Las pruebas para IgM también puede tener falsos negativos, si la IgG inhibe o compite con la IgM por los sitios de unión al antígeno. Aunque la especificidad de la inmunofluorescencia es muy buena y depende del sustrato utilizado, la sensibilidad depende del nivel de fluorescencia demostrable por el ojo humano. Esta técnica se ha utilizado para descubrir anticuerpos contra rubéola, VIH, CMV y HSV. Sin embargo, recientemente ELISA la ha desplazado porque ofrece una especificidad similar y se puede leer mediante equipos automatizados lo que elimina la subjetividad inherente al observador en IFA y la necesidad del microscopio de fluorescencia.