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11.
4 p, 557.8 KB Evolution of plant phenotypes, from genomes to traits / Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Jackson, Scott (University of Georgia (Tbilisi, Geòrgia). Center for Applied Genetic Technologies) ; Panaud, Olivier (Université de Perpignan. Laboratoire Génome et Développement des Plantes) ; Purugganan, Michael (New York University. Center for Genomics and Systems Biology) ; Wendel, Jonathan (Iowa State University. Department of Ecology, Evolution and Organismal Biology)
2016 - 10.1534/g3.115.025502
G3, Vol. 6, issue 4 (April 2016) , p. 775-778  
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12.
12 p, 1.3 MB Genome engineering and plant breeding : impact on trait discovery and development / Nogué, Fabien (INRA Centre de Versailles) ; Mara, Kostlend (INRA Centre de Versailles) ; Collonnier, Cécile (INRA Centre de Versailles) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Key message: New tools for the precise modification of crops genes are now available for the engineering of new ideotypes. A future challenge in this emerging field of genome engineering is to develop efficient methods for allele mining. [...]
2016 - 10.1007/s00299-016-1993-z
Plant cell reports, Vol. 35, Issue 7 (July 2016) , p. 1475-1486  
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13.
9 p, 588.8 KB A call for benchmarking transposable element annotation methods / Hoen, Douglas R. (McGill University. Department of Biology) ; Hickey, Glenn (McGill Centre for Bioinformatics) ; Bourque, Guillaume (McGill University) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Cordaux, Richard (Université de Poitiers) ; Feschotte, Cédric (University of Utah. Department of Human Genetics) ; Fiston-Lavier, Anna-Sophie (Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier) ; Hua-Van, Aurélie (Université Paris-Saclay) ; Hubley, Robert (Institute for Systems Biology) ; Kapusta, Aurélie (University of Utah. Department of Human Genetics) ; Lerat, Emmanuelle (Université Claude Bernard) ; Maumus, Florian (INRA de Versailles-Grignon) ; Pollock, David D. (University of Colorado) ; Quesneville, Hadi (INRA de Versailles-Grignon) ; Smit, Arian (Institute for Systems Biology) ; Wheeler, Travis J. (University of Montana. Department of Computer Science) ; Bureau, Thomas E. (McGill University. Department of Biology) ; Blanchette, Mathieu (McGill Centre for Bioinformatics)
DNA derived from transposable elements (TEs) constitutes large parts of the genomes of complex eukaryotes, with major impacts not only on genomic research but also on how organisms evolve and function. [...]
2015 - 10.1186/s13100-015-0044-6
Mobile DNA, Vol. 6 (August 2015) , art. 13  
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14.
13 p, 2.2 MB The Tnt1 retrotransposon escapes silencing in tobacco, its natural host / Hernández-Pinzón, Inmaculada (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Cifuentes, Marta (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Hénaff, Elizabeth (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Santiago, Néstor (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Espinás, M. Lluïsa (Institut de Biologia Molecular de Barcelona) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Retrotransposons' high capacity for mutagenesis is a threat that genomes need to control tightly. Transcriptional gene silencing is a general and highly effective control of retrotransposon expression. [...]
2012 - 10.1371/journal.pone.0033816
PloS one, Vol. 7, Issue 3 (March 2012) , art. e33816  
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15.
14 p, 521.7 KB Genome-wide analysis of the "cut-and-paste" transposons of grapevine / Benjak, Andrej (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Forneck, Astrid (University of Natural Resources and Applied Life Sciences. Institute of Horticulture and Viticulture (AUSTRIA)) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Background: The grapevine is a widely cultivated crop and a high number of different varieties have been selected since its domestication in the Neolithic period. Although sexual crossing has been a major driver of grapevine evolution, its vegetative propagation enhanced the impact of somatic mutations and has been important for grapevine diversity. [...]
2008 - 10.1371/journal.pone.0003107
PloS one, Vol. 3, Issue 9 (September 2008) , p. e3107  
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16.
9 p, 1.4 MB The proteins encoded by the pogo-like Lemi1 element bind the TIRs and subterminal repeated motifs of the Arabidopsis Emigrant MITE : Consequences for the transposition mechanism of MITEs / Loot, Céline (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Santiago, Néstor (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Sanz, Alicia (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
MITEs (miniature inverted-repeated transposable elements) are a particular class of defective DNA transposons usually present within genomes as high copy number populations of highly homogeneous elements. [...]
