Nella eziopatogenesi della malattia è essenziale l’interazione delle proteine idroinsolubili (glutine) di alcuni tipi di cereali, con la mucosa del piccolo intestino. L’instillazione di farina di frumento e di orzo in un segmento di piccolo intestino è sufficiente per scatenare la crisi di colica adominale con dolori e diarrea. In particolare è la gliadina, una complessa miscela di proteine ottenute con estrazione alcolica del glutine di frumento, responsabile dei sintomi e delle lesioni intestinali.