Approaching long genomic regions and large recombination rates with msParSm as an alternative to MaCS
Montemuiño Sosa, Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Espinosa, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Moure, Juan C. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Hernández Budé, Porfidio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Ramos Onsins, Sebastián Ernesto (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Data:	2016
Resum:	The msParSm application is an evolution of msPar, the parallel version of the coalescent simulation program ms, which removes the limitation for simulating long stretches of DNA sequences with large recombination rates, without compromising the accuracy of the standard coalescence. This work introduces msParSm, describes its significant performance improvements over msPar and its shared memory parallelization details, and shows how it can get better, if not similar, execution times than MaCS. Two case studies with different mutation rates were analyzed, one approximating the human average and the other approximating the Drosophila melanogaster average. Source code is available at https://github. com/cmontemuino/msparsm.
Ajuts:	Ministerio de Economía y Competitividad TIN2014-53234-C2-1-R Ministerio de Economía y Competitividad AGL2013-41834-R
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Coalescence ; Recombination ; Sequential Markov coalescent ; HPC ; MPI
Publicat a:	Evolutionary bioinformatics online, Vol. 12 (Oct. 2016) , p. 223-228, ISSN 1176-9343

DOI: 10.4137/EBO.S40268
PMID: 27721650

6 p, 1.2 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats