Divers facteurs de régulation sont liés à la compartimentation très stricte qui est realisée dans les mitochondries grâce aux caractéristiques très particulières de permeabilité presentées par la membrane interne. En effet, tandis que la membrane mitochondriale externe est facilement franchissable par des molécules allant jusqu´à la taille de l´inuline, la plupart des molécules ne peuvent au contraire franchir la membrane interne que grâce à des sytèmes transporteurs ou translocases (pérmeases).