Existeix una clara predisposició familiar. Fins un 50% dels familiars de primer grau dels pacients amb tiroïditis autoimmune tenen anticossos antitiroidals positius, i una gran part d'aquests, tenen a més patologia tiroidal activa. En síndromes amb alta prevalencia d'enfermetat autoimmune és freqüent l'hipotiroïdisme subclinic: síndrome de Down (32%), síndrome de Turner (8%). També pot aparèixer en malalties autoimmunes com diabetes mellitus tipo 1, anèmia hemolítica autoimmune i enfermetat de Addison.