La detección del gen es, en este caso, independiente de su expresión en el hospedador, pero requiere la utilización de una sonda específica de ADN o ARN marcada radioactivamente. Esto es fácil de conseguir si previamente se ha purificado el ARNm del gen en cuestión o un ADN igual o muy similar al que se desea detectar. También puede utilizarse como sonda el ARN de un cultivo de células si el ARN específico es muy abundante (como es el caso de los ARNr) o si el gen deseado se expresa preeminentemente en determinadas circunstancias.