Obtenir dades sobre possibles sinapomorfies moleculars, com ara el nombre i tipus de gens Hox, el reordernament dels gens mitocondrials, o la presència/absència de gens o zones indels útils per inferir filogènia. El problema d’aquestes dades és que tot i ser molt contundents per situar a un taxon dins d’un grup determinat (com el cas del gens Hox característics d’ecdysozous, lofotrocozous i deuteròstoms, o l’ordre mitocondrial característic de cordats i urocordats), l’absència de dades clares sobre els grups externs (outgroups) impossibilita polaritzar els caràcters i per tant inferir filogènies a partir d’aquests (Telford 2000). En qualsevol cas, el que si poden fer les dades qualitatives moleculars és enfortir o refutar algunes topologies.