|
1.
|
|
|
2.
|
|
17 p, 7.4 MB |
The impact of chromosomal fusions on 3D genome folding and recombination in the germ line
/
Vara González, Covadonga (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Paytuví-Gallart, Andreu (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Cuartero, Yasmina (Centre de Regulació Genòmica) ;
Álvarez-González, Lucía (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Marin Gual, Laia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
García, Francisca (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Cultius Cel·lulars, Producció d'Anticossos i Citometria) ;
Florit-Sabater, Beatriu (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Capilla, Laia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia) ;
Sanchéz-Guillén, Rosa Ana (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Sarrate Navas, Zaida (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech) ;
Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech) ;
Searle, Jeremy B. (Cornell University. Department of Ecology and Evolutionary Biology) ;
Ventura Queija, Jacinto (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia) ;
Marti-Renom, Marc A. (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ;
Le Dily, François (Centre de Regulació Genòmica) ;
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
The spatial folding of chromosomes inside the nucleus has regulatory effects on gene expression, yet the impact of genome reshuffling on this organization remains unclear. Here, we take advantage of chromosome conformation capture in combination with single-nucleotide polymorphism (SNP) genotyping and analysis of crossover events to study how the higher-order chromatin organization and recombination landscapes are affected by chromosomal fusions in the mammalian germ line. [...]
2021 -  10.1038/s41467-021-23270-1
Nature communications, Vol. 12 (May 2021) , art. 2981
|
|
|
3.
|
|
43 p, 3.9 MB |
LOXL2-mediated H3K4 oxidation reduces chromatin accessibility in triple-negative breast cancer cells
/
Cebrià Costa, Joan Pau (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ;
Pascual Reguant, Laura (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ;
Gonzalez-Perez, Abel (Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona)) ;
Serra-Bardenys, Gemma (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ;
Querol, Jessica (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ;
Cosín Tomás, Marc (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ;
Verde, Gaetano (Universitat Internacional de Catalunya. Facultat de Ciències de la Salut) ;
Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech SL) ;
Sanseverino, Walter. (Sequentia Biotech SL) ;
Segura-Bayona, Sandra (Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona)) ;
Iturbide, Ane (Institute of Epigenetics and Stem Cells) ;
Andreu Martínez, David (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut) ;
Nuciforo, Paolo. (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ;
Bernadó Morales, Cristina (Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer) ;
Rodilla, Verónica (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ;
Arribas, Joaquín V (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Yélamos, José (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ;
Garcia de Herreros, Antonio (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ;
Stracker, Travis H. (Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona)) ;
Peiró, Sandra (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia)
Oxidation of H3 at lysine 4 (H3K4ox) by lysyl oxidase-like 2 (LOXL2) generates an H3 modification with an unknown physiological function. We find that LOXL2 and H3K4ox are higher in triple-negative breast cancer (TNBC) cell lines and patient-derived xenografts (PDXs) than those from other breast cancer subtypes. [...]
2020 - 10.1038/s41388-019-0969-1
Oncogene, Vol. 39 (2020) , p. 79-121
|
|
|
4.
|
|
13 p, 1.7 MB |
Distribution, characteristics, and regulatory potential of long noncoding RNAs in brown-rot fungi
/
Borgognone, Alessandra (Sequentia Biotech) ;
Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech) ;
Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech) ;
Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Long noncoding RNAs have been thoroughly studied in plants, animals, and yeasts, where they play important roles as regulators of transcription. Nevertheless, almost nothing is known about their presence and characteristics in filamentous fungi, especially in basidiomycetes. [...]
2019 - 10.1155/2019/9702342
International journal of genomics, Vol. 2019 (May 2019) , art. 9702342
|
|
|
5.
|
|
26 p, 7.4 MB |
Three-dimensional genomic structure and cohesin occupancy correlate with transcriptional activity during spermatogenesis
/
Vara González, Covadonga (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Paytuví-Gallart, Andreu (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Cuartero, Yasmina (Centre de Regulació Genòmica) ;
Le Dily, François (Centre de Regulació Genòmica) ;
García, Francisca (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Cultius Cel·lulars, Producció d'Anticossos i Citometria) ;
Salvà Castro, Judith (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Gomez Hernández, Laura (Centro de Investigación del Cáncer) ;
Julià, Eva (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ;
Moutinho, Catia (Centre de Regulació Genòmica) ;
Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech) ;
Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech) ;
Fornas, Òscar (Centre de Regulació Genòmica) ;
Martín Pendas, Alberto (Centro de Investigación del Cáncer) ;
Heyn, Holger (Centre de Regulació Genòmica) ;
Waters, Paul D. (University of New South Wales. School of Biotechnology and Biomolecular Sciences) ;
Martí Renom, Marc A. (Centre de Regulació Genòmica) ;
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Mammalian gametogenesis involves dramatic and tightly regulated chromatin remodeling, whose regulatory pathways remain largely unexplored. Here, we generate a comprehensive high-resolution structural and functional atlas of mouse spermatogenesis by combining in situ chromosome conformation capture sequencing (Hi-C), RNA sequencing (RNA-seq), and chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) of CCCTC-binding factor (CTCF) and meiotic cohesins, coupled with confocal and super-resolution microscopy. [...]
2019 - 10.1016/j.celrep.2019.06.037
Cell reports, Vol. 28, issue 2 (Jul. 2019) , p. 352-367
|
|
|
6.
|
|
7 p, 990.3 KB |
Rapid genome resequencing of an atoxigenic strain of Aspergillus carbonarius
/
Cabañes Sáenz, Francisco Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ;
Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech SL) ;
Castellá, Gemma (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ;
Bragulat, M. Rosa (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ;
Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech SL) ;
Sánchez Bonastre, Armando (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
In microorganisms, Ion Torrent sequencing technology has been proved to be useful in whole-genome sequencing of bacterial genomes (5 Mbp). In our study, for the first time we used this technology to perform a resequencing approach in a whole fungal genome (36 Mbp), a non-ochratoxin A producing strain of Aspergillus carbonarius. [...]
