Esta infección se adquiere por la inhalación de agua con amebas. Una vez en las fosas nasales las amebas viajan rápidamente a través de los tejidos olfatorios llegando al cerebro y concentrándose en el encéfalo. Dado que la invasión es muy rápida y las amebas se reproducen aceleradamente, comienza la destrucción masiva del cerebro y ocurren numerosas hemorragias en gran parte del sistema nervioso central, y la muerte sobreviene en el lapso de tres y siete días, dependiendo del manejo y resistencia del paciente, así como de la virulencia del microorganismo invasor.