Pàgina inicial > Resultats de la cerca: Casacuberta i Suñer, Josep M.
  Consells de cerca
Cerca avançada
Cerca col·leccions:
Ordena'ls per: Mostrar els resultats: Format de visualizació:
Resultats globals: 37 registres trobats en 0.01 segons.
Articles, 30 registres trobats
Documents de recerca, 4 registres trobats
Materials acadèmics, 3 registres trobats
Articles 30 registres trobats  1 - 10següentfinal  anar al registre:
1.
12 p, 1.2 MB Absence of major epigenetic and transcriptomic changes accompanying an interspecific cross between peach and almond / Tomás, Carlos de (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Bardil, Amélie (Institut écologie et environnement (Montpelier)) ; Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Vicient Sánchez, Carlos M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Hybridization has been widely used in breeding of cultivated species showing low genetic variability, such as peach (Prunus persica). The merging of two different genomes in a hybrid often triggers a so-called "genomic shock" with changes in DNA methylation and in the induction of transposable element expression and mobilization. [...]
2022 - 10.1093/hr/uhac127
Horticulture research, Vol. 9 (May 2022) , art. uhac127  
Registre complet - Creative Commons
2.
12 p, 2.6 MB Transposable element polymorphisms improve prediction of complex agronomic traits in rice / Vourlaki, Ioanna-Theoni (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramos-Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Perez-Enciso, Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Patologia i de Producció Animals) ; Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Key message: Transposon insertion polymorphisms can improve prediction of complex agronomic traits in rice compared to using SNPs only, especially when accessions to be predicted are less related to the training set. [...]
2022 - 10.1007/s00122-022-04180-2
Theoretical and Applied Genetics, Vol. 135, Issue 9 (September 2022) , p. 3211-3222  
Registre complet - Creative Commons
3.
15 p, 2.4 MB A blueprint for gene function analysis through Base Editing in the model plant Physcomitrium (Physcomitrella) patens / Guyon-Debast, Anouchka (Institut Jean-Pierre Bourgin) ; Alboresi, Alessandro (University of Padova) ; Terret, Zoé (Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement) ; Charlot, Florence (Institut Jean-Pierre Bourgin) ; Berthier, Floriane (Institut Jean-Pierre Bourgin) ; Vendrell-Mir, Pol (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Veillet, Florian (Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes) ; Morosinotto, Tomas (University of Padova) ; Gallois, Jean-Luc (Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement) ; Nogué, Fabien (Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement)
CRISPR-Cas9 has proven to be highly valuable for genome editing in plants, including the model plant Physcomitrium patens. However, the fact that most of the editing events produced using the native Cas9 nuclease correspond to small insertions and deletions is a limitation. [...]
2021 - 10.1111/nph.17171
New phytologist, Vol. 230, Issue 3 (May 2021) , p. 1258-1272  
Registre complet - Creative Commons
4.
46 p, 19.9 MB Amplification dynamics of miniature inverted-repeat transposable elements and their impact on rice trait variability / Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Vendrell-Mir, Pol (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Bardil, Amélie (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Carpentier, Marie-Christine (Université de Perpignan. Laboratoire Génome et Développement des Plantes) ; Panaud, Olivier (Université de Perpignan. Laboratoire Génome et Développement des Plantes) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Transposable elements (TEs) are a rich source of genetic variability. Among TEs, miniature inverted-repeat TEs (MITEs) are of particular interest as they are present in high copy numbers in plant genomes and are closely associated with genes. [...]
2021 - 10.1111/tpj.15277
The Plant Journal, Vol. 107, Issue 1 (July 2021) , p. 118-135  
Registre complet -
5.
13 p, 1.6 MB Different Families of Retrotransposons and DNA Transposons Are Actively Transcribed and May Have Transposed Recently in Physcomitrium (Physcomitrella) patens / Vendrell-Mir, Pol (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; López-Obando, Mauricio (Swedish University of Agricultural Sciences. Department of Plant Biology) ; Nogué, Fabien (Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Similarly to other plant genomes of similar size, more than half of the genome of P. patens is covered by Transposable Elements (TEs). However, the composition and distribution of P. patens TEs is quite peculiar, with Long Terminal Repeat (LTR)-retrotransposons, which form patches of TE-rich regions interleaved with gene-rich regions, accounting for the vast majority of the TE space. [...]
2020 - 10.3389/fpls.2020.01274
Frontiers in plant science, Vol. 11 (August 2020) , art. 1274  
Registre complet - Creative Commons
6.
21 p, 653.7 KB Genomics of evolutionary novelty in hybrids and polyploids / Nieto Feliner, Gonzalo (Real Jardín Botánico. Departamento de Biodiversidad y Conservación) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Wendel, Jonathan F. (Iowa State University. Department of Ecology, Evolution, and Organismal Biology (USA))
It has long been recognized that hybridization and polyploidy are prominent processes in plant evolution. Although classically recognized as significant in speciation and adaptation, recognition of the importance of interspecific gene flow has dramatically increased during the genomics era, concomitant with an unending flood of empirical examples, with or without genome doubling. [...]
