Tra le micotossine meglio conosciute e studiate che creano maggiori preoccupazioni per la salute umana si riportano le famiglie delle aflatossine (prodotte soprattutto dall'Aspergillus), delle ocratossine  e patulina (prodotte dal Penicillium), degli zearalenoni, fumonisine e tricoteceni (prodotti dal Fusarium).