CARB-ES-19 Multicenter Study of Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli From All Spanish Provinces Reveals Interregional Spread of High-Risk Clones Such as ST307/OXA-48 and ST512/KPC-3
Cañada-García, Javier E. (Centro Nacional de Microbiología (Espanya))
Moure García, Zaira (Laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria. Centro Nacional de Microbiología. Instituto de Salud Carlos III)
Sola-Campoy, Pedro J. (Laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria. Centro Nacional de Microbiología. Instituto de Salud Carlos III)
Delgado-Valverde, Mercedes (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas)
Cano, María E. (Instituto de Investigación Marqués de Valdecilla)
Gijón, Desirèe (Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria (Madrid))
González, Mónica (Instituto de Investigación Biomédica de A Coruña)
Gracia-Ahufinger, Irene. (Instituto Maimónides de Investigación Biomédica de Córdoba)
Larrosa, Nieves (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Mulet, Xavier (Institut d'Investigació Sanitària Illes Balears)
Pitart, Cristina (Institut de Salut Global de Barcelona)
Rivera, Alba (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Bou, German (Instituto de Investigación Biomédica de A Coruña)
Calvo, Jorge (Instituto de Investigación Marqués de Valdecilla)
Cantón, Rafael (Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria (Madrid))
González-López, Juan José (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Martínez-Martínez, Luis (Universidad de Córdoba. Departamento de Química Agrícola, Edafología y Microbiología)
Navarro Risueño, Ferran (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Oliver, Antonio (Institut d'Investigació Sanitària Illes Balears)
Palacios-Baena, Zaira R. (Universidad de Sevilla. Departamento de Microbiología)
Pascual Hernández, Álvaro (Universidad de Sevilla. Departamento de Microbiología)
Ruiz-Carrascoso, Guillermo (Instituto de Investigación Sanitaria del Hospital Universitario La Paz)
Vila, Jordi (Institut de Salut Global de Barcelona)
Aracil, Belén (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas)
Pérez-Vázquez, María (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas)
Oteo-Iglesias, Jesús (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas)
Universitat Autònoma de Barcelona

Data:	2022
Resum:	Objectives: CARB-ES-19 is a comprehensive, multicenter, nationwide study integrating whole-genome sequencing (WGS) in the surveillance of carbapenemase-producing K. pneumoniae (CP-Kpn) and E. coli (CP-Eco) to determine their incidence, geographical distribution, phylogeny, and resistance mechanisms in Spain. Methods: In total, 71 hospitals, representing all 50 Spanish provinces, collected the first 10 isolates per hospital (February to May 2019); CPE isolates were first identified according to EUCAST (meropenem MIC > 0. 12 mg/L with immunochromatography, colorimetric tests, carbapenem inactivation, or carbapenem hydrolysis with MALDI-TOF). Prevalence and incidence were calculated according to population denominators. Antibiotic susceptibility testing was performed using the microdilution method (EUCAST). All 403 isolates collected were sequenced for high-resolution single-nucleotide polymorphism (SNP) typing, core genome multilocus sequence typing (cgMLST), and resistome analysis. Results: In total, 377 (93. 5%) CP-Kpn and 26 (6. 5%) CP-Eco isolates were collected from 62 (87. 3%) hospitals in 46 (92%) provinces. CP-Kpn was more prevalent in the blood (5. 8%, 50/853) than in the urine (1. 4%, 201/14,464). The cumulative incidence for both CP-Kpn and CP-Eco was 0. 05 per 100 admitted patients. The main carbapenemase genes identified in CP-Kpn were bla (263/377), bla (62/377), bla (28/377), and bla (12/377). All isolates were susceptible to at least two antibiotics. Interregional dissemination of eight high-risk CP-Kpn clones was detected, mainly ST307/OXA-48 (16. 4%), ST11/OXA-48 (16. 4%), and ST512-ST258/KPC (13. 8%). ST512/KPC and ST15/OXA-48 were the most frequent bacteremia-causative clones. The average number of acquired resistance genes was higher in CP-Kpn (7. 9) than in CP-Eco (5. 5). Conclusion: This study serves as a first step toward WGS integration in the surveillance of carbapenemase-producing Enterobacterales in Spain. We detected important epidemiological changes, including increased CP-Kpn and CP-Eco prevalence and incidence compared to previous studies, wide interregional dissemination, and increased dissemination of high-risk clones, such as ST307/OXA-48 and ST512/KPC-3.
Ajuts:	Instituto de Salud Carlos III PI18CIII/00030 Instituto de Salud Carlos III PI21CIII/00039 Instituto de Salud Carlos III RD16CIII/0004/0002 Instituto de Salud Carlos III RD16/0016/0001 Instituto de Salud Carlos III RD16/0016/0003 Instituto de Salud Carlos III RD16/0016/0004 Instituto de Salud Carlos III RD16/0016/0006 Instituto de Salud Carlos III RD16/0016/0007 Instituto de Salud Carlos III RD16/0016/0008 Instituto de Salud Carlos III RD16/0016/0010 Instituto de Salud Carlos III RD16/0016/0011 Instituto de Salud Carlos III CB21/13/00095 Instituto de Salud Carlos III CB21/13/00012 Instituto de Salud Carlos III CB21/13/00049 Instituto de Salud Carlos III CB21/13/00054 Instituto de Salud Carlos III CB21/13/00055 Instituto de Salud Carlos III CB21/13/00068 Instituto de Salud Carlos III CB21/13/00081 Instituto de Salud Carlos III CB21/13/00084 Instituto de Salud Carlos III CB21/13/00099
Nota:	Altres ajuts: Subdirección General de Redes y Centros de Investigación Cooperativa; Ministerio de Economía y Competitividad; Spanish Network for Research in Infectious Diseases; European Development Regional Fund "A way to achieve Europe" (FEDER, Operative Program Intelligent Growth 2014-2020); CIBER - Consorcio Centro de Investigación Biomédica en Red; Ministerio de Ciencia e Innovación; Unión Europea (NextGenerationEU).
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Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	CARB-ES-19 study ; Carbapenemases ; Whole genome sequencing ; Klebsiella pneumoniae ; High-risk clones
Publicat a:	Frontiers in microbiology, Vol. 13 (june 2022) , p. 918362, ISSN 1664-302X

DOI: 10.3389/fmicb.2022.918362
PMID: 35847090

13 p, 3.7 MB

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