Deux gènes principaux sont impliqués dans l'inactivation : XIST (chez l'Homme et Xist chez la souris) et TSIX (chez l'Homme et Tsix chez la souris). TSIX : Transcrit spécifique du X inactivé. Ces deux gènes sont proches l'un de l'autre, dans la région " XIC " (Centre d'inactivation du X) du chromosome. On pense que dans XIC, se localise Xce (éléments de contrôle de X) mais aussi d'autres gènes à découvrir. Cette inactivation semble comporter trois étapes : l'initiation / la propagation / la stabilisation. La délétion de la région XIC de l'un des deux chromosomes X protège le délété de l'inactivation. Le gène XIST est constitué de plusieurs exons. Le transcrit primaire subit un épissage et une polyadénylation (en 3'). Toutefois, l'ARN de XIST ne sera pas traduit en protéine. À C'est un ARN non-codant (de grande taille). Chez la souris, il représente 15.000 nucléotides et 17.000 nucléotides chez l'Homme.