La phase suivante correspond à l'extraction proprement dite : c'est à dire la séparation entre la phase solide (les grignons), la phase aqueuse (les margines) et la phase huileuse qui nous intéresse ici. Cette extraction se déroule en deux étapes : la séparation de la phase liquide (eau + huile) des grignons, et la séparation de la phase huileuse des margines.