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13.
35 p, 12.9 MB A comprehensive genome variation map of melon identifies multiple domestication events and loci influencing agronomic traits / Zhao, Guangwei (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Lian, Qun (Agricultural Genomics Institute at Shenzhen) ; Zhang, Zhonghua (Chinese Academy of Agricultural Sciences. Institute of Vegetables and Flowers) ; Fu, Qiushi (Chinese Academy of Agricultural Sciences. Institute of Vegetables and Flowers) ; He, Yuhua (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Ma, Shuangwu (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Ruggieri, Valentino (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Monforte, Antonio J. (Instituto de Biologia Molecular y Celular de Plantas (València, Espanya)) ; Wang, Pingyong (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Julca, Irene (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Wang, Huaisong (Chinese Academy of Agricultural Sciences. Institute of Vegetables and Flowers) ; Liu, Junpu (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Xu, Yong (Beijing Key Laboratory of Vegetable Germplasm Improvement) ; Wang, Runze (Nanjing Agricultural University) ; Ji, Jiabing (Agricultural Genomics Institute at Shenzhen) ; Xu, Zhihong (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Kong, Weihu (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Zhong, Yang (Agricultural Genomics Institute at Shenzhen) ; Shang, Jianli (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Pereira, Lara (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Argyris, Jason (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Zhang, Jian (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Mayobre, Carlos (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pujol Abajo, Marta (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Oren, Elad (NeweYa'ar Research Center) ; Ou, Diandian (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Wang, Jiming (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Sun, Dexi (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Zhao, Shengjie (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Zhu, Yingchun (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Li, Na (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Katzir, Nurit (NeweYa'ar Research Center) ; Gur, Amit (NeweYa'ar Research Center) ; Dogimont, Catherine (Institut National de la Recherche Agronomique (França)) ; Schaefer, Hanno (Technical University of Munich. Department of Ecology and Ecosystem Management) ; Fan, Wei (Agricultural Genomics Institute at Shenzhen) ; Bendahmane, Abdelhafid (Institut National de la Recherche Agronomique (França)) ; Fei, Zhangjun (Cornell University. Boyce Thompson Institute for Plant Research) ; Pitrat, Michel (Institut National de la Recherche Agronomique (França)) ; Gabaldón, Toni (Centre de Regulació Genòmica) ; Lin, Tao (Agricultural Genomics Institute at Shenzhen) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Xu, Yongyang (Zhengzhou Fruit Research Institute) ; Huang, Sanwen (Agricultural Genomics Institute at Shenzhen)
Melon is an economically important fruit crop that has been cultivated for thousands of years; however, the genetic basis and history of its domestication still remain largely unknown. Here we report a comprehensive map of the genomic variation in melon derived from the resequencing of 1,175 accessions, which represent the global diversity of the species. [...]
2019 - 10.1038/s41588-019-0522-8
Nature genetics, Vol. 51, issue 11 (Nov. 2019) , p. 1607-1615  
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14.
9 p, 4.9 MB Cucurbit Genomics Database (CuGenDB) : A central portal for comparative and functional genomics of cucurbit crops / Zheng, Yi (Cornell University. Boyce Thompson Institute) ; Wu, Shan (Cornell University. Boyce Thompson Institute) ; Bai, Yang (Cornell University. Boyce Thompson Institute) ; Sun, Honghe (Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences. National Engineering Research Center for Vegetables) ; Jiao, Chen (Cornell University. Boyce Thompson Institute) ; Guo, Shaogui (Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences. National Engineering Research Center for Vegetables) ; Zhao, Kun (Cornell University. Boyce Thompson Institute) ; Blanca, José (Universitat Politècnica de València. Institut Universitari de Conservació i Millora de l'Agrodiversitat Valenciana) ; Zhang, Zhonghua (Chinese Academy of Agricultural Sciences. Institute of Vegetables and Flowers) ; Huang, Sanwen (Chinese Academy of Agricultural Sciences. Agricultural Genomics Institute at Shenzhen) ; Xu, Yong (Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences. National Engineering Research Center for Vegetables) ; Weng, Yiqun (University of Wisconsin. Department of Horticulture) ; Mazourek, Michael (Cornell University. Plant Breeding and Genetics Section) ; Reddy, Umesh K. (West Virginia State University. Department of Biology) ; Ando, Kaori (U.S. Crop Improvement and Protection Research Unit. Department of Agriculture-Agricultural Research Service) ; McCreight, James D. (Crop Improvement and Protection Research Unit. Department of Agriculture-Agricultural Research Service) ; Schaffer, Arthur A. (Volcani Center. Plant Science Institute) ; Burger, Joseph (Newe Yaar Research Center. Plant Science Institute) ; Tadmor, Yaakov (Newe Yaar Research Center. Plant Science Institute) ; Katzir, Nurit (Newe Yaar Research Center. Plant Science Institute) ; Tang, Xuemei (Cornell University. Boyce Thompson Institute) ; Liu, Yang (Cornell University. Horticulture Section) ; Giovannoni, James J. (U.S. Robert W. Holley Center for Agriculture and Health. Department of Agriculture-Agricultural Research Service) ; Ling, Kai-Shu (U.S. Vegetable Laboratory. Department of Agriculture-Agricultural Research Service) ; Wechter, William P. (U.S. Vegetable Laboratory. Department of Agriculture-Agricultural Research Service) ; Levi, Amnon (U.S. Vegetable Laboratory. Department of Agriculture-Agricultural Research Service) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Grumet, Rebecca (Michigan State University. Department of Horticulture) ; Fei, Zhangjun (U.S. Robert W. Holley Center for Agriculture and Health. Department of Agriculture-Agricultural Research Service)
The Cucurbitaceae family (cucurbit) includes several economically important crops, such as melon, cucumber, watermelon, pumpkin, squash and gourds. During the past several years, genomic and genetic data have been rapidly accumulated for cucurbits. [...]
