Die Amöben werden in erster Linie durch Tröpfcheninfektion auf die Nasenschleimhaut übertragen. Es besteht ferner die Tendenz in andere Organe zu streuen. Allerdings sind Erkrankungen selten und betreffen besonders Patienten mit geschädigtem Immunsystem. Neben granulomatösen Veränderungen der Lunge und anderer Organe wurden auch Durchfälle und Entzündungen von Haut, Hornhaut des Auges und der Schleimhaut beobachtet. Eine schwere Erkrankungen ist die granulomatöse Amöbenenzephalitis (GAE) mit Meningismus und Fieber.