En el interior del SNC, los macrófagos, linfocitos Th-1 y linfocitos B se encuentran con el epítopo reconocible y sufren una expansión clonal con secreción de sustancias 'proinflamatorias' (TNF-á , IL-2, IFN-ß , inmunoglobulinas, complemento, neopterina, monóxido de nitroso, radicales libres, metaloproteasas, etc.), que dan lugar a la lesión de la mielina, los axones o los oligodendrocitos.