Es la complicación más seria del peritrasplante desarrollándose dentro de los 100 días posteriores al trasplante alogénico. Su incidencia ronda el 70% y, a pesar de su tratamiento, conlleva una mortalidad apreciable, ceracna al 30% de los casos. La causa más probable de la EICH reside en los linfocitos T (linfocito T) del donante que se encuentran en la médula trasplantada (en el ALOTMO), los cuales son activados por los antígenos de las células del receptor, especialmente las del MHS de clase I y II. 
La reacción EICH es la imagen "en espejo" de la reacción del rechazo del órgano por parte del receptor. En la EICH el órgano implantado (médula ósea) es el que rechaza al receptor debido, básicamente, a que el sistema inmune de éste está abolido.
La EICH aguda (EICHa) afecta principalmente a órganos diana: piel, hígado y tracto gastrointestinal.