L'effet protecteur de cette friandise serait lié à la présence de flavonoïdes, dont les propriétés anti-oxydantes sont connues. Ces substances se trouvent aussi en quantités appréciables dans le vin rouge. Or d'après de nombreux travaux, elles contribueraient à réduire les risques coronariens lorsque ce dernier est consommé avec modération. Grâce aux mêmes flavonoïdes, le cacao est donc un inhibiteur de l'oxydation.