La Junta de Govern, presididad pel Rector, és l'òrgan ordinari de govern de la Universitat. Esà integrada pels Vice-rectors, el Secretari General, el Gerent i una representació dels Degans de facultats, Directors d'Escoles Tècniques Superiors, d'Escoles Universitàries (escola universitària), d'Instituts Universitaris, de Departaments, d'estudiants i de personal d'administració i serveis.