Globalement, l'EMDR vise à engendrer des sentiments positifs, à faciliter la prise de conscience et à modifier les croyances et les comportements. L'accent est mis à la fois sur les composantes affectives, cognitives et somatiques de l'expérience traumatisante. Selon les auteurs d'une étude explorant la biologie des traumatismes, l'originalité de l'EMDR reposerait sur la combinaison efficace d'une approche centrée sur le corps (mode de réponse aux stimuli et aux sensations) et d'un traitement cognitivo-behavioral (centré sur les pensées et les comportements).