Pseudomonas germanica sp. nov., isolated from Iris germanica rhizomes
Atanasov, Kostadin E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Miñana-Galbis, David (Universitat de Barcelona. Departament de Biologia, Sanitat i Medi Ambient)
Gallego, Julia (LEITAT Technological Center (Barcelona))
Serpico, Annabel (LEITAT Technological Center (Barcelona))
Bosch, Montserrat (LEITAT Technological Center (Barcelona))
Altabella Artigas, Teresa (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Ferrer, Albert (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Data:	2022
Resum:	Through bacterial plant-endophyte extraction from rhizomes of Iris germanica plant, a Gram-stain-negative, aerobic, catalase- and oxidase-positive gammaproteobacterial strain, referred to as FIT28T, was isolated. FIT28T shows vigorous growth on nutrient rich media within the temperature range of 4-35 °C, with optimal growth at 28 °C, a wide pH tolerance from pH 5 to 11, and salt tolerance up to 6 % (w/v) NaCl. Colonies are white-yellow and quickly become mucoid. The results of analysis of the 16S rRNA gene sequence placed the strain within the genus Pseudomonas, and multilocus sequence analysis (MLSA) using 16S rRNA, rpoB, gyrB and rpoD concatenated sequences revealed that the closest relatives of FIT28T are Pseudomonas zeae OE48. 2T, 'Pseudomonas crudilactis' UCMA 17988, Pseudomonas tensinigenes ZA5. 3T, Pseudomonas helmanticensis OHA11T, Pseudomonas baetica a390T, Pseudomonas iridis P42T, Pseudomonas atagonensis PS14T and Pseudomonas koreensis Ps 9-14T, within the Pseudomonas koreensis subgroup of the Pseudomonas fluorescens lineage. The genome size of FIT28T is about 6. 7 Mb with 59. 09 mol% DNA G+C content. Average nucleotide identity (ANI) and digital DNA-DNA hybridization (dDDH) values calculated from the genomic sequences of FIT28T, and the closely related P. zeae OE48. 2T are 95. 23 and 63. 4 %, respectively. Biochemical, metabolic and chemotaxonomic studies further support our proposal that Pseudomonas germanica sp. nov. , should be considered a novel species of the genus Pseudomonas. Hence, the type strain FIT28T (=LMG 32353T=DSM 112698T) has been deposited in public cell-type culture centres.
Ajuts:	Ministerio de Ciencia e Innovación RTC-2017-6431 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-710 Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2015-0533 Agencia Estatal de Investigación CEX2019-000902-S
Nota:	Altres ajuts: CERCA Programme/Generalitat de Catalunya
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió acceptada per publicar
Matèria:	Average nucleotide identity ; Digital DNA-DNA hybridization ; Endophyte ; Iris germanica ; Multilocus sequence analysis ; Pseudomonas and type-strain
Publicat a:	International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Vol. 72, Issue 3 (March 2022) , ISSN 1466-5034

DOI: 10.1099/ijsem.0.005268

Postprint 30 p, 2.6 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats