Results overview: Found 11 records in 0.02 seconds.
Articles, 5 records found
Research literature, 3 records found
Course materials, 3 records found
Articles 5 records found  
1.
18 p, 918.2 KB Coarse-graining and hybrid methods for efficient simulation of stochastic multi-scale models of tumour growth / Cruz Moreno, Roberto de la, (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Matemàtiques) ; Guerrero Contreras, Pilar (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Matemàtiques) ; Calvo, Juan (Universidad de Granada. Departmento de Matemática Aplicada) ; Alarcón Cor, Tomás (Centre de Recerca Matemàtica)
The development of hybrid methodologies is of current interest in both multi-scale modelling and stochastic reaction–diffusion systems regarding their applications to biology. We formulate a hybrid method for stochastic multi-scale models of cells populations that extends the remit of existing hybrid methods for reaction–diffusion systems. [...]
2017 - 10.1016/j.jcp.2017.09.019
Journal of computational physics, Vol. 350 (Dec. 2017) , p. 974-991  
2.
23 p, 2.3 MB Stochastic multi-scale models of competition within heterogeneous cellular populations : Simulation methods and mean-field analysis / Cruz Moreno, Roberto de la (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Matemàtiques) ; Guerrero Contreras, Pilar (University College London. Department of Mathematics) ; Spill, Fabian (Boston University. Department of Biomedical Engineering) ; Alarcón Cor, Tomás (Centre de Recerca Matemàtica)
We propose a modelling framework to analyse the stochastic behaviour of heterogeneous, multi-scale cellular populations. We illustrate our methodology with a particular example in which we study a population with an oxygen-regulated proliferation rate. [...]
2016 - 10.1016/j.jtbi.2016.07.028
Journal of theoretical biology, Vol. 407 (Oct. 2016) , p. 161-183  
3.
11 p, 2.4 MB Oncometabolic nuclear reprogramming of cancer stemness / Menendez, Javier A. (Institut Català d'Oncologia) ; Corominas-Faja, Bruna (Institut d'Investigació Biomèdica de Girona) ; Cuyàs, Elisabet (Institut d'Investigació Biomèdica de Girona) ; García, María G. (Instituto Universitario de Oncología del Principado de Asturias) ; Fernández-Arroyo, Salvador (Hospital Universitari de Sant Joan) ; Fernández, Agustín F. (Instituto Universitario de Oncología del Principado de Asturias) ; Joven, Jorge (Hospital Universitari de Sant Joan) ; Fraga, Mario F. (Instituto Universitario de Oncología del Principado de Asturias) ; Alarcón Cor, Tomás (Centre de Recerca Matemàtica)
By impairing histone demethylation and locking cells into a reprogramming-prone state, oncometabolites can partially mimic the process of induced pluripotent stem cell generation. Using a systems biology approach, combining mathematical modeling, computation, and proof-of-concept studies with live cells, we found that an oncometabolite-driven pathological version of nuclear reprogramming increases the speed and efficiency of dedifferentiating committed epithelial cells into stem-like states with only a minimal core of stemness transcription factors. [...]
2016 - 10.1016/j.stemcr.2015.12.012
Stem cell reports, Vol. 6, issue 3 (March 2016) , p. 273-283  
4.
17 p, 1.1 MB Hybrid approaches for multiple-species stochastic reaction–diffusion models / Spill, Fabian (Boston University. Department of Mechanical Engineering) ; Guerrero, Pilar (University College London. Department of Mathematics) ; Alarcón Cor, Tomás (Centre de Recerca Matemàtica) ; Maini, Philip K. (Wolfson Centre for Mathematical Biology) ; Byrne, Helen (Wolfson Centre for Mathematical Biology)
Reaction–diffusion models are used to describe systems in fields as diverse as physics, chemistry, ecology and biology. The fundamental quantities in such models are individual entities such as atoms and molecules, bacteria, cells or animals, which move and/or react in a stochastic manner. [...]
2015 - 10.1016/j.jcp.2015.07.002
Journal of computational physics, Vol. 299 (Oct. 2015) , p. 429-445  
5.
4 p, 1.6 MB Metabostemness : metaboloepigenetic reprogramming of cancer stem-cell functions / Menendez, Javier A. (Institut Català d'Oncologia) ; Corominas-Faja, Bruna (Institut Català d'Oncologia) ; Cuyàs Navarro, Elisabet (Institut Català d'Oncologia) ; Alarcón Cor, Tomás (Centre de Recerca Matematica)
Cancer researchers are currently embarking on one of their field's biggest challenges, namely the understanding of how cellular metabolism or certain classes of elite metabolites (e. g. , oncometabolites) can directly influence chromatin structure and the functioning of epi-transcriptional circuits to causally drive tumour formation. [...]
2014
Oncoscience, Vol. 1 (Dec. 2014) , p. 803-806  

