L'endodermis és la capa més interna del còrtex. Es visualitza clarament i està especialitzada. És la principal barrera per al transport a través de la rel, des de l'exterior al cilíndre vascular. Està formada per una sola capa de cèl·lules prismàtiques en les quals la membrana citoplasmàtica està íntimament unida a la paret cel·lular al llarg de tota la banda de Caspary, per la qual cosa perquè qualsevol substància pugui travessar l'endodermis ha de penetrar necessàriament a l'interior dels protoplasts.