In silico analysis reveals substantial variability in the gene contents of the Gammaproteobacteria LexA-regulon
Erill, Ivan (Centro Nacional de Microelectrónica (Espanya))
Escribano, Marcos (Centro Nacional de Microelectrónica (Espanya))
Campoy Sánchez, Susana (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Barbé García, Jordi (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)

Data:	2003
Resum:	Motivation: Motif-prediction algorithm capabilities for the analysis of bacterial regulatory networks and the prediction of new regulatory sites can be greatly enhanced by the use of comparative genomics approaches. In this study, we make use of a consensus-building algorithm and comparative genomics to conduct an in-depth analysis of the LexA-regulon of gamma proteobacteria, and we use the inferred results to study the evolution of this regulatory network and to examine the usefulness of the control sequences and gene contents of regulons in phylogenetic analysis. - Results: We show, for the first time, the substantial heterogeneity that the LexA-regulon of gamma proteobacteria displays in terms of gene content and we analyze possible branching points in its evolution. We also demonstrate the feasibility of using regulon-related information to derive sound phylogenetic inferences. - Availability: Complementary analysis data and both the source code and the Windows-executable files of the consensus-building software are available at http://www. cnm. es/~ivan/RCGScanner/.
Ajuts:	Ministerio de Ciencia y Tecnología BMC2001-2065 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2001/SGR-206
Drets:	Aquest material està protegit per drets d'autor i/o drets afins. Podeu utilitzar aquest material en funció del que permet la legislació de drets d'autor i drets afins d'aplicació al vostre cas. Per a d'altres usos heu d'obtenir permís del(s) titular(s) de drets.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió acceptada per publicar
Publicat a:	Bioinformatics, Vol. 19, issue. 17 (Nov. 2003) , p. 2225-2236, ISSN 1367-4811

DOI: 10.1093/bioinformatics/btg303

Postprint 16 p, 399.2 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats