El VFA penetra en el hospedador por ingestión o inhalación (la implicación de pequeñas heridas en mucosas o piel no puede ser descartada, pero con poca trascendencia epizootiológica) produciéndose una primera replicación en el epitelio de la orofaringe. Se considera que partículas muy pequeñas (aerosoles de 6 µm) también pueden alcanzar directamente el alveolo pulmonar.