El género Naegleria está considerado dentro del grupo de las llamadas amibas de vida libre. Su distribución es mundial, encontrándose frecuentemente en cuerpos de agua dulce como: lagos, lagunas, estanques, piscinas y canales de riego. Es a partir de 1983 que ha adquirido importancia médica debido a los informes de casos en países como Estados Unidos de Norteamérica, Australia, Checoslovaquia, Bélgica, India y Perú. Naegleria fowleri puede encontrarse en forma de trofozoo, quiste y organismo flagelado. El trofozoo es alargado, mide de 15 a 30 micrómetros de diámetro y carece de cromatina periférica. El cariosoma es grande y se observa rodeado de un halo; el citoplasma presenta granulaciones irregulares en tamaño. El quiste es esférico y presenta una doble pared con dos a tres poros. El organismo flagelado es un estado transitorio que adopta el parásito en cultivo o cuando se suspende en solución salina isotónica estéril. Es alargado y presenta dos flagelos, que emergen de su porción anterior.