L'infezione persistente nel bovino [bovidi] e nel bufalo, ed in minor misura nell'ovino e nel caprino, può far seguito sia ad infezioni clinicamente manifeste che subcliniche; può inoltre insorgere anche in animali vaccinati che vengano a contatto con il virus [virus aftoso], la cui replicazione viene normalmente limitata dall'intervento del sistema immunitario a livello orofaringeo.