Però diversos estudis han permès observar una reducció del nombre de neurones productores de serotonina en individus que havien pres èxtasi, un fet relacionat directament amb la intensitat del consum. Estudis neuropsicològics han revelat alteracions de la memòria i d'altres funcions cerebrals superiors, així com una freqüència més gran de trastorns depressius i de la son en consumidors de la droga.