El diagnòstic diferencial específic de la SNM ha d'incloure diverses entitats, les més significatives de les quals s'inclouen en la Taula II. A més de la síndrome colinèrgica central, observada en intoxicacions per antidepressius tricíclics i antiparkinsonians, són des-tacables la catatonia letal de Stauder (CLS) i la hipertèrmia maligna (HM).