Si no se trata, la enfermedad celíaca puede originar anemia, alteraciones de los huesos y, en raras ocasiones, determinados tipos de cáncer. Lo más importante del tratamiento consiste en eliminar de la alimentación cualquier producto que contenga gluten. Esto suele bastar para que mejore e incluso desaparezca la lesión del revestimiento epitelial del intestino. Sin embargo, la lesión reaparecerá si se reintroduce el gluten en la dieta.