Specific Instability of HLA-A*03 : 01 Expression in HEK-293 Cells
Area Navarro, Maria Dolores (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Pastor-Moreno, Alba (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Scholz, Erika Margaret (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Cerqueira, Américo (Spanish National Biotechnology Centre)
Tirado-Herranz, Adrián (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Marcilla, Miguel (Spanish National Biotechnology Centre)
Canals, Francesc (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia)
Juan, Manel (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona)
Palacio Cornide, José Ramón (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Álvarez Pérez, Iñaki (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)

Data:	2025
Descripció:	15 pàg.
Resum:	HEK-293 is a highly transfectable human cell line widely used as a model for protein expression. Since large amounts of cells are often required for the purification of HLA immunopeptidomes, suspension-growing variants, such as HEK-293F, facilitate the generation of sufficient cell quantities. The HLA class I-typing of these cells is HLA-A*02:01, -A*03:01, -B*07:02, and -C*07:02. HEK-293T cells have been previously used as a source of HLA peptide ligands derived from SARS-CoV-2 proteins. In this study, we purified and analyzed the HLA-I immunopeptidome of HEK-293 and HEK-293F cells using mass spectrometry. Cell surface expression of specific HLA-I allotypes was determined using flow cytometry with allele-specific antibodies. The HLA-I immunopeptidome of HEK-293 cells contained ligands from all three HLA-I allotypes, whereas that of HEK-293F cells lacked peptides derived from HLA-A*03:01. Flow cytometry experiments confirmed the absence of HLA-A*03:01 expression on the surface of HEK-293F cells. Additionally, we generated a HEK-293 transfectant co-expressing the β5i proteasome subunit and the SARS-CoV-2 Spike protein. This transfectant showed selective loss of HLA-A*03:01 expression, suggesting that HEK-293 linages tend to specifically lose this allotype. We propose that HEK-293F cells are unsuitable for the identification of HLA-A*03:01 ligands or for stimulating T-cell responses restricted to this allele. Moreover, HLA-A*03:01 expression should be regularly monitored in HEK-293-derived cells.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	HLA ; Antigen presentation ; Immunopeptidome ; HEK-293 ; Peptides
Publicat a:	International journal of molecular sciences, Vol. 26, Num. 23 (November 2025) , art. 11357, ISSN 1422-0067

DOI: 10.3390/ijms262311357
PMID: 41373516

15 p, 1.8 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats