Resultados globales: 4 registros encontrados en 0.03 segundos.
Artículos, Encontrados 1 registros
Contribuciones a jornadas y congresos, Encontrados 2 registros
Documentos de investigación, Encontrados 1 registros
Artículos Encontrados 1 registros  
1.
13 p, 995.3 KB Boosting the FM-index on the GPU : effective techniques to mitigate random memory access / Chacón de San Baldomero, Alejandro (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Marco-Sola, Santiago (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica) ; Espinosa Morales, Antonio Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Ribeca, Paolo (The Pirbright Institute) ; Moure López, Juan Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona)
The recent advent of high-throughput sequencing machines producing big amounts of short reads has boosted the interest in efficient string searching techniques. As of today, many mainstream sequence alignment software tools rely on a special data structure, called the FM-index, which allows for fast exact searches in large genomic references. [...]
2015 - 10.1109/TCBB.2014.2377716
IEEE/ACM Transactions on computational biology and bioinformatics, Vol. 12, No. 5 (Sep.-Oct. 2015)  

Contribuciones a jornadas y congresos Encontrados 2 registros  
1.
9 p, 645.7 KB FM-index on GPU : a cooperative scheme to reduce memory footprint / Chacón de San Baldomero, Alejandro (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Marco-Sola, Santiago (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
The FM-index is a data structure which is seeing more and more pervasive use, in particular in the field of highthroughput bioinformatics. Algorithms based on it show a pseudo-random memory access pattern. [...]
2014 - 10.1109/ISPA.2014.10
ISPA : IEEE International Symposium on Parallel and Distributed Processing with Applications. Milà, Itàlia, 12è : 2014  
2.
10 p, 646.3 KB Thread-cooperative, bit-parallel computation of Levenshtein distance on GPU / Chacón de San Baldomero, Alejandro (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Marco-Sola, Santiago (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Approximate string matching is a very important problem in computational biology; it requires the fast computation of string distance as one of its essential components. Myers’ bit-parallel algorithm improves the classical dynamic programming approach to Levenshtein distance computation, and offers competitive performance on CPUs. [...]
2014 - 10.1145/2597652.2597677
ICS : International Conference on Supercomputing. Munic, Alemanya, : 2014  

Documentos de investigación Encontrados 1 registros  
1.
117 p, 9.4 MB Optimització d'una aplicació bioinformàtica d'aliniament de seqüències executada en processadors many-core (GPUs) / Chacón de San Baldomero, Alejandro ; Moure López, Juan Carlos ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
Las herramientas de análisis de secuencias genómicas permiten a los biólogos identificar y entender regiones fundamentales que tienen implicación en enfermedades genéticas. Actualmente existe una necesidad de dotar al ámbito científico de herramientas de análisis eficientes. [...]
Les eines d'anàlisi de seqüències genòmiques permeten als biòlegs identificar i entendre regions fonamentals que tenen implicació en malalties genètiques. Actualment hi ha una necessitat d'aportar a l'àmbit científic eines d'anàlisi eficients. [...]
The analysis tools of the genomic sequence allow biologists to identify and understand the basic regions that are involved in genetic diseases. Nowadays there is the necessity to give the science efficiency analyse tools. [...]

2011  

¿Le interesa recibir alertas sobre nuevos resultados de esta búsqueda?
Defina una alerta personal vía correo electrónico o subscríbase al canal RSS.