L'intervento di vaginoplastica consta di due fasi : demolitiva e ricostruttiva. La fase demolitiva prevede l'asportazione degli organi genitali originari (castrazione) : testicoli, epididimo e funicolo, corpi cavernosi, uretra peniena. Nella fase ricostruttiva la pelle del pene viene introflessa a "dito di guanto" per foderare una neo-cavità ricavata tra retto e vescica. Una porzione del glande viene conservata per costruire un clitoride che conservi sensibilità erogena specifica e permetta nel 70-80 % dei casi di avere una buona sensibilità erotica durante i rapporti sessuali.