Peptidomics Methods Applied to the Study of Flower Development
Álvarez Urdiola, Raquel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Borràs, Eva (Universitat Pompeu Fabra)
Valverde, Federico (Universidad de Sevilla. Instituto de Bioquímica Vegetal y Fotosíntesis - CSIC)
Matus, José Tomás (Universitat de València. Instituto de Biología Integrativa de Sistemas - CSIC)
Sabidó, Eduard (Universitat Pompeu Fabra)
Riechmann, José Luis (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Publicació:	New York : Humana, 2023
Resum:	Understanding the global and dynamic nature of plant developmental processes requires not only the study of the transcriptome, but also of the proteome, including its largely uncharacterized peptidome fraction. Recent advances in proteomics and high-throughput analyses of translating RNAs (ribosome profiling) have begun to address this issue, evidencing the existence of novel, uncharacterized, and possibly functional peptides. To validate the accumulation in tissues of sORF-encoded polypeptides (SEPs), the basic setup of proteomic analyses (i. e. , LC-MS/MS) can be followed. However, the detection of peptides that are small (up to ~100 aa, 6-7 kDa) and novel (i. e. , not annotated in reference databases) presents specific challenges that need to be addressed both experimentally and with computational biology resources. Several methods have been developed in recent years to isolate and identify peptides from plant tissues. In this chapter, we outline two different peptide extraction protocols and the subsequent peptide identification by mass spectrometry using the database search or the de novo identification methods.
Ajuts:	Ministerio de Economía y Competitividad BFU2014-58289-P Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-718 Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2015-0533 Agencia Estatal de Investigación PRE2018-084278 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-595
Nota:	Altres ajuts: CERCA Programme/Generalitat de Catalunya
Drets:	Aquest material està protegit per drets d'autor i/o drets afins. Podeu utilitzar aquest material en funció del que permet la legislació de drets d'autor i drets afins d'aplicació al vostre cas. Per a d'altres usos heu d'obtenir permís del(s) titular(s) de drets.
Llengua:	Anglès
Col·lecció:	Methods in Molecular Biology ; 2686
Document:	Capítol de llibre ; recerca ; Versió acceptada per publicar
Matèria:	Peptidome ; Ultrafiltration ; Ammonium sulphate ; Reverse phase chromatography ; C-18 ; Arabidopsis ; Mass spectrometry ; Database
Publicat a:	Flower Development: Methods and Protocols, 2023, p. 509-536, ISBN 978-1-0716-3299-4

DOI: 10.1007/978-1-0716-3299-4_24

Postprint 52 p, 1.7 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Llibres i col·leccions > Capítols de llibres