2019 - 10.1093/nar/gky944
Nucleic acids research, Vol. 47, Issue D1 (January 2019) , p. D1128-D1136  
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15.
17 p, 3.0 MB QTL mapping of melon fruit quality traits using a high-density GBS-based genetic map / Pereira, Lara (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ruggieri, Valentino (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pérez, S. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Alexiou, Konstantinos G. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Fernández, Marta (Semillas Fitó, S.L) ; Jahrmann, Torben (Semillas Fitó, S.L.) ; Pujol Abajo, Marta (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Background: Melon shows a broad diversity in fruit morphology and quality, which is still underexploited in breeding programs. The knowledge of the genetic basis of fruit quality traits is important for identifying new alleles that may be introduced in elite material by highly efficient molecular breeding tools. [...]
2018 - 10.1186/s12870-018-1537-5
BMC plant biology, Vol. 18 (2018) , art. 324  
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16.
16 p, 5.6 MB The 2-C-methylerythritol 4-phosphate pathway in melon is regulated by specialized isoforms for the first and last steps / Saladié, Montserrat (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Wright, Louwrance P. (Max Planck Institute for Chemical Ecology) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Rodríguez Concepción, Manuel (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Phillips, Michael A. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The 2-C-methyl-d-erythritol-4-phosphate (MEP) pathway provides the precursors for the biosynthesis of plastidial isoprenoids, which include the carotenoid pigments of many fruits. We have analysed the genes encoding the seven enzymes of the MEP pathway in melon (Cucumis melo L. [...]
2014 - 10.1093/jxb/eru275
Journal of experimental botany, Vol. 65, Issue 17 (September 2014) , p. 5077-5092  
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17.
13 p, 1.3 MB Generation of a BAC-based physical map of the melon genome / González Miguel, Víctor Manuel (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Arús i Gorina, Pere (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Background: Cucumis melo (melon) belongs to the Cucurbitaceae family, whose economic importance among horticulture crops is second only to Solanaceae. Melon has high intra-specific genetic variation, morphologic diversity and a small genome size (450 Mb), which make this species suitable for a great variety of molecular and genetic studies that can lead to the development of tools for breeding varieties of the species. [...]
2010 - 10.1186/1471-2164-11-339
BMC genomics, Vol. 11 (May 2010) , art. 339  
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18.
15 p, 5.2 MB An oligo-based microarray offers novel transcriptomic approaches for the analysis of pathogen resistance and fruit quality traits in melon (Cucumis melo L.) / Mascarell Creus, Albert (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Cañizares, Joaquín (Instituto de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana) ; Vilarrasa Blasi, Josep (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Mora García, Santiago (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Blanca, José (Instituto de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana) ; Gonzalez-Ibeas, Daniel (Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura. Departamento de Biología del Estrés y Patología Vegetal) ; Saladié, Montserrat (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Roig, Cristina (Instituto de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana) ; Deleu, Wim (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Picó Silvent, Belén (Instituto de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana) ; López Bigas, Nuria (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut) ; Aranda, Miguel A. (Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura. Departamento de Biología del Estrés y Patología Vegetal) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Nuez, Fernando (Instituto de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana) ; Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Caño Delgado, Ana I. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Background: Melon (Cucumis melo) is a horticultural specie of significant nutritional value, which belongs to the Cucurbitaceae family, whose economic importance is second only to the Solanaceae. Its small genome of approx. [...]
2009 - 10.1186/1471-2164-10-467
BMC genomics, Vol. 10 (October 2009) , art. 467  
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19.