2020 - 10.3389/fgene.2020.00792
Frontiers in genetics, Vol. 11 (July 2020) , art. 792  
Registre complet - Creative Commons
7.
5 p, 629.0 KB Additional ORFs in plant LTR-retrotransposons / Vicient Sánchez, Carlos M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
LTR-retrotransposons share a common genomic organization in which the 5' long terminal repeat (LTR) is followed by the gag and pol genes and terminates with the 3' LTR. Although GAG-POL-encoded proteins are considered sufficient to accomplish the LTR-retrotransposon transposition, a number of elements carrying additional open reading frames (aORF) have been described. [...]
2020 - 10.3389/fpls.2020.00555
Frontiers in plant science, Vol. 11 (May 2020) , art. 555  
Registre complet - Creative Commons
8.
10 p, 1.1 MB An Improved Melon Reference Genome With Single-Molecule Sequencing Uncovers a Recent Burst of Transposable Elements With Potential Impact on Genes / Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ruggieri, Valentino (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pujol Abajo, Marta (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The published melon (Cucumis melo L. ) reference genome assembly (v3. 6. 1) has still 41. 6 Mb (Megabases) of sequences unassigned to pseudo-chromosomes and about 57 Mb of gaps. Although different approaches have been undertaken to improve the melon genome assembly in recent years, the high percentage of repeats (~40%) and limitations due to read length have made it difficult to resolve gaps and scaffold's misassignments to pseudomolecules, especially in the heterochromatic regions. [...]
2020 - 10.3389/fpls.2019.01815
Frontiers in plant science, Vol. 10 (January 2020) , art. 1815  
Registre complet - Creative Commons
9.
7 p, 1.9 MB T-lex3 : An accurate tool to genotype and estimate population frequencies of transposable elements using the latest short-read whole genome sequencing data / Bogaerts-Márquez, María (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ; Barrón Aduriz, Maite Garazi (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ; Fiston-Lavier, Anna-Sophie (Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier) ; Vendrell Mir, Pol (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; González, Josefa (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Motivation: Transposable elements (TEs) constitute a significant proportion of the majority of genomes sequenced to date. TEs are responsible for a considerable fraction of the genetic variation within and among species. [...]
2020 - 10.1093/bioinformatics/btz727
Bioinformatics, Vol. 36, Issue 4 (February 2020) , p. 1191-1197  
Registre complet - Creative Commons
10.
19 p, 3.5 MB A benchmark of transposon insertion detection tools using real data / Vendrell Mir, Pol (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Barteri, Fabio (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Merenciano, Miriam (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ; González, Josefa (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Background: Transposable elements (TEs) are an important source of genomic variability in eukaryotic genomes. Their activity impacts genome architecture and gene expression and can lead to drastic phenotypic changes. [...]
2019 - 10.1186/s13100-019-0197-9
Mobile DNA, Vol. 10 (December 2019) , art. 53  
Registre complet - Creative Commons

Articles : 30 registres trobats   1 - 10següentfinal  anar al registre:
Documents de recerca 4 registres trobats  
1.
8.3 MB Dynamics and impact of mobile genetic elements in the moss physcomitrium patens / Vendrell Mir, Pol ; Casacuberta i Suñer, Josep M., 1962-, dir.
Els elements genètics mòbils son material genètic amb la capacitat de moure's en el genoma o, en alguns casos, entre diferents organismes o cèl·lules. Podem distingir dues classes d'elements genètics mòbils, els virus, que tenen la capacitat de transferir el seu material gènic entre organismes, i els transposons, que es mouen i es repliquen dins el genoma de l'hoste. [...]
Los elementos genéticos móviles son material genético con la capacidad de moverse en el genoma o, en algunos casos, entre diferentes organismos o células. Pueden distinguirse dos clases de elementos genéticos móviles, los virus, que tienen la capacidad de transferir su material génico entre organismos, y los transposones, que se mueven y replican dentro del genoma del organismo huésped. [...]
Mobile genetic elements are genetic material with the ability to move within the genome or, in some cases, between different organisms or cells. Two classes of mobile genetic elements can be distinguished, viruses, which have the ability to transfer their genetic material between organisms, and transposons, which move and replicate within the genome of the host organism. [...]
2022  
Registre complet - Creative Commons
2.
121 p, 6.3 MB Impact of transposition on the generation of genetic variability in Prunus crop species / Barteri, Fabio ; Casacuberta i Suñer, Josep M., 1962-, dir. ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia
ls Elements transposables (ETs) són unitats genètiques mòbils aptes a canviar la seva posició en el genoma i difondre autònomament. En els eucariotes, els ETs constitueixen una part considerable del DNA genòmic. [...]