2015 - 10.1038/srep09086
Scientific reports, Vol. 5 (2015) , art. 9086
|
|
|
7.
|
|
9 p, 1.8 MB |
An improved assembly and annotation of the melon (Cucumis melo L.) reference genome
/
Ruggieri, Valentino (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Alexiou, Konstantinos G. (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ;
Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Argyris, Jason (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Pujol Abajo, Marta (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ;
Yano, Ryoichi (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ;
Nonaka, Satoko (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ;
Ezura, Hiroshi (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ;
Latrasse, David (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ;
Boualem, Adnane (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ;
Benhamed, Moussa (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ;
Bendahmane, Abdelhafid (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ;
Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech SL) ;
Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech SL) ;
Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
We report an improved assembly (v3. 6. 1) of the melon (Cucumis melo L. ) genome and a new genome annotation (v4. 0). The optical mapping approach allowed correcting the order and the orientation of 21 previous scaffolds and permitted to correctly define the gap-size extension along the 12 pseudomolecules. [...]
2018 - 10.1038/s41598-018-26416-2
Scientific reports, Vol. 8 (May 2018) , art. 8088
|
|
|
8.
|
|
|
9.
|
|
38 p, 1.7 MB |
Transposon insertions, structural variations, and SNPs contribute to the evolution of the melon genome
/
Sanseverino, Walter (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Hénaff, Elizabeth (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Vives, Cristina (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Pinosio, Sara (Universita degli studi di Udine. Dipartimento di szience agrarie e ambientali) ;
Burgos-Paz, William (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Morgante, Michele (Universita degli studi di Udine. Dipartimento di szience agrarie e ambientali) ;
Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The availability of extensive databases of crop genome sequences should allow analysis of crop variability at an unprecedented scale, which should have an important impact in plant breeding. However, up to now the analysis of genetic variability at the whole-genome scale has been mainly restricted to single nucleotide polymorphisms (SNPs). [...]
2015 - 10.1093/molbev/msv152
Molecular biology and evolution, Vol. 32, issue 10 (Oct. 2015) , p. 2760-74
|
|
|
10.
|
|
18 p, 3.4 MB |
Genome and transcriptome analysis of the Mesoamerican common bean and the role of gene duplications in establishing tissue and temporal specialization of genes
/
Vlasova, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ;
Capella-Gutiérrez, Salvador (Centre de Regulació Genòmica) ;
Rendón-Anaya, Martha (Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad) ;
Hernández-Oñate, Miguel (Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad) ;
Minoche, André E. (Garvan Institute of Medical Research (Darlinghurst, Austràlia)) ;
Erb, Ionas (Centre de Regulació Genòmica) ;
Câmara, Francisco (Centre de Regulació Genòmica) ;
Prieto-Barja, Pablo (Centre de Regulació Genòmica) ;
Corvelo, André (New York Genome Center) ;
Sanseverino, Walter (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Westergaard, Gastón (Instituto de Agrobiotecnología Rosario) ;
Dohm, Juliane C. (Universität für Bodenkultur) ;
Pappas, Georgios J. (Universidade de Brasília. Departamento de Biologia Celular) ;
Saburido-Alvarez, Soledad (Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad) ;
Kedra, Darek (Centre de Regulació Genòmica) ;
Gonzalez, Irene (Universitat Pompeu Fabra) ;
Cozzuto, Luca (Centre de Regulació Genòmica) ;
Gómez-Garrido, Jessica (Universitat Pompeu Fabra) ;
Aguilar-Morón, María A. (Universitat Pompeu Fabra) ;
Andreu, Nuria (Universitat Pompeu Fabra) ;
Aguilar, O. Mario (Universidad Nacional de La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular) ;
Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Zehnsdorf, Maik (Universitat Pompeu Fabra) ;
Vázquez, Martín P. (Instituto de Agrobiotecnología Rosario) ;
Delgado-Salinas, Alfonso (Universidad Nacional Autónoma de México. Departamento de Botánica) ;
Delaye, Luis (Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del I.P.N. Unidad Irapuato. Departamento de Ingeniería Genética) ;
Lowy, Ernesto (European Bioinformatics Institute) ;
Mentaberry, Alejandro (Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales) ;
Vianello-Brondani, Rosana P. (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária) ;
García, José Luis (Centro Superior de Investigaciones Científicas. Departamento de Biología Ambiental) ;
Alioto, Tyler Scott (Centre de Regulació Genòmica) ;
Sánchez, Federico (Universidad Nacional Autónoma de México. Departamento de Biología Molecular de Plantas) ;
Himmelbauer, Heinz (Universität für Bodenkultur) ;
Santalla, Marta (Centro Superior de Investigaciones Científicas. Mision Biológica de Galicia) ;
Notredame, Cedric (Universitat Pompeu Fabra) ;
Gabaldón, Toni (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ;
Herrera-Estrella, Alfredo (centro de Investigación y de Estudios Avanzados del I.P.N. Unidad Irapuato. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad) ;
Guigó, Roderic (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Legumes are the third largest family of angiosperms and the second most important crop class. Legume genomes have been shaped by extensive large-scale gene duplications, including an approximately 58 million year old whole genome duplication shared by most crop legumes. [...]
2016 - 10.1186/s13059-016-0883-6
Genome biology, Vol. 17 (2016) , art. 32
|
|
visitant ::
identificació
alerta personal via correu electrònic o subscribiu-vos al 
canal RSS.
