La naturalesa fluida del planeta és la principal responsable de que tota l'atmosfera no giri a la mateixa velocitat. Ja que en definitiva, encara que basada en lògiques raons d'índole pràctic, l'elecció dels sistemes I i II és arbitrària, els especialistes en planetologia prefereixen treballar en el denominat sistema III. Júpiter posseeix un enorme camp magnètic, el més intens del Sistema Solar, que a través de les seves interaccions amb vent solar i el seu satèl·lit Ió es manifesta com a un potent emissor d'ones de ràdio. El camp magnètic gira amb el planeta i amb ell les emissions de àdio. El sistema III coincideix precisament amb el període de rotació del camp magnètic jovià. Ja que el camp magnètic ha d'estar arrelat en l'interior del planeta, se suposa que el període de rotació donat pel sistema III ha de representar l'autèntic període de revolució de Júpiter. Amb un valor de 9h 55m i 29.7s aquest difereix molt poc del sistema II.