Los Elementos Transponibles (ETs) son unidades genéticas móviles aptas a cambiar su posición en el genoma y difundirse autónomamente. En los eucariotas, los ETs constituyen una parte considerable del DNA genómico. [...]
Transposable Elements (TEs) are mobile genetic units that are capable to change their position in the genome and to spread autonomously. In eukaryotes, TEs make up a considerable part of the genomic DNA and their spread has been linked to the growth of the genome size and the increase of genetic variability during evolution. [...]
2019  
Registre complet - Creative Commons
3.
252 p, 7.5 MB Impact of transposable elements in the evolution of plant genomes / Vives i Cobo, Cristina ; Casacuberta i Suñer, Josep M., 1962-, dir. ; Tolrà Pérez, Roser, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia
Los transposones son elementos genéticos que tienen la capacidad de modificar su posición en el genoma. Como consecuencia, tienen un impacto en la evolución de los genomas inactivando o alterando los genes del huésped y proporcionando nuevas funciones génicas. [...]
Els transposons són elements genètics que tenen la capacitat de modificar la seva posició dins el genoma. Com a conseqüència, tenen un impacte en l'evolució del genomes inactivant o alterant els gens de l'hoste i proporcionant noves funcions gèniques. [...]
Transposable elements are genetic elements that have the capacity to modify their position within the genome. As a consequence, they impact the evolution of genomes by inactivating or altering host genes and by providing new gene functions. [...]
[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2017.  
Registre complet - Creative Commons
4.
81 p, 4.4 MB Control de la transposición e impacto de los elementos transponibles en genomas vegetales : análisis del retrotransposón Tnt1 de tabaco y del MITE Emigrant de Arabidopsis / Santiago Gonzalvo, Néstor ; Casacuberta i Suñer, Josep M., 1962-, dir.
El trabajo presentado en esta tesis se centra en el estudio del impacto de los elementos transponibles sobre los genes y genomas vegetales y en los mecanismos de control de la transposición en estos genomas. [...]
The work presented in this doctorate thesis focuses on the analysis of plant transposable elements. Here is described the study of the impact these sequences have had on plant genes and genomes and, on the other hand, on the control of the proliferation of the transposable elements within genomes. [...]
Bellaterra : Universitat Autònoma de Barcelona, 2006
2 documents
Registre complet -

Materials acadèmics 3 registres trobats  
1.
4 p, 99.6 KB Genòmica Vegetal [43865] / Boronat i Margosa, Albert ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- ; Galbany-Casals, Mercè ; Matus, José Tomás ; Rubio Somoza, Ignacio ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
Proporcionar una visió global i actualitzada de les bases teòriques i tecnològiques relacionades amb l'estudi de l'organització, la funció i l'evolució dels genomes de les plantes i les seves aplicacions potencials per a la millora genètica de les plantes de cultiu.
Proporcionar una visión global y actualizada de las bases teóricas y tecnológicas relacionadas con el estudio de la organización, la función y la evolución de los genomas de las plantas y sus posibles aplicaciones a la mejora genética de las plantas de cultivo.
2019-20
Màster Universitari en Biologia, Genòmica i Biotecnologia Vegetals / Plant Biology, Genomics and Biotechnology [1370]
3 documents
Registre complet - Creative Commons
2.
3 p, 69.7 KB Genòmica Vegetal [43865] / Caparros Ruíz, David ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- ; Galbany-Casals, Mercè ; Matus, José Tomás ; Rubio Somoza, Ignacio ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
Provide a global and updated view of the theoretical and technological bases related to the study of the organization, function and evolution of plant genomes and their potential applications to the genetic improvement of crop plants.
2018-19
Màster Universitari en Biologia, Genòmica i Biotecnologia Vegetals / Plant Biology, Genomics and Biotechnology [1370]  
Registre complet - Creative Commons
3.
3 p, 69.7 KB Genòmica Vegetal [43865] / Caparros Ruíz, David ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- ; Galbany-Casals, Mercè (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
Provide a global and updated view of the theoretical and technological bases related to the study of the organization, function and evolution of plant genomes and their potential applications to the genetic improvement of crop plants.
2017-18
Màster Universitari en Biologia, Genòmica i Biotecnologia Vegetals / Plant Biology, Genomics and Biotechnology [1370]  
Registre complet - Creative Commons

Us interessa rebre alertes sobre nous resultats d'aquesta cerca?
Definiu una alerta personal via correu electrònic o subscribiu-vos al canal RSS.
Dipòsit Digital de Documents de la UAB :: Cerca :: Lliura :: Personalitza :: Ajuda
Powered by Invenio v1.1.6
Mantingut per ddd.bib@uab.cat  :: Metadades subjectes a:
Col·laborem