En la cabecera del templo está el Transparente, curioso templete barroco, de Narciso Tomé, con una delicada claraboya; un conjunto que destaca en medio del ambiente gótico del templo. El templo encierra obras notables en la Sala Capitular y especialmente la sacristía, donde hay trabajos de El Greco, Van Dick, Juan de Borgoña, Goya, Rafael y Rubens.