The non-conventional peptidome of Arabidopsis flower development
Álvarez Urdiola, Raquel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Matus, José Tomás (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
González Miguel, Víctor Manuel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Bernardo-Faura, Martí (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Riechmann, José Luis (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Data:	2026
Resum:	Unraveling the complexities of genomic data has revealed that the protein coding capacity of eukaryotic genomes has been underestimated. Eukaryotic genomes contain numerous unannotated short open reading frames (sORFs) that, localized in different types of RNA molecules, including long non-coding RNAs, may encode and produce biologically functional peptides. This study focuses on the characterization of the Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) sORF-derived flower peptidome, using the floral homeotic mutants apetala1, apetala2, apetala3, pistillata, and agamous in comparison to the wild type. For peptide identification by mass spectrometry (MS), we created an extensive database of hypothetical Arabidopsis peptides, which comprised putative sORF-encoded peptides from intergenic regions, untranslated regions, "non-coding" RNAs and other transcripts. In total, 1,874 hypothetical peptides were detected by MS, of which 132 were selected as higher-confidence peptides for further studies. Sixty of these higher-confidence peptides were predicted to be specifically expressed, or at least enriched, in particular floral organs. Approximately 25% of them belonged to putative gene families in A. thaliana, and 103 had potential homologs in other plant species. Additionally, distinct gene expression patterns were observed, in many cases consisting of specific expression in stamens during flower development.
Ajuts:	Ministerio de Economía y Competitividad BFU2014-58289-P Agencia Estatal de Investigación PID2022-139578NB-I00 Generalitat de Catalunya 2017/SGR-718 Generalitat de Catalunya 2021/SGR-00792 Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2015-0533 Agencia Estatal de Investigación CEX2019-000902-S Agencia Estatal de Investigación PRE2018-084278
Nota:	Altres ajuts: CERCA Programme/Generalitat de Catalunya
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	Plant physiology, Vol. 200, Num. 2 (February 2026) , art. kiag047, ISSN 1532-2548

DOI: 10.1093/plphys/kiag047

20 p, 2.0 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats