La FML siempre viene acompañada de acontecimientos microbianos, como son el crecimiento bacteriano y reacciones físico-químicas típicas de todos los procesos fermentativos, tales como turbidez, formación de nuevos compuestos, desprendimiento de CO2 y variaciones del color, que afectan a las propiedades organolépticas y estructura de la bebida que la soporta.