En l’anterior etapa de segmentació es generaven un seguit de diferents proteïnes gap, que es distribuïen en diferents punts de l’embrió i com a resultat de la seva actuació permetien una segmentació d’aquest. Però per una altra banda, aquestes diferents proteïnes gap permetran l’expressió dels gens homeòtics que s’encarregaran de la determinació de l’identitat dels segments. Cada proteïna gap generada en un punt concret, permetrà la transcripció d’un gen homeotic diferent, la qual cosa permetrà una correlació entre els diferents segments i la seva identitat.