S’ha d’iniciar en tots els casos de TB respiratòria confirmada o sospitada, incloses les formes pleurals perquè poden associar-se a malaltia parenquimatosa subjacent no apreciable en una radiografia convencional. Són infecciosos tots els casos amb cultiu d’esput positiu i, molt especialment, aquells en què l’examen directe de l’esput és també positiu. La diferència en la contagiositat dels pacients amb expectoració espontània i aquells en els que les mostres respiratòries s’obtenen per broncoscòpia no ha estat determinada, si bé alguns experts aconsellen considerar-les equivalents a l’esput.