Alcuni tipi di adenovirus infettano soltanto il tratto intestinale, spesso senza provocare sintomi, sebbene possano verificarsi enterite, adenite mesenterica e intussuscezione. L'infezione con gli adenovirus dei tipi 1, 2 e 5 ha come risultato lo stato di latenza del virus nelle tonsille e nelle adenoidi. Circa l'80% delle tonsille asportate contiene tali virus.