Muchos cerveceros caseros se refieren a la fermentación en botella, en la que se carbonata la cerveza, como "fermentación secundaria". Además de los cerveceros caseros, muchos fabricantes de cerveza europeos y algunos americanos siguen esta práctica. Este es un verdadero ejemplo de fermentación secundaria. Para los cerveceros caseros, esta frase tiene un significado diferente. Se refiere más usualmente a la fase final de la fermentación antes del embotellado.