Extracting microbial genomes from coral genomic data
Moscat Martínez, Laura
Del Campo, Javier tut.
Martinez-Urtaza, Jaime tut. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències

Data:	2024
Descripció:	45 pag.
Resum:	Although the taxonomy of coral microbiomes is well documented, their functional role in coral ecosystems remains poorly understood. Access to the genomes of microbial communities can enhance our understanding of their metabolism, capabilities, and interactions with corals and their environment. We downloaded raw coral (meta)genomes from the NCBI-SRA database, including genetic information from the coral host but also from its associated microbiome. Microbiome information is commonly discarded as contaminants and never used. Employing the MAGs Factory pipeline, we extracted eukaryotic and prokaryotic genomes from the downloaded coral (meta)genomes. This workflow assembles raw reads into contigs and groups them into Metagenome-Assembled Genomes (MAGs). To filter complete MAGs, we used BUSCO's completeness metrics, the implications of which are discussed. We obtained 36 complete eukaryotic MAGs, all classified as corals, and 31 prokaryotic MAGs classified within the Pseudomonadota and SAR324 phyla. We placed them in a broad phylogenomic context using for that the bacterial genomes available in the GTDB reference database. We identified bacterial species previously not known to be associated with corals. The availability of their genomes is crucial for advancing our understanding of their roles within the coral holobiont.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra, i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials i que es distribueixin sota la mateixa llicència que regula l'obra original. Cal que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Titulació:	Bioinformàtica / Bioinformatics [4313473]
Pla d'estudis:	Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
Document:	Treball de fi de postgrau
Matèria:	Holobiont ; Metagenome ; Genomes microbians ; Comamonas acidovorans ; Thalassobius atumunalis ; Thalassococcus halodurans ; Maritimibacter harenae ; Corall ; Holobionte ; Metagenoma ; Genomas microbianos ; Coral ; Metagenome-Assembled Genomes ; MAGs ; Microbial genomes

46 p, 2.2 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Treballs de recerca i projectes de final de carrera > Biociències. TFM