valencia, Alfons (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
The protein structure field is experiencing a revolution. From the increased throughput of techniques to determine experimental structures, to developments such as cryo-EM that allow us to find the structures of large protein complexes or, more recently, the development of artificial intelligence tools, such as AlphaFold, that can predict with high accuracy the folding of proteins for which the availability of homology templates is limited. [...]
2022 - 10.1371/journal.pcbi.1009818
PLoS computational biology, Vol. 18 Núm. 1 (january 2022) , p. e1009818
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16 p, 1003.8 KB |
Ancient DNA Analysis of 8000 B.C. Near Eastern Farmers Supports an Early Neolithic Pioneer Maritime Colonization of Mainland Europe through Cyprus and the Aegean Islands
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Fernández, Eva (Universidad Complutense de Madrid. Laboratorio de Genética Forense y Genética de Poblaciones) ;
Pérez-Pérez, Alejandro (Universitat de Barcelona. Departament de Biologia Animal) ;
Gamba, Cristina (Universidad Complutense de Madrid. Departamento de Toxicología y Legislación Sanitaria) ;
Prats, Eva (Consejo Superior de Investigaciones Científicas (Espanya). Centro de Investigación y Desarrollo) ;
Cuesta, Pedro (Universidad Complutense de Madrid. Servicios informáticos) ;
Molist, Miquel 1956- (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Prehistòria) ;
Anfruns, Josep (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Prehistòria) ;
Arroyo-Pardo, Eduardo (Universidad Complutense de Madrid. Departamento de Toxicología y Legislación Sanitaria) ;
Turbón, Daniel (Universitat de Barcelona. Departament de Biologia Animal)
The genetic impact associated to the Neolithic spread in Europe has been widely debated over the last 20 years. Within this context, ancient DNA studies have provided a more reliable picture by directly analyzing the protagonist populations at different regions in Europe. [...]
2014 - 10.1371/journal.pgen.1004401
PLoS Genetics, Vol. 10 (june 2014)
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10 p, 271.4 KB |
La modernización iconográfica religiosa dentro de un modelo de emprendimiento
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Vélez Pardo, Estíbaliz (Instituto Superior Tecnológico "Sudamericano") ;
Briceño Salazar, Liceth (Instituto Superior Tecnológico "Sudamericano") ;
Chuico Medina, Edwin (Instituto Superior Tecnológico "Sudamericano")
La investigación se trabajó con la finalidad de realizar un análisis iconográfico de las imágenes religiosas más representativas de la ciudad de Loja-Ecuador para aplicar en suvenires tomando como referencia estudios previos sobre casos paralelos centrados en el rescate cultural a través del diseño gráfico. [...]
The project was focused on the iconographic analysis of the most representative religious images from Loja, Ecuador to apply on souvenirs and different products for sell, taking previous studies as reference about parallel cases centred around cultural rescue through design and entrepreneurship. [...]
2021 - 10.5565/rev/grafica.188
Grafica, Vol. 9 Núm. 17 (2021) , p. 47-55 (Ensayos)
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