La metodologia transcendental conté quatre capítols en els quals es determinen les condicions generals del sistema de la raópura i les seves condicions formals: disciplina (on es discuteixen els supòsits dogmàtics i escèptics), cànon (segons Kant el conjunt de principis a priori per a l'ús legítim de la facultat de conèixer), arquitectònica (estructura dels diferents tipus de coneixement) i història (tipificació de les grans opcions filosòfiques).