Le complicanze a livello del SNC comprendono l'encefalite, le convulsioni, la sindrome di Guillain-Barré, la neuropatia periferica, la meningite asettica, la mielite, le paralisi dei nervi cranici e le psicosi. L'encefalite associata al EBV può presentarsi con manifestazioni cerebellari, o può essere globale e rapidamente progressiva, mimando l'encefalite da herpes simplex. Diversamente da quest'ultima, l'encefalite associata al EBV è di solito autolimitata.