Armstrong et Vaughan (1998) remarquent que la stimulation bilatérale dans le traitement de l'EMDR empêche une réaction biologique d'un souvenir traumatique : la stimulation active une réaction d'orientation, qui contrecarre un niveau d'activation élevé. Ceci a pour effet de produire un effacement accéléré du matériel traumatique. Il y a donc une opposition entre deux systèmes, l'un physiologiquement ancré (réaction d'orientation) l'autre neurophysiologiquement (souvenir traumatique). D'autres recherches doivent encore être menées à ce sujet.