PMut : a web-based tool for the annotation of pathological variants on proteins, 2017 update
López-Ferrando, Víctor (Joint Program BSC-CRG-IRB Research Program for Computational Biology)
Gazzo, Andrea (Joint Program BSC-CRG-IRB Research Program for Computational Biology)
de la Cruz, Xavier (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Orozco López, Modesto (Universitat de Barcelona. Departament de Bioquímica i Biologia Molecular)
Gelpí, Josep Ll (Universitat de Barcelona. Departament de Bioquímica i Biologia Molecular)

Data:	2017
Resum:	We present here a full update of the PMut predictor, active since 2005 and with a large acceptance in the field of predicting Mendelian pathological mutations. PMut internal engine has been renewed, and converted into a fully featured standalone training and prediction engine that not only powers PMut web portal, but that can generate custom predictors with alternative training sets or validation schemas. PMut Web portal allows the user to perform pathology predictions, to access a complete repository of pre-calculated predictions, and to generate and validate new predictors. The default predictor performs with good quality scores (MCC values of 0. 61 on 10-fold cross validation, and 0. 42 on a blind test with SwissVar 2016 mutations). The PMut portal is freely accessible at http://mmb. irbbarcelona. org/PMut. A complete help and tutorial is available at http://mmb. irbbarcelona. org/PMut/help.
Ajuts:	Ministerio de Educación, Cultura y Deporte BIO2015-64802-R-32868 Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2015-0493 Ministerio de Educación, Cultura y Deporte TIN2012-34557 Ministerio de Economía y Competitividad TEC2015-67774-C2-2-R Agencia Estatal de Investigación SAF2016-80255-R Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014/SGR-134 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014/SGR-1051 Ministerio de Economía y Competitividad PT13/0001/0019 Ministerio de Economía y Competitividad PT13/0001/0028 European Commission 676559 European Commission 674728 European Commission 676566
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Document:	Article
Publicat a:	Nucleic acids research, Vol. 45 (april 2017), p. W222-W228, ISSN 1362-4962

7 p, 1.1 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats