Problemas gastrintestinais podem causar anorexia. Estomatite necrótica, esofagite, gastrenterite, alterações odontológicas, abscessos ou neoplasias em qualquer porção do trato gastrintestinal, e intussuscepção, pode causar anorexia. Endoparasitos como cestódeos, nematódeos e protozoários são mais incriminados do que leveduras ou fungos. 
Alguns autores descrevem os vírus como associados em alguns processos anoréticos como herpesvírus em quelônios, paramyxovírus e serpentes, e adenovírus e herpesvírus em (Elaphe spp). Micoplasmose em Gopherus agassizii tem sido associada com anorexia.