Multi-scale signaling and tumor evolution in high-grade gliomas
Liu, Jingxian (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Cao, Song (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Imbach, Kathleen (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa)
Gritsenko, Maarina A. (Biological Sciences Division. Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Lih, Tung-Shing M. (Johns Hopkins University School of Medicine (Estats Units d'Amèrica))
Kyle, Jennifer E. (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Yaron-Barir, Tomer M. (Columbia University Vagelos College of Physicians and Surgeons (Estats Units d'Amèrica))
Binder, Zev A. (Perelman School of Medicine. University of Pennsylvania (Estats Units d'Amèrica))
Li, Yize (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Strunilin, Ilya (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Wang, Yi-Ting (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Tsai, Chia-Feng (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Ma, Weiping (Icahn Institute of Genomics and Multiscale Biology. Icahn School of Medicine at Mount Sinai (Estats Units d'Amèrica))
Chen, Lijun (Johns Hopkins University School of Medicine (Estats Units d'Amèrica))
Clark, Natalie M. (The Broad Institute of MIT and Harvard (Estats Units d'Amèrica))
Shinkle, Andrew (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Naser Al Deen, Nataly (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Caravan, Wagma (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Houston, Andrew (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Simin, Faria Anjum (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Wyczalkowski, Matthew A. (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Wang, Liang-Bo (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Storrs, Erik (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Chen, Siqi (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Illindala, Ritvik (Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Li, uping D. (Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Jayasinghe, Reyka (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Rykunov, Dmitry (Icahn Institute of Genomics and Multiscale Biology. Icahn School of Medicine at Mount Sinai (Estats Units d'Amèrica))
Cottingham, Sandra L. (Spectrum Health and Helen DeVos Children's Hospital (Estats Units d'Amèrica))
Chu, Rosalie K. (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Weitz, Karl K. (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Moore, Ronald J. (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Sagendorf, Tyler (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Petyuk, Vladislav A. (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Nestor, Michael (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Bramer, Lisa M. (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Stratton, Kelly G. (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Schepmoes, Athena A. (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Couvillion, Sneha P. (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Eder, Josie (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Kim, Young-Mo (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Gao, Yuqian (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Fillmore, Thomas L. (Spectrum Health and Helen DeVos Children's Hospital (Estats Units d'Amèrica))
Zhao, Rui (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Monroe, Matthew E. (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Southard-Smith, Austin N. (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Li, Yang E. (Washington University School of Medicine (Estats Units d'Amèrica))
Jui-Hsien Lu, Rita (McDonnell Genome Institute. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Johnson, Jared L. (Meyer Cancer Center. Weill Cornell Medicine (Estats Units d'Amèrica))
Wiznerowicz, Maciej (Poznan University of Medical Sciences (Polònia))
Hostetter, Galen (Van Andel Research Institute (Estats Units d'Amèrica))
Newton, Chelsea J. (Van Andel Research Institute (Estats Units d'Amèrica))
Ketchum, Karen A. (ICF (Estats Units d'Amèrica))
Thangudu, Ratna R. (ICF (Estats Units d'Amèrica))
Barnholtz-Sloan, Jill S. (Center for Biomedical Informatics and Information Technology & Division of Cancer Epidemiology and Genetics. National Cancer Institute (Estats Units d'Amèrica))
Wang, Pei (Icahn Institute of Genomics and Multiscale Biology. Icahn School of Medicine at Mount Sinai (Estats Units d'Amèrica))
Fenyö, David (NYU Grossman School of Medicine (Estats Units d'Amèrica))
An, Eunkyung (Office of Cancer Clinical Proteomics Research. National Cancer Institute (Estats Units d'Amèrica))
Thiagarajan, Mathangi (Frederick National Laboratory for Cancer Research)
Robles, Ana I. (Office of Cancer Clinical Proteomics Research. National Cancer Institute (Estats Units d'Amèrica))
Mani, D.R. (The Broad Institute of MIT and Harvard (Estats Units d'Amèrica))
Smith, Richarf D. (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Porta-Pardo, Eduard (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras)
Cantley, Lewis C. (Dana-Farber Cancer Institute (Boston, Estats Units d'Amèrica). Harvard Medical School)
Iavarone, Antonio (Sylvester Comprehensive Cancer Center. University of Miami Miller School of Medicine)
Chen, Feng (Siteman Cancer Center. Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Mesri, Mehdi (Office of Cancer Clinical Proteomics Research. National Cancer Institute (Estats Units d'Amèrica))
Nasrallah, MacLean P. (University of Pennsylvania (Estats Units d'Amèrica))
Zhang, Hui (Johns Hopkins University School of Medicine (Estats Units d'Amèrica))
Resnick, Adam C. (The Children's Hospital of Philadelphia (Estats Units d'Amèrica))
Chheda, Milan G. (Washington University in St. Louis (Estats Units d'Amèrica))
Rodland, Karin D. (Oregon Health & Science University (Estats Units d'Amèrica))
Liu, Tao (Pacific Northwest National Laboratory (Estats Units d'Amèrica))
Ding, Li (Washington University School of Medicine (Estats Units d'Amèrica))
Universitat Autònoma de Barcelona

Data:	2024
Resum:	Although genomic anomalies in glioblastoma (GBM) have been well studied for over a decade, its 5-year survival rate remains lower than 5%. We seek to expand the molecular landscape of high-grade glioma, composed of IDH-wildtype GBM and IDH-mutant grade 4 astrocytoma, by integrating proteomic, metabolomic, lipidomic, and post-translational modifications (PTMs) with genomic and transcriptomic measurements to uncover multi-scale regulatory interactions governing tumor development and evolution. Applying 14 proteogenomic and metabolomic platforms to 228 tumors (212 GBM and 16 grade 4 IDH-mutant astrocytoma), including 28 at recurrence, plus 18 normal brain samples and 14 brain metastases as comparators, reveals heterogeneous upstream alterations converging on common downstream events at the proteomic and metabolomic levels and changes in protein-protein interactions and glycosylation site occupancy at recurrence. Recurrent genetic alterations and phosphorylation events on PTPN11 map to important regulatory domains in three dimensions, suggesting a central role for PTPN11 signaling across high-grade gliomas.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	CPTAC ; Glioblastoma ; Glycoproteomics ; Lipidome ; Metabolome ; Proteomics ; Single nuclei ATAC-seq ; Single nuclei RNA-seq ; Tumor recurrence
Publicat a:	Cancer Cell, Vol. 42 Núm. 7 (august 2024) , p. 1217-1238.e19, ISSN 1878-3686

DOI: 10.1016/j.ccell.2024.06.004
PMID: 38981438

42 p, 9.3 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut d'Investigació en Ciencies de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP) > Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats