Analysis of the melon (Cucumis melo) small RNAome by high-throughput pyrosequencing
Gonzalez-Ibeas, Daniel (Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura)
Blanca, José (Instituto de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana)
Donaire, Livia (Centro de Investigaciones Biológicas (Madrid))
Saladié, Montserrat (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Mascarell Creus, Albert (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Caño Delgado, Ana I. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Llave, César (Centro de Investigaciones Biológicas (Madrid))
Aranda, Miguel A. (Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura)

Data:	2011
Resum:	Background:Melon (Cucumis melo L. ) is a commercially important fruit crop that is cultivated worldwide. The melon research community has recently benefited from the determination of a complete draft genome sequence and the development of associated genomic tools, which have allowed us to focus on small RNAs (sRNAs). These are short, non-coding RNAs 21-24 nucleotides in length with diverse physiological roles. In plants, they regulate gene expression and heterochromatin assembly, and control protection against virus infection. Much remains to be learned about the role of sRNAs in melon. Results: We constructed 10 sRNA libraries from two stages of developing ovaries, fruits and photosynthetic cotyledons infected with viruses, and carried out high-throughput pyrosequencing. We catalogued and analysed the melon sRNAs, resulting in the identification of 26 known miRNA families (many conserved with other species), the prediction of 84 melon-specific miRNA candidates, the identification of trans-acting siRNAs, and the identification of chloroplast, mitochondrion and transposon-derived sRNAs. In silico analysis revealed more than 400 potential targets for the conserved and novel miRNAs. Conclusion: We have discovered and analysed a large number of conserved and melon-specific sRNAs, including miRNAs and their potential target genes. This provides insight into the composition and function of the melon small RNAome, and paves the way towards an understanding of sRNA-mediated processes that regulate melon fruit development and melon-virus interactions.
Ajuts:	Ministerio de Ciencia e Innovación AGL2009/07552 Ministerio de Ciencia e Innovación AGR-BIO2006/13107
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	BMC genomics, Vol. 12 (2011) , art. 393, ISSN 1471-2164

DOI: 10.1186/1471-2164-12-393
PMID: 21812964

20 p, 1.4 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats