Streamlined Quantification of Microglial Morphology in Mouse Brains Using 3D Immunofluorescence Analysis
Donato, Maria Helena de (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Neurociències)
Kouchaeknejad, Armin (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Neurociències)
de Donato, Andreu (Universitat de Barcelona)
Walt, Gunter van der (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Neurociències)
Puighermanal Puigvert, Emma (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Neurociències)
Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia

Data:	2025
Resum:	Microglial cells are crucial patrolling immune cells in the brain and pivotal contributors to neuroinflammation during pathogenic or degenerative stress. Microglia exhibit a heterogeneous "dendrite-like" dense morphology that is subject to change depending on inflammatory status. Understanding the association between microglial morphology, reactivity, and neuropathology is key to informing treatment design in diverse neurodegenerative conditions from inherited encephalopathies to traumatic brain injuries. However, existing protocols for microglial morphology analyses lack standardization and are too complex and time-consuming for widescale adoption. Here, we describe a customized pipeline to quantitatively assess intricate microglial architecture in three dimensions under various conditions. This user-friendly workflow, comprising standard immunofluorescence staining, built-in functions of standard microscopy image analysis software, and custom Python scripts for data analysis, allows the measurement of important morphological parameters such as soma and dendrite volumes and branching levels for users of all skill levels. Overall, this protocol aims to simplify the quantification of the continuum of microglial pathogenic morphologies in biological and pharmacological studies, toward standardization of microglial morphometrics and improved inter-study comparability. Key features • Comparison of 3D microglial architecture between physiological and pathological conditions. • Quantitative assessment of critical microglial morphological features, including soma volume, dendrite volume, branch level, and filament length. • Simplified, semi-automated data export and analysis through simple Python scripts.
Ajuts:	Agencia Estatal de Investigación PID2021-125079OA-I00
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Microglia ; Imaris ; Morphology ; Neuroinflammation ; Cell phenotype ; Brain
Publicat a:	Bio-protocol, Vol. 15, Num. 4 (February 2025) , art. e5218, ISSN 2331-8325

DOI: 10.21769/BioProtoc.5218
PMID: 40034468

15 p, 870.7 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut de Neurociències (INc)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats