La principale est le fait que l'autolyse du tissu nerveux s'accompagne de la formation de vacuoles artefactuelles(artefacts); ces vacuoles ont un contour irrégulier qui permet généralment de les identfier mais leur présence trop importante rique fortement de masquer les lésions véritables de la BSE., surtout si celles-ci sont descrètes ou si elles sont limitées à une vacuolisation du neuropile.