Classiquement, on considérait qu'un tiers des patients décédait à la phase aiguë, un tiers guérissait sans séquelles, le dernier tiers gardait des sequelles, syndrome parkinsonien sutout pouvant apparaître après un délai variable, jusqu'à 20 ans. L'association à des crises oculogyres est considérée comme pathognomonique du syndrome parkinsonien postencéphalitique.