Matching cell lines with cancer type and subtype of origin via mutational, epigenomic, and transcriptomic patterns
Salvadores, Marina (Institut de Recerca Biomèdica de Lleida)
Fuster-Tormo, Francisco (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras)
Supek, F. (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats)
Universitat Autònoma de Barcelona

Data:	2020
Resum:	Cell lines are commonly used as cancer models. The tissue of origin provides context for understanding biological mechanisms and predicting therapy response. We therefore systematically examined whether cancer cell lines exhibit features matching the presumed cancer type of origin. Gene expression and DNA methylation classifiers trained on ~9000 tumors identified 35 (of 614 examined) cell lines that better matched a different tissue or cell type than the one originally assigned. Mutational patterns further supported most reassignments. For instance, cell lines identified as originating from the skin often exhibited a UV mutational signature. We cataloged 366 "golden set"cell lines in which transcriptomic and epigenomic profiles strongly resemble the cancer type of origin, further proposing their assignments to subtypes. Accounting for the uncertain tissue of origin in cell line panels can change the interpretation of drug screening and genetic screening data, revealing previously unknown genomic determinants of sensitivity or resistance.
Ajuts:	Ministerio de Economía y Competitividad BFU2017-89833-P
Nota:	Altres ajuts: M.S. is funded by the FPU2017 fellowship of the Spanish government. We acknowledge funding from the Severo Ochoa Center of Excellence award to the IRB Barcelona.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	Science advances, Vol. 6 Núm. 27 (july 2020) , p. eaba1862, ISSN 2375-2548

DOI: 10.1126/sciadv.aba1862
PMID: 32937430

16 p, 2.5 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut d'Investigació en Ciencies de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP) > Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats