También llamada proteolisis, son los cambios que acontecen sobre las proteínas. Todos los elementos nitrogenados del queso joven existen en forma de proteínas insolubles en agua, pero al progresar la maduración, parte de estas proteínas se hidrolizan enzimáticamente (enzimas), dando lugar a la formación de compuestos más simples, que ya son solubles en el agua.
Como producto final de esta degradación, aparecen los aminoácidos, responsables de la calidad del queso, en unas etapas degradatorias ignorándose si el total o sólo una parte de la caseína es desdoblada, ya que en el queso ya maduro (maduración) aparece, a veces, caseína con ligera o ninguna transformación.