Un gran núvol ovalat del tamany de la Terra (la Gran Taca Fosca) va ser descobert per la Voyager 2 al 1989, però ja va desaparèixer quan el telescopi Hubble va observar neptú al 1994. Girava en sentit contrari al de les agulles del rellotje en 16 dies i estava envoltat de núvuls de metà més brillants i alts. A la Gran Taca Fosca es van medir vents que bufaven d'est a oest a uns 2000 km/h, el que convertia Neptú en el planeta més ventós de tot el Sistema Solar.