2006 - 10.1093/nar/gkl688
Nucleic acids research, Vol. 34, Issue 18 (October 2006) , p. 5238-5246  
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17.
50 p, 962.3 KB Transposons played a major role in the diversification between the closely related almond and peach genomes : Results from the almond genome sequence / Alioto, Tyler Scott (Centre de Regulació Genòmica) ; Alexiou, Konstantinos G. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Bardil, Amélie (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Barteri, Fabio (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Cruz, Fernando (Centre de Regulació Genòmica) ; Dhingra, Amit (Washington State University. Department of Horticulture) ; Duval, Henri (Institut National de la Recherche Agronomique (França)) ; Fernández i Martí, Angel (University of California) ; Frias, Leonor (Centre de Regulació Genòmica) ; Galán, Beatriz (Consejo Superior de Investigaciones Científicas) ; García, José Luis (Consejo Superior de Investigaciones Científicas) ; Howad, Werner (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Gómez-Garrido, Jessica (Centre de Regulació Genòmica) ; Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica) ; Julca, Irene (Centre de Regulació Genòmica) ; Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ribeca, Paolo (Centre de Regulació Genòmica) ; Rubio Cabetas, María José (Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón) ; Vlasova, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ; Wirthensohn, Michelle (The University of Adelaide. School of Agriculture, Food and Wine) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Gabaldón, Toni (Centre de Regulació Genòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Arús i Gorina, Pere (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
We sequenced the genome of the highly heterozygous almond Prunus dulcis cv. Texas combining short and long-read sequencing. We obtained a genome assembly totaling 227. 6 Mb of the estimated 238 Mb almond genome size, of which 91% is anchored to eight pseudomolecules corresponding to its haploid chromosome complement, and annotated 27,969 protein-coding genes and 6,747 non-coding transcripts. [...]
2020 - 10.1111/tpj.14538
The Plant journal, Vol. 101, Issue 2 (January 2020) , p. 455-472  
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18.
18 p, 287.1 KB On the importance to acknowledge transposable elements in epigenomic analyses / Lerat, Emmanuelle (Université de Lyon. Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Chaparro, Cristian (University of Perpignan Via Domitia) ; Vieira, Cristina (Université de Lyon. Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive)
Eukaryotic genomes comprise a large proportion of repeated sequences, an important fraction of which are transposable elements (TEs). TEs are mobile elements that have a significant impact on genome evolution and on gene functioning. [...]
2019 - 10.3390/genes10040258
Genes, Vol. 10, Issue 4 (April 2019) , art. 258  
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19.
38 p, 5.4 MB Differences in firing efficiency, chromatin and transcription underlie the developmental plasticity of the Arabidopsis DNA replication origins / Sequeira-Mendes, Joana (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ; Vergara, Zaida (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ; Peiró, Ramón (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ; Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Aragüez, Irene (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ; Costas, Celina (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ; Méndez Giráldez, Raúl (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Bastolla, Ugo (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ; Gutiérrez, Crisanto (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa)
Eukaryotic genome replication depends on thousands of DNA replication origins (ORIs). A major challenge is to learn ORI biology in multicellular organisms in the context of growing organs to understand their developmental plasticity. [...]
2019 - 10.1101/gr.240986.118
Genome research, Vol. 29, Issue 5 (May 2019) , p. 784-797  
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20.
7 p, 145.7 KB Genetic alterations that do or do not occur naturally : consequences for genome edited organisms in the context of regulatory oversight / Custers, René (Vlaams Instituut voor Biotechnologie) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Eriksson, Dennis (Sveriges Lantbruksuniversitet) ; Sági, László (Magyar Tudományos Akadémiát. Mezőgazdasági Kutatóközpont) ; Schiemann, Joachim (Julius Kühn-Institut. Federal Research Centre for Cultivated Plants)
The ability to successfully exploit genome edited organisms for the benefit of food security and the environment will essentially be determined by the extent to which these organisms fall under specific regulatory provisions. [...]
2019 - 10.3389/fbioe.2018.00213
Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Vol. 6 (Jan. 2019) , art. 213  
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1 Casacuberta, J.M.
1 Casacuberta, Josep M.
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