Entre el injerto y el portainjerto debe existir compatibilidad o afinidad que posibilite la soldadura, que está supeditada a numerosos factores, en especial a la analogía anatómica y fisiológica de ambas partes. En la injertación entre dos clones o variedades de la misma especie no se presentan casos de incompatibilidad (vinífera sobre vinífera), mientras que en especies diferentes es variable (vinífera o europea sobre americana).