Le chromatoplasme est coloré par le complexe pigmentaire qui n'est pas porté par des éléments figurés comme chez les autres végétaux, mais qui se trouve diffus dans le cytoplasme. Ce complexe pigmentaire comporte les chlorophylles a et c, des carotènes, éventuellement certaines xanthophylles (myxoxanthine), enfin des bilichromoprotéines dont les groupements prosthétiques, les phycobilines, solubles dans l'eau sont au nombre de deux : la c phycocyanine de couleur bleue et la c phycoérythrine, de couleur rouge, quantitativement très réduite par rapport à la précédente.