1.
|
9.1 MB |
Machine Learning techniques in bioinformatics : From data integration to the development of application-oriented tools
/
Junet, Valentin ;
Daura i Ribera, Xavier, dir. ;
Mas, José Manuel, dir.
Els darrers desenvolupaments en Machine Learning tenen com a objectiu automatitzar els mètodes disponibles, convertint-los en universals alhora que requerint el mínim coneixement expert possible. En aquesta tesi, farem un pas enrere. [...] Los desarrollos recientes en Machine Learning tienen como objetivo automatizar los métodos disponibles, haciéndolos universales y requiriendo el menor conocimiento experto posible. En esta tesis, daremos un paso atrás. [...] Recent developments in Machine Learning aim at automatizing available methods, rendering them universal while requiring as little expert-knowledge as possible. In this thesis, we will take a step back. [...] Universitat Autònoma de Barcelona. Programa de Doctorat en Bioinformàtica.
2022
|
|
2.
|
272 p, 6.5 MB |
Cataloguing the shape and strength of positive selection on 1000 Genomes Project data
/
Murga-Moreno, Jesus ;
Casillas Viladerrams, Sònia, dir. ;
Barbadilla Prados, Antonio, dir.
Des que els humans i els ximpanzés es van separar evolutivament, i posteriorment a través de les migracions, la nostra espècie s'ha enfrontat a nombrosos canvis ambientals i socials. Aquestes pressions han modelat els patrons de variació dels nostres genomes, deixant característiques empremtes moleculars al llarg del genoma que es poden identificar mitjançant nombrosos mètodes estadístics. [...] Desde que los humanos y chimpancés se separaron evolutivamente, y posteriormente a través de las migraciones, nuestra especie se ha enfrentado a numerosos cambios ambientales y sociales. Estas presiones han moldeado los patrones de variación de nuestros genomas, dejando características huellas moleculares a lo largo del genoma que pueden identificarse mediante numerosos métodos estadísticos. [...] Since the split with chimpanzees, and especially since the migrations that led humans to colonize almost every place on Earth, our species has faced frequent environmental and social changes that have shaped the variation patterns of our genomes through the action of natural selection. [...]
2022
|
|
3.
|
|
4.
|
7 p, 565.3 KB |
Analysis of the conservation of structural elements in biological sequences
/
García Suárez, Pedro ;
Serra Sagristà, Joan, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions) ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Escola d'Enginyeria
The project executed for this TFG is the study of the DNA in Mobile Genetic Elements (MGEs). These entities consist of encapsulated genetic material that can insert itself in a live organism. Generally, MGEs take advantage of certain mechanisms of the host and the goal of this study is to find patterns that may indicate this type of behaviour, specifically the mechanisms that regulate the transcription of DNA. [...] El projecte realitzat per a aquest TFG és l'estudi de l'ADN d'Elements Genètics Móbiles o MGEs de les seves sigles en anglès (Mobile Genetic Elements). Aquestes entitats consisteixen en material genètic encapsulat que és capaç d'inserir-se dins d'organismes vius. [...] El proyecto realizado para este TFG es el estudio del ADN de Elementos Genéticos Móbiles o MGEs de sus siglas en inglés (Mobile Genetic Elements). Estas entidades consisten en material genético encapsulado que es capaz de insertarse dentro de organismos vivos. [...]
2021 Enginyeria Informàtica [958]
|
|
5.
|
194 p, 7.0 MB |
Bioinformatic analysis on the determinants of protein aggregation and conformational conversion
/
Iglesias Mas, Valentín ;
Ventura Zamora, Salvador, dir.
L'agregació de proteïnes ha passat de ser gairebé una curiositat biofísica sense major interès a un dels camps més actius de la recerca, especialment des que es va esbrinar que podia ser la causa de diverses malalties en humans. [...] La agregación de proteínas ha pasado de ser prácticamente una curiosidad biofísica sin mayor interés a uno de los campos más activos de la investigación, especialmente desde que se dilucidó como el causante de diversas enfermedades en humanos. [...] Protein aggregation has moved from being an almost neglected biophysical curiosity to a central research field mostly due to aggregating proteins causing debilitating conditions in humans. The aggregation propensity of polypeptidic sequences is primarily dictated by their amino acid sequence, which delimits the possible interactions between amino acids. [...]
2021
|
|
6.
|
|
7.
|
9 p, 509.6 KB |
Filtrado eficiente de secuencias de ADN
/
Salym, Zaina ;
Moure, Juan C, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Marco-Sola, Santiago, dir. (Universitat Pompeu Fabra) ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Escola d'Enginyeria
La secuenciación genómica es un avance científico clave que permite decodificar secuencias de ADN, detectar variaciones genéticas y diagnosticar enfermedades. En la actualidad existen una gran variedad de algoritmos que permiten encontrar mutaciones en secuencias genómicas. [...] La seqüenciació genòmica és un avenç científic clau que permet descodificar seqüències d'ADN, detectar variacions genètiques i diagnosticar malalties. En l'actualitat hi ha una gran varietat d'algoritmes que permeten trobar mutacions en seqüències genòmiques. [...] Genomic sequencing is a key scientific advance that allows decoding DNA sequences, detecting genetic variations, and diagnosing diseases. Nowadays, there is a great variety of algorithms that allow finding mutations in genomic sequences. [...]
2020 Enginyeria Informàtica [958]
|
|
8.
|
9 p, 405.6 KB |
Aceleración del algoritmo Wavefront Aligner para emparejamiento de secuencias genéticas
/
Hernández Chinappi, Ernesto ;
Marco-Sola, Santiago, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Moure, Juan C, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Escola d'Enginyeria
El alineamiento de secuencias se define como la búsqueda de las diferencias que existen entre dos cadenas de caracteres: patrón y texto. Este trabajo utiliza técnicas de Ingeniería de Rendimiento para caracterizar, optimizar y paralelizar el algoritmo Wavefront Aligner de alineamiento de secuencias. [...] L'alineament de seqüències es defineix com la recerca de les diferències entre dues cadenes de caràcters: patró i text. Aquest treball utilitza tècniques d'Enginyeria de Rendiment per a caracteritzar, optimitzar i paral·lelitzar l'algoritme Wavefront Aligner d'alineament de seqüències. [...] Sequence alignment consists in searching for differences between two strings: pattern and text. The present work employs Performance Engineering techniques to characterize, optimize, and parallelize the Wavefront Alignment algorithm. [...]
2020 Enginyeria Informàtica [958]
|
|
9.
|
|
10.
|
192 p, 7.0 MB |
Development and application of integrative tools for the functional and structural analyses of genomes
/
Paytuví Gallart, Andreu ;
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora, dir. ;
Aiese Cigliano, Riccardo, dir. ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia
Des del desenvolupament de la seqüenciació de Sanger l'any 1977, els avenços tecnològics han revolucionat el camp dels òmiques. Els projectes de seqüenciació a gran escala han generat una enorme quantitat de dades que han motivat el desenvolupament d'eines bioinformàtiques per a la integració, organització i interpretació d'aquestes dades. [...] Since the development of the Sanger sequencing in 1977, technological advances have revolutionized the -omics field. Large-scale sequencing projects have resulted in the generation of an enormous amount of data that have motivated the development of bioinformatics tools for its integration, organization and interpretation. [...]
[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2019
|
|