Research literature 3 records found  
1.
142 p, 2.3 MB Information transmission through a nonlinear molecular signaling system : ErbB as a case study / Beltrán Sáez, Elisa, autor. ; Alarcón Cor, Tomás, supervisor acadèmic. ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Matemàtiques.
La capacitat dels éssers vius d'obtenir i processar informació és clau per adaptar-se i sobreviure en l'ambient que els envolta. Les cèl·lules, des de procariotes unicel·lulars fins a organismes multicel·lulars (eucariotes), capten informació de l'entorn mitjançant diversos mecanismes, entre ells a través de receptors de membrana, que fan de canal per a la informació entre l'exterior i l'interior de la cèl·lula. [...]
La capacitat dels éssers vius d'obtenir i processar informació és clau per adaptar-se i sobreviure en l'ambient que els envolta. Les cèl·lules, des de procariotes unicel·lulars fins a organismes multicel·lulars (eucariotes), capten informació de l'entorn mitjançant diversos mecanismes, entre ells a través de receptors de membrana, que fan de canal per a la informació entre l'exterior i l'interior de la cèl·lula. [...]
The ability of organisms to extract and store information from their surroundings marked a revolution in the history of life and allowed survival and adaptation to the environment. Cells, from prokaryots to eukaryots, use specific receptors inserted in their membranes to detect extracellular molecules that cannot cross into the cell, where cell decisions are taken. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2019.  
2.
252 p, 4.8 MB Stochastic modelling of epigenetic regulation : analysis of its heterogeneity and its implications in cell plasticity / Folguera Blasco, Núria, autor. ; Alarcón Cor, Tomás, supervisor acadèmic. ; Menéndez Menéndez, Javier, supervisor acadèmic. ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Matemàtiques. ; Centre de Recerca Matemàtica.
En aquesta tesi doctoral, el nostre objectiu principal és entendre la importància de la regulació epigenètica en la determinació del destí cel lular i de les seves possibles tran- sicions cap a altres estats. [...]
In this thesis, we aim at understanding the importance of epigenetic regulation(ER) in cell fate decisions and transitions. In order to address this issue, we first formulate a stochastic model of epigenetic regulation. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2019.  
3.
151 p, 3.4 MB Stochastic multi-scale modelling of tumour growth / Cruz Moreno, Roberto de la, autor. ; Alarcón Cor, Tomás, supervisor acadèmic. ; Guerrero Contreras, Pilar, supervisor acadèmic. ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Matemàtiques. ; Centre de Recerca Matemàtica.
El cáncer es una de las principales causas de muerte en el mundo. A pesar de todos los recursos invertidos en la investigación para el desarrollo de nuevas terapias, los tratamientos más usados en la lucha contra el cáncer siguen siendo terapias inespecíficas (cirugía, radioterapia y quimioterapia) que afectan tanto a las células cancerígenas como a las sanas. [...]
Cancer is one of the principal causes of death in the world . Despite all the resources invested in research for the development of new targeted therapies, the most used treatments to fight cancer continue to be non-specific therapies, such as surgery, radiotherapy and chemotherapy, that affect both healthy and cancer cells. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2017.  

Course materials 3 records found  
1.
4 p, 100.2 KB Processos Estocàstics Aplicats [42253] / Mendez Lopez, Vicenç ; Corral Cano, Alvaro ; Alarcon, Tomas ; Campos Moreno, Daniel ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Ciències
L'objectiu principal d'aquest curs és proporcionar eines per tractar l'anàlisi i les simulacions numèriques de processos estocàstics tant per a sistemes afectats per soroll extern com per soroll intern. [...]
El objetivo principal de este curso es proporcionar herramientas potentes par el análisis y las simulaciones numéricas de procesos estocásticos, tanto en sistemas afectados por ruido externo como por ruido interno. [...]

2019-20
1439 [1439]
3 documents
2.
4 p, 75.8 KB Applied Stochastic Processes [42253] / Mendez Lopez, Vicenç ; Corral Cano, Alvaro ; Alarcon, Tomas ; Campos Moreno, Daniel ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Ciències
The main goal of this course is to provide powerfull tools to deal with the analysis and numerical simulations of stochastic processes both for systems affected by external noise of by internal noise. [...]
2018-19
Màster Universitari en Modelització per a la Ciència i la Enginyeria / Modelling for Science and Engineering [1293]  
3.
4 p, 76.5 KB Applied Stochastic Processes [42253] / Mendez Lopez, Vicenç ; Corral Cano, Alvaro ; Alarcon, Tomas ; Campos, Daniel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Física) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Ciències
The main goal of this course is to provide powerfull tools to deal with the analysis and numerical simulations of stochastic processes both for systems affected by external noise of by internal noise. [...]
2017-18
Màster Universitari en Modelització per a la Ciència i la Enginyeria / Modelling for Science and Engineering [1293]  

See also: similar author names
5 Alarcón, Tomás
Interested in being notified about new results for this query?
Set up a personal email alert or subscribe to the RSS feed.