Dans les lits bactériens (ou filtres bactériens [filtre bacterien] , la masse active des microorganismes se fixe sur des supports poreux inertes ayant un taux de vide d'environ 50% (minéraux, comme la pouzzolane et le coke métallurgique, ou plastique) à travers lesquels on fait percoler (pénétrer) l'effluent à traiter.