Una vez los fármacos han dejado de actuar, la rizotomía del trigémino es obligada, ésta puede hacerse por medio de craniotomía para liberar la arteria que comprime al nervio en el interior del craneo, o bien por la introducción de un trocar a través del agujero oval, el cual libera ondas de ultrasonido y determina la lisis de la raíz nerviosa, ésta segunda es menos agresiva que la craniotomía.