La diseminación intraorgánica se produce por vía linfohematógena, originando en consecuencia una viremia, que se manifiesta por estados febriles, que se inician a los 2-3 días de la infección. A partir de ese momento el virus [virus de la fiebre aftosa] se localiza preferentemente en los siguientes puntos: piel de los belfos, epitelio oral y faríngeo, epitelio digestivo (pilares del rumen), piel de la mama y pezones, piel del rodete coronario y espacio interdigital, y, finalmente, músculo estriado, particularmente el cardiaco.