También se considera caso clínico el de cualquier animal que en la necropsia en la propia explotación o que en el matadero presente lesiones de paratuberculosis: lesiones granulomatosas en la válvula ileocecal o en cualquier otra parte del intestino delgado y grueso, limfadenitis de los nódulos mesentéricos, y en ocasiones linfagitis y edemas.