CNN-PepPred : an open-source tool to create convolutional NN models for the discovery of patterns in peptide sets-application to peptide-MHC class II binding prediction
Junet, Valentin (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Daura i Ribera, Xavier (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")

Data:	2021
Resum:	Summary: The ability to unveil binding patterns in peptide sets has important applications in several biomedical areas, including the development of vaccines. We present an open-source tool, CNN-PepPred, that uses convolutional neural networks to discover such patterns, along with its application to peptide-HLA class II binding prediction. The tool can be used locally on different operating systems, with CPUs or GPUs, to train, evaluate, apply and visualize models. Availability and implementation: CNN-PepPred is freely available as a Python tool with a detailed User's Guide at https://github. com/ComputBiol-IBB/CNN-PepPred. The site includes the peptide sets used in this study, extracted from IEDB (www. iedb. org). Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Ajuts:	European Commission 765158 Agencia Estatal de Investigación PID2019-111364RB-I00
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	Bioinformatics, Vol. 37, Issue 23 (December 2021) , p. 4567-4568, ISSN 1367-4811

DOI: 10.1093/bioinformatics/btab687
PMID: 34601583

2 p, 185.3 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut de Biotecnologia i de Biomedicina (IBB)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats