Results overview: Found 4 records in 0.02 seconds.
Articles, 4 records found
Articles 4 records found  
1.
13 p, 2.2 MB Determining the impact of uncharacterized inversions in the human genome by droplet digital PCR / Puig Font, Marta (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Lerga Jaso, Jon (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Giner Delgado, Carla (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Pacheco, Sarai (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Izquierdo, David (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Delprat Obeaga, Alejandra (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Gayà Vidal, Magdalena (University of Porto. CIBIO/InBIO Research Center in Biodiversity and Genetic Resources (Portugal)) ; Regan, Jack F. (Digital Biology Center. Bio-Rad Laboratories (USA)) ; Karlin Neumann, George (Digital Biology Center. Bio-Rad Laboratories (USA)) ; Cáceres Aguilar, Mario (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Despite the interest in characterizing genomic variation, the presence of large repeats at the breakpoints hinders the analysis of many structural variants. This is especially problematic for inversions, since there is typically no gain or loss of DNA. [...]
2020 - 10.1101/gr.255273.119
Genome research, Vol. 30, Issue 5 (May 2020) , p. 724-735  
2.
14 p, 1.6 MB Exploration of the Drosophila buzzatii transposable element content suggests underestimation of repeats in Drosophila genomes / Rius Camps, Nuria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Guillén Montalbán, Yolanda (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Delprat Obeaga, Alejandra (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Kapusta, Aurélie (University of Utah School of Medicine. Department of Human Genetics) ; Feschotte, Cédric (University of Utah School of Medicine. Department of Human Genetics) ; Ruiz, Alfredo, (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Many new Drosophila genomes have been sequenced in recent years using new-generation sequencing platforms and assembly methods. Transposable elements (TEs), being repetitive sequences, are often misassembled, especially in the genomes sequenced with short reads. [...]
2016 - 10.1186/s12864-016-2648-8
BMC genomics, Vol. 17 (2016) , art. 344  
3.
18 p, 591.0 KB Genomics of ecological adaptation in cactophilic Drosophila / Guillén Montalbán, Yolanda (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Rius Camps, Nuria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Delprat Obeaga, Alejandra (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Williford, Anna (University of Texas. Department of Biology) ; Muyas Remolar, Francesc (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Puig Font, Marta (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Casillas Viladerrams, Sònia (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Ràmia Jesús, Miquel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Egea Sánchez, Raquel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Negre de Bofarull, Bárbara (Centre de Regulació Genòmica (Barcelona)) ; Mir, Gisela (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Camps, Jordi (Centro Nacional de Análisis Genómico) ; Moncunill, Valentí (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ; Ruiz-Ruano, Francisco J. (Universidad de Granada. Departamento de Genética) ; Cabrero, Josefa (Universidad de Granada. Departamento de Genética) ; De Lima, Leonardo G. (Universidade Federal de Minas Gerais. Departamento de Biologia Geral) ; Dias, Guilherme B. (Universidade Federal de Minas Gerais. Departamento de Biologia Geral) ; Ruiz, Jeronimo C. (Centro de Pesquisa René Rachou) ; Kapusta, Aurélie (University of Utah. Department of Human Genetics) ; Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Gut, Marta (Centro Nacional de Análisis Genómico) ; Gut, Ivo (Centro Nacional de Análisis Genómico) ; Torrents, David (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ; Camacho, Juan P. (Universidad de Granada. Departamento de Genética) ; Kuhn, Gustavo C.S. G. (Universidade Federal de Minas Gerais. Departamento de Biologia Geral) ; Feschotte, Cédric (University of Utah. Department of Human Genetics) ; Clark, Andrew G. (Cornell University. Department of Molecular Biology and Genetics) ; Betrán, Esther (University of Texas. Department of Biology) ; Barbadilla Prados, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Ruiz, Alfredo, (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Cactophilic Drosophila species provide a valuable model to study gene-environment interactions and ecological adaptation. Drosophila buzzatii and Drosophila mojavensis are two cactophilic species that belong to the repleta group, but have very different geographical distributions and primary host plants. [...]
2014 - 10.1093/gbe/evu291
BMC evolutionary biology, Vol. 7, no. 1 (Jan. 2015) , p. 349-366  
4.
13 p, 699.7 KB The transposon Galileo generates natural chromosomal inversions in drosophila by ectopic recombination / Delprat Obeaga, Alejandra (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Negre de Bofarull, Bárbara (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Puig Font, Marta (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ; Ruiz, Alfredo, (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Background: transposable elements (TEs) are responsible for the generation of chromosomal inversions in several groups of organisms. However, in Drosophila and other Dipterans, where inversions are abundant both as intraspecific polymorphisms and interspecific fixed differences, the evidence for a role of TEs is scarce. [...]
2009 - 10.1371/journal.pone.0007883
PloS one, Vol. 4, Issue 11 (November 2009) , p. e7883  

Interested in being notified about new results for this query?
Set up a personal email alert or subscribe to the RSS feed.