En general, dorzolamida i latanoprost són ben tolerats atesa la seva escassa absorció sistèmica. Ambdós fàrmacs poden produir coïssor i pruïja ocular, queratitis puntejada superficial o reaccions al·lèrgiques lleus, sobretot conjuntivitis i afectació de la parpella, visió borrosa, llagrimeig, ull sec i fotofòbia. També s'ha descrit uveïtis anterior i edema macular cistoide per lanatoprost.