Comparison of Extracellular Vesicle Isolation Methods for miRNA Sequencing
Llorens-Revull, Meritxell (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Martínez-González, Brenda (Centro Nacional de Biotecnología)
Quer, Josep 1965- (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Esteban Mur, Juan Ignacio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Núñez-Moreno, Gonzalo (Universidad Autónoma de Madrid)
Minguez, Pablo (Universidad Autónoma de Madrid)
Burgui, Idoia (Unidad de Genómica (Madrid, Espanya))
Ramos-Ruiz, Ricardo (Unidad de Genómica (Madrid, Espanya))
Soria Benito, María Eugenia (Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" (Madrid))
Rico, Angie (Universitat Autònoma de Barcelona. Banc de Sang i Teixits)
Riveiro Barciela, Mar (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Sauleda, Silvia (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Piron, Maria (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Corrales Insa, Irene (Instituto de Salud Carlos III)
Borràs i Serres, Francesc Enric (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Rodríguez Frías, Francisco (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Rando-Segura, Ariadna (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Ramírez Serra, Clara (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Camós, Silvia (Hospital Universitari de Girona Doctor Josep Trueta)
Domingo, Esteban (Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" (Madrid))
Bes, Marta (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Perales Viejo, Celia (Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" (Madrid))
Costafreda Salvany, Maria Isabel (Universitat de Barcelona)

Data:	2023
Resum:	MicroRNAs (miRNAs) encapsulated in extracellular vesicles (EVs) are potential diagnostic and prognostic biomarkers. However, discrepancies in miRNA patterns and their validation are still frequent due to differences in sample origin, EV isolation, and miRNA sequencing methods. The aim of the present study is to find a reliable EV isolation method for miRNA sequencing, adequate for clinical application. To this aim, two comparative studies were performed in parallel with the same human plasma sample: (i) isolation and characterization of EVs obtained using three procedures: size exclusion chromatography (SEC), iodixanol gradient (GRAD), and its combination (SEC+GRAD) and (ii) evaluation of the yield of miRNA sequences obtained using NextSeq 500 (Illumina) and three miRNA library preparation protocols: NEBNext, NEXTFlex, and SMARTer smRNA-seq. The conclusion of comparison (i) is that recovery of the largest amount of EVs and reproducibility were attained with SEC, but GRAD and SEC+GRAD yielded purer EV preparations. The conclusion of (ii) is that the NEBNext library showed the highest reproducibility in the number of miRNAs recovered and the highest diversity of miRNAs. These results render the combination of GRAD EV isolation and NEBNext library preparation for miRNA retrieval as adequate for clinical applications using plasma samples.
Ajuts:	Instituto de Salud Carlos III PI18/00210 Instituto de Salud Carlos III PI19/00301 Instituto de Salud Carlos III PI19/00533 Instituto de Salud Carlos III PI21/00139 Instituto de Salud Carlos III PI22/00258 Ministerio de Economía y Competitividad CP14/00121 Ministerio de Economía y Competitividad SAF2014-52400-R Agencia Estatal de Investigación SAF2017-87846-R Fundaciό La Maratό de TV3 525/C/2021 Agencia Estatal de Investigación PID2020-113888RB-I00 Agencia Estatal de Investigación PID2021-126447OB-I00
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Extracellular vesicle isolation ; Mirna sequencing ; Diagnostic biomarker
Publicat a:	International journal of molecular sciences, Vol. 24 (july 2023) , ISSN 1422-0067

DOI: 10.3390/ijms241512183
PMID: 37569568

15 p, 1.8 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats