Cuando el gluten (presente en el trigo, el centeno y la cebada) entra en contacto con el revestimiento interno del intestino delgado se produce una reacción por la cual el sistema inmune ataca erróneamente a dicho revestimiento como si se tratara de un agresor externo. La mucosa del intestino delgado posee vellosidades, que son pequeñas proyecciones digitiformes sólo observables al microscopio.