Hem de destacar la porta gòtica dels Apòstols, la porta romànica i la dels ferros (d'estil barroc) la capella del Sant Calze, el cimbori, el presbiteri (també d'estil barroc) i algunes capelles de l'interior d'estil renaixentista. En l'interior, el Museu de la Catedral posseïx dos grans llenços de Goya, una escultura d'Alonso Cano i la relíquia del Sant Calze de l'Última Cena.