Beyond copy number : A new, rapid, and versatile method for sequencing the entire SMN2 gene in SMA patients
Blasco-Pérez, Laura (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Paramonov, Ida (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Leno Colorado, Jordi (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Bernal, Sara (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Alías, Laura (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras)
Fuentes-Prior, Pablo (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Cusco, Ivon (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras)
Tizzano, E.F. (Hospital Universitari Vall d'Hebron)

Data:	2021
Resum:	Spinal muscular atrophy (SMA) is caused by bi-allelic loss or pathogenic variants in the SMN1 gene. SMN2, the highly homologous copy of SMN1, is considered the major phenotypic modifier of the disease. Determination of SMN2 copy number is essential to establish robust genotype-phenotype correlations and predict disease evolution, to stratify patients for clinical trials, as well as to define those eligible for treatment. Discordant genotype-phenotype correlations are not uncommon in SMA, some of which are due to intragenic SMN2 variants that may influence the amount of complete SMN transcripts and, therefore, of full-length SMN protein. Detection of these variants is crucial to predict SMA phenotypes in the present scenario of therapeutic advances and with the perspective of SMA neonatal screening and early diagnosis to start treatments. Here, we present a novel, affordable, and versatile method for complete sequencing of the SMN2 gene based on long-range polymerase chain reaction and next-generation sequencing. The method was validated by analyzing samples from 53 SMA patients who lack SMN1, allowing to characterize paralogous, rare variants, and single-nucleotide polymorphisms of SMN2 as well as SMN2-SMN1 hybrid genes. The method identifies partial deletions and can be adapted to determine rare pathogenic variants in patients with at least one SMN1 copy.
Ajuts:	Instituto de Salud Carlos III FISPI18/000687
Nota:	Altres ajuts: Biogen (ESP-SMG-17-11256); Galicia AME; Fundación Daniel Bravo Andreu; SMA Europe; Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER).
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Next-generation sequencing ; Paralogous variants ; Phenotype-genotype correlations ; SMN2 copies ; Spinal muscular atrophy
Publicat a:	Human mutation, Vol. 42 Núm. 6 (june 2021) , p. 787-795, ISSN 1098-1004

DOI: 10.1002/humu.24200
PMID: 33739559

9 p, 1.3 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut de Recerca Sant Pau
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats