Les proteïnes HOX són factors de transcripció amb un domini d'unió al DNA. S'organitzen en 4 complexes o famílies anomenats A, B, C i D, trobant-se cada complex en un cromosoma diferent (7, 17, 12 i 2 respectivament). El seu patró d'expressió al llarg de l'eix cranial-caudal es fa generalment en el mateix ordre en que els gens esta col·locats al cromosoma (de 3' a 5'): colinearitat. Cada un d'aquests 4 cromosomes té 9 gens excepte el 7 que en té 11.