Contraindicat en la hemorràgia interna activa , història recent d´úlcera pèptica , varius esofàgiques, colitis ulcerosa, pancreatitis, defectes de la coagulació, després de la cirurgia recent, part o traumatisme, hipertensió greu, ictus recent, hemorràgia cerebral, neoplàsia cerebral, i embaraç (particularment durant les primeres 18 setmanes). La estreptoquinasa està contraindicada també en la endocarditis bacteriana subaguda i en infeccions estreptocòciques , així com en malalts que han rebut tractament amb aquest preparat en els 12 mesos previs. No han de practicarse injeccions intramusculars i així com altra tècnica invasiva inmediatament abans, durant i inmediatament després de la administració del fibrinolític .