Cuando se produce candidiasis en la boca o la vagina, es posible aplicar fármacos antimicóticos directamente sobre el área o bien se puede administrar fluconazol por vía oral. La candidiasis que se ha extendido por todo el cuerpo es una enfermedad grave, progresiva y potencialmente mortal que suele ser tratada con anfotericina B intravenosa, a pesar de que el fluconazol resulta eficaz en algunas personas.