17 p, 525.9 KB MELOGEN : An EST database for melon functional genomics / Gonzalez-Ibeas, Daniel (Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura. Departamento de Biología del Estrés y Patología Vegetal) ; Blanca, José (Instituto de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana . Departamento de Biotecnología) ; Roig, Cristina (Instituto de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana . Departamento de Biotecnología) ; González To, Mireia (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Picó, Belén (Instituto de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana . Departamento de Biotecnología) ; Truniger, Verónica (Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura. Departamento de Biología del Estrés y Patología Vegetal) ; Gómez, Pedro (Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura. Departamento de Biología del Estrés y Patología Vegetal) ; Deleu, Wim (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Caño Delgado, Ana I. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Arús i Gorina, Pere (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Nuez, Fernando (Instituto de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana . Departamento de Biotecnología) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Aranda, Miguel A. (Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura. Departamento de Biología del Estrés y Patología Vegetal)
Background: Melon (Cucumis melo L. ) is one of the most important fleshy fruits for fresh consumption. Despite this, few genomic resources exist for this species. To facilitate the discovery of genes involved in essential traits, such as fruit development, fruit maturation and disease resistance, and to speed up the process of breeding new and better adapted melon varieties, we have produced a large collection of expressed sequence tags (ESTs) from eight normalized cDNA libraries from different tissues in different physiological conditions. [...]
2007 - 10.1186/1471-2164-8-306
BMC genomics, Vol. 8 (September 2007) , art. 306  
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20.
50 p, 962.3 KB Transposons played a major role in the diversification between the closely related almond and peach genomes : Results from the almond genome sequence / Alioto, Tyler Scott (Centre de Regulació Genòmica) ; Alexiou, Konstantinos G. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Bardil, Amélie (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Barteri, Fabio (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Cruz, Fernando (Centre de Regulació Genòmica) ; Dhingra, Amit (Washington State University. Department of Horticulture) ; Duval, Henri (Institut National de la Recherche Agronomique (França)) ; Fernández i Martí, Angel (University of California) ; Frias, Leonor (Centre de Regulació Genòmica) ; Galán, Beatriz (Consejo Superior de Investigaciones Científicas) ; García, José Luis (Consejo Superior de Investigaciones Científicas) ; Howad, Werner (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Gómez-Garrido, Jessica (Centre de Regulació Genòmica) ; Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica) ; Julca, Irene (Centre de Regulació Genòmica) ; Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ribeca, Paolo (Centre de Regulació Genòmica) ; Rubio Cabetas, María José (Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón) ; Vlasova, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ; Wirthensohn, Michelle (The University of Adelaide. School of Agriculture, Food and Wine) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Gabaldón, Toni (Centre de Regulació Genòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Arús i Gorina, Pere (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
We sequenced the genome of the highly heterozygous almond Prunus dulcis cv. Texas combining short and long-read sequencing. We obtained a genome assembly totaling 227. 6 Mb of the estimated 238 Mb almond genome size, of which 91% is anchored to eight pseudomolecules corresponding to its haploid chromosome complement, and annotated 27,969 protein-coding genes and 6,747 non-coding transcripts. [...]
2020 - 10.1111/tpj.14538
The Plant journal, Vol. 101, Issue 2 (January 2020) , p. 455-472  
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21.
9 p, 1.8 MB An improved assembly and annotation of the melon (Cucumis melo L.) reference genome / Ruggieri, Valentino (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Alexiou, Konstantinos G. (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Argyris, Jason (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pujol Abajo, Marta (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Yano, Ryoichi (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ; Nonaka, Satoko (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ; Ezura, Hiroshi (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ; Latrasse, David (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Boualem, Adnane (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Benhamed, Moussa (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Bendahmane, Abdelhafid (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech SL) ; Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech SL) ; Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
We report an improved assembly (v3. 6. 1) of the melon (Cucumis melo L. ) genome and a new genome annotation (v4. 0). The optical mapping approach allowed correcting the order and the orientation of 21 previous scaffolds and permitted to correctly define the gap-size extension along the 12 pseudomolecules. [...]
2018 - 10.1038/s41598-018-26416-2
Scientific reports, Vol. 8 (May 2018) , art. 8088  
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22.
12 p, 836.9 KB The evolutionary consequences of transposon-related pericentromer expansion in melon / Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Tormo, Marc (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Alexiou, Konstantinos G. (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Vives, Cristina (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Transposable elements (TEs) are a major driver of plant genome evolution. A part frombeing a rich source of new genes and regulatory sequences, TEs can also affect plant genome evolution by modifying genome size and shaping chromosome structure. [...]
2018 - 10.1093/gbe/evy115
Genome biology and evolution, Vol. 10, Núm. 6 (June 2018) , p. 1584-1595  
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