La diarrea es un efecto secundario frecuente y ha sido descrito con todos los IP, aunque su mecanismo aún no ha sido aclarado. La incidencia de diarrea asociada con saquinavir es de 12,3- 19,9 %, con ritonavir 12,8- 21,6 %, con indinavir 0- 4,6 %, con nelfinavir 14- 32 % y con amprenavir 33- 56%. La diarrea es el efecto secundario más importante de nelfinavir y saquinavir.