Quando gli anticorpi eterofili sono assenti, la sindrome mononucleosica può essere dovuta al citomegalovirus (CMV). Benché il CMV causi meno frequentemente una faringite grave, può provocare tanto una linfocitosi atipica quanto epatosplenomegalia ed epatite. La diagnosi di infezione primaria da CMV dipende dalla dimostrazione degli anticorpi IgM anti-CMV o dall'isolamento del virus dal sangue periferico.