La principal causa de este trastorno es una reacción inmunológica mediada por células, hacia los componentes del gluten, sin ser una alergia típica mediada por inmunoglobulinas IgE. Las dianas de la respuesta inmunológica son las gliadinas, proteínas que componen el gluten, presentes en cuatro principales cereales: trigo, cebada, avena y centeno.