La Fiebre Aftosa es una enfermedad cuya presencia en una zona geográfica es algo notorio por lo general, así como su ausencia, por lo que en una u otra situación, el veterinario debe incluir cualquier enfermedad con signos compatibles con Fiebre Aftosa en el diagnóstico diferencial de acuerdo a las condiciones epidemiológicas locales. En todo caso, la sospecha, aun basada únicamente en las lesiones observables, es suficiente para notificar a los servicios veterinarios oficiales la existencia de una posible enfermedad vesicular. El diagnóstico diferencial debe incluir por tanto la enfermedad vesicular porcina, que desde el punto de vista clínico es prácticamente indistinguible.