Método de separación fraccionada de los componentes celulares por utilización de la fuerza centrífuga. La centrifugación diferencial consiste en separar sucesivamente, a partir de un homonogeado inicial, los distintos gránulos en función de sus densidades respectivas. Se recoge ante todo el primer precipitado que contiene los elementos más pesados, los cuales se disponen en el fondo del tubo de la centrífuga, y a continuación el sobrenadante se somete a una fuerza centrífuga más intensa. Esta operación se repite varias veces, aumentando en cada caso la velocidad de rotación.
La concentración en gradiente de densidad consiste en centrifugar el homogenado situado en la parte superior de un tubo que contiene soluciones (sacarosa, acrilamida) cuya densidad aumenta desde la superfície al fondo del tubo. Los elementos separados se localizan a nivel de la densidad más próxima a la suya propia.