A la fig. 17.12 es mostra un esquema del mecanisme de les interaccions que tenen lloc en els dos sistemes comentats, A - fase normal i B - fase inversa. Es pot observar que les molècules polars són atretes pels grups silanol de l'adsorbent mentre que les no polars es mantenen a la fase mòbil. En el cas d'un sistema en fase inversa el fenomen és el contrari ja que l'adsorbent modificat amb una cadena alifàtica és no polar i, per tant, interacciona amb les molècules no polars, les quals queden retingudes, mentre que les polars es mantenen a la fase mòbil.