Se non viene curata, la celiachia può condurre a malnutrizione, in particolare a deficienza di vitamine A, B12, D, E, K e acido folico. Perdendo continuamente grassi nella defecazione, anche il calcio può risultare carente, con altre due complicazioni: una tipologia di calcoli renali (calcoli di ossalato di calcio) e l'osteomalacia, patologia che causa un grave indebolimento delle ossa.