Resultats globals: 7 registres trobats en 0.02 segons.
Articles, 6 registres trobats
Materials acadèmics, 1 registres trobats
Articles 6 registres trobats  
1.
Amplification dynamics of miniature inverted-repeat transposable elements and their impact on rice trait variability / Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Vendrell-Mir, Pol (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Bardil, Amélie (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Carpentier, Marie-Christine (Université de Perpignan. Laboratoire Génome et Développement des Plantes) ; Panaud, Olivier (Université de Perpignan. Laboratoire Génome et Développement des Plantes) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Transposable elements (TEs) are a rich source of genetic variability. Among TEs, miniature inverted-repeat TEs (MITEs) are of particular interest as they are present in high copy numbers in plant genomes and are closely associated with genes. [...]
2021 - 10.1111/tpj.15277
The Plant Journal, (April 2021)  
2.
13 p, 1.7 MB Distribution, characteristics, and regulatory potential of long noncoding RNAs in brown-rot fungi / Borgognone, Alessandra (Sequentia Biotech) ; Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech) ; Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech) ; Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Long noncoding RNAs have been thoroughly studied in plants, animals, and yeasts, where they play important roles as regulators of transcription. Nevertheless, almost nothing is known about their presence and characteristics in filamentous fungi, especially in basidiomycetes. [...]
2019 - 10.1155/2019/9702342
International journal of genomics, Vol. 2019 (May 2019) , art. 9702342  
3.
10 p, 1.1 MB An Improved Melon Reference Genome With Single-Molecule Sequencing Uncovers a Recent Burst of Transposable Elements With Potential Impact on Genes / Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ruggieri, Valentino (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pujol, Marta (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The published melon (Cucumis melo L. ) reference genome assembly (v3. 6. 1) has still 41. 6 Mb (Megabases) of sequences unassigned to pseudo-chromosomes and about 57 Mb of gaps. Although different approaches have been undertaken to improve the melon genome assembly in recent years, the high percentage of repeats (~40%) and limitations due to read length have made it difficult to resolve gaps and scaffold's misassignments to pseudomolecules, especially in the heterochromatic regions. [...]
2020 - 10.3389/fpls.2019.01815
Frontiers in plant science, Vol. 10 (January 2020) , art. 1815  
4.
7 p, 1.9 MB T-lex3 : An accurate tool to genotype and estimate population frequencies of transposable elements using the latest short-read whole genome sequencing data / Bogaerts-Márquez, María (Institut de Biologia Evolutiva (Barcelona)) ; Barron, Maite G. (Universitat Pompeu Fabra. Institut de Biologia Evolutiva) ; Fiston-Lavier, Anna-Sophie (Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier) ; Vendrell Mir, Pol (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; González, Josefa (Universitat Pompeu Fabra. Institut de Biologia Evolutiva)
Motivation: Transposable elements (TEs) constitute a significant proportion of the majority of genomes sequenced to date. TEs are responsible for a considerable fraction of the genetic variation within and among species. [...]
2020 - 10.1093/bioinformatics/btz727
Bioinformatics, Vol. 36, Issue 4 (February 2020) , p. 1191-1197  
5.
19 p, 3.5 MB A benchmark of transposon insertion detection tools using real data / Vendrell Mir, Pol (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Barteri, Fabio (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Merenciano, Miriam (Institut de Biologia Evolutiva (Barcelona)) ; González, Josefa (Institut de Biologia Evolutiva (Barcelona)) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Background: Transposable elements (TEs) are an important source of genomic variability in eukaryotic genomes. Their activity impacts genome architecture and gene expression and can lead to drastic phenotypic changes. [...]
2019 - 10.1186/s13100-019-0197-9
Mobile DNA, Vol. 10 (December 2019) , art. 53  
6.
50 p, 962.3 KB Transposons played a major role in the diversification between the closely related almond and peach genomes : Results from the almond genome sequence / Alioto, Tyler (Centre de Regulació Genòmica) ; Alexiou, Konstantinos G. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Bardil, Amélie (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Barteri, Fabio (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Cruz, Fernando (Centre de Regulació Genòmica) ; Dhingra, Amit (Washington State University. Department of Horticulture) ; Duval, Henri (INRA) ; Fernández i Martí, Angel (University of California) ; Frias, Leonor (Centre de Regulació Genòmica) ; Galán, Beatriz (Consejo Superior de Investigaciones Científicas) ; García, José Luis (Consejo Superior de Investigaciones Científicas) ; Howad, Werner (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Gómez Garrido, Jéssica (Centre de Regulació Genòmica) ; Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica) ; Julca, Irene (Centre de Regulació Genòmica) ; Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ribeca, Paolo (Centre de Regulació Genòmica) ; Rubio Cabetas, María José (Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón) ; Vlasova, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ; Wirthensohn, Michelle G. (The University of Adelaide. School of Agriculture, Food and Wine) ; Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Gabaldón, Toni (Centre de Regulació Genòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Arús i Gorina, Pere (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
We sequenced the genome of the highly heterozygous almond Prunus dulcis cv. Texas combining short and long-read sequencing. We obtained a genome assembly totaling 227. 6 Mb of the estimated 238 Mb almond genome size, of which 91% is anchored to eight pseudomolecules corresponding to its haploid chromosome complement, and annotated 27,969 protein-coding genes and 6,747 non-coding transcripts. [...]
2020 - 10.1111/tpj.14538
Plant journal, Vol. 101, Issue 2 (January 2020) , p. 455-472  

Materials acadèmics 1 registres trobats  
1.
4 p, 101.1 KB Genòmica Vegetal [43865] / Campos Martinez, Narciso ; García Mas, Jordi ; Aranzana Civit, Maria Jose ; Arus, Pere ; Howad, Werner ; Castanera Andres, Raul ; Ferrer Prats, Albert ; Roquet Ruíz, Cristina ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
Proporcionar una visió global i actualitzada de les bases teòriques i tecnològiques relacionades amb l'estudi de l'organització, la funció i l'evolució dels genomes de les plantes i les seves aplicacions potencials per a la millora genètica de les plantes de cultiu.
Proporcionar una visión global y actualizada de las bases teóricas y tecnológicas relacionadas con el estudio de la organización, la función y la evolución de los genomas de las plantas y sus posibles aplicaciones a la mejora genética de las plantas de cultivo.

2020-21
Màster Universitari en Biologia, Genòmica i Biotecnologia Vegetals / Plant Biology, Genomics and Bio [1370]
3 documents

Vegeu també: autors amb noms similars
Us interessa rebre alertes sobre nous resultats d'aquesta cerca?
Definiu una alerta personal via correu electrònic o subscribiu-vos al canal RSS.