Die Bezeichnung "Freilebende Amöben" (FLA) wurde ursprünglich etabliert, um diese Amöben von den parasitischen Entamöben abzutrennen. Es zeigte sich aber, dass auch einige Vertreter der FLA als Krankheitserreger beim Menschen auftreten können. Amöben der Gattung Acanthamoeba sind die Erreger der Acanthamoeba-Keratitis (AK), einer hauptsächlich bei Kontaktlinsenträgern auftretenden Entzündung der Hornhaut des Auges. Außerdem können sie, ebenso wie Balamuthia mandrillaris, vor allem bei Immunsupprimierten, Hautläsionen, Pneumonie und die granulomatöse Amöbenenzephalitis (GAE) hervorrufen. Die zur Geißelbildung befähigte Naegleria fowleri schließlich ist der Erreger der Primären Amöbenmeningoenzephalitits (PAME).