Tots els gens homeòtics selectors codifiquen factors de transcripció, presenten una seqüència de 180b anomenada homeobox (corresponent a l'homeodomini de 60 aa que s'uneix al DNA, de la proteïna homeòtica que a més té un Nt variable) que s'ha conservat al llarg de l'evolució, es troben agrupats formant complexs o famílies de gens en els cromosomes, i presenten colinearitat (l'ordenació dels gens al cromosoma es correspon amb els seus límits anteriors d'expressió al cos: es pot comprovar visualitzant proteïnes homeòtiques marcades a l'embrió). Les proteïnes homeòtiques són factors de transcripció que activen l'expressió d'altres gens, iniciant-se una cascada d'acció gènica que dóna lloc a canvis importants al desenvolupament.