En los últimos años, la hibridación se ha visto desbancada por la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa ó PCR, que supone una amplificación en número de copias de un fragmento del ácido nucleico viral y su posterior detección. En el caso del virus de la hepatitis A, al poseer un genoma de RNA, se necesita también la síntesis de una cadena complementaria de DNA, que será la que se someta a la PCR. El uso de este método permite obviar una de las limitaciones de la detección viral en las muestras naturales, como es la baja concentración de partículas infectivas, permitiendo una detección visiblemente más sensible.