Chez l'enfant qui présente de l'encoprésie, le médecin doit déterminer si l'incontinence fécale est due à un trouble neuromusculaire congénital ou acquis, ou à un trouble du comportement. Toutefois, la plupart des enfants se souillent à la suite d'un fécalome chronique et d'un trop-plein. Dans ces cas, les enfants peuvent éprouver des troubles de comportement secondaires, mais leur principal problème en est un de distension rectale importante avec perte de l'angle rectal / ano-rectal et de la fonction de continence de l'anneau pubo-rectal. Chaque fois qu'il y a un mouvement de masse, le seul mécanisme de continence résiduelle chez ces enfants est le sphincter anal externe volontaire, qui se fatigue rapidement, entraînant un souillage involontaire. Il n'est pas inhabituel pour de tout jeunes enfants de nier avoir connaissance de ce qui se passe, parce que s'ils admettent qu'ils en sont conscients, leurs parents s'attendent à ce qu'ils soient capables de prévenir ce souillage. Ces enfants retrouveront leur continence seulement si leur distension rectale est soulagée.