Results overview: Found 20 records in 0.02 seconds.
Articles, 3 records found
Contributions to meetings and congresses, 1 records found
Research literature, 4 records found
Course materials, 12 records found
Articles 3 records found  
1.
6 p, 1.2 MB Approaching long genomic regions and large recombination rates with msParSm as an alternative to MaCS / Montemuiño, Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Espinosa Morales, Antonio Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Moure López, Juan Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Hernández Budé, Porfidio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Ramos Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The msParSm application is an evolution of msPar, the parallel version of the coalescent simulation program ms, which removes the limitation for simulating long stretches of DNA sequences with large recombination rates, without compromising the accuracy of the standard coalescence. [...]
2016 - 10.4137/EBO.S40268
Evolutionary bioinformatics online, Vol. 12 (Oct. 2016) , p. 223-228  
2.
13 p, 995.3 KB Boosting the FM-index on the GPU : effective techniques to mitigate random memory access / Chacón de San Baldomero, Alejandro (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Marco-Sola, Santiago (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica) ; Espinosa Morales, Antonio Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Ribeca, Paolo (The Pirbright Institute) ; Moure López, Juan Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona)
The recent advent of high-throughput sequencing machines producing big amounts of short reads has boosted the interest in efficient string searching techniques. As of today, many mainstream sequence alignment software tools rely on a special data structure, called the FM-index, which allows for fast exact searches in large genomic references. [...]
2015 - 10.1109/TCBB.2014.2377716
IEEE/ACM Transactions on computational biology and bioinformatics, Vol. 12, No. 5 (Sep.-Oct. 2015)  
3.
12 p, 611.8 KB Orymold : ontology based gene expression data integration and analysis tool applied to rice / Mercadé, Jaume (Parc Científic de Barcelona. Oryzon Genomics) ; Espinosa Morales, Antonio Miguel (Parc Científic de Barcelona. Oryzon Genomics) ; Adsuara, José-Enrique (Parc Científic de Barcelona. Oryzon Genomics) ; Adrados, Rosa (Parc Científic de Barcelona. Oryzon Genomics) ; Segura, Jordi (Parc Científic de Barcelona. Oryzon Genomics) ; Puigdomènech, Pere, 1948- (Parc Científic de Barcelona. Oryzon Genomics) ; Maes, Tamara (Parc Científic de Barcelona. Oryzon Genomics)
Background: Integration and exploration of data obtained from genome wide monitoring technologies has become a major challenge for many bioinformaticists and biologists due to its heterogeneity and high dimensionality. [...]
2009 - 10.1186/1471-2105-10-158
BMC Bioinformatics, Vol. 10, N. 158 (May 2009) , p. 1-12
3 documents

Contributions to meetings and congresses 1 records found  
1.
22 p, 9.9 MB Ciutats intel·ligents i sostenibles / Espinosa Morales, Antonio Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
2014
Reunio Kick off CORE ciutats. Bellaterra, Cerdanyola del Vallès, : 2014  

Research literature 4 records found  
1.
124 p, 6.3 MB Planificador consciente del almacenamiento para Multiworkflows en Cluster Galaxy / Acevedo Giménez, César Esteban, autor. ; Hernández Budé, Porfidio, supervisor acadèmic. ; Espinosa Morales, Antonio Miguel, supervisor acadèmic. ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius.
En l'àmbit bioinformàtic, l'experimentació es realitza a través de seqüències d'execucions d'aplicacions, cada aplicació utilitza com a arxiu d'entrada el generat per l'aplicació anterior. Aquest procés d'anàlisi format per una llista d'aplicacions descrivint una cadena de dependència es diu Workflow. [...]
En el ámbito bioinformático, la experimentación se realiza a través de secuencias de ejecuciones de aplicaciones, cada aplicación utiliza como archivo de entrada el generado por la aplicación anterior. [...]
In the bioinformatic field, experimentation is performed through sequential execution of applications, each application uses as input file the one generated by the previous application. This analysis process consisting of a list of applications describing a dependency chain is called Workflow. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2017.  
2.
120 p, 1.2 MB Improving memory hierarchy performance on mapreduce frameworks for multi-core architectures / de Souza Ferreira, Tharso ; Moure López, Juan Carlos, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Espinosa Morales, Antonio Miguel, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius
La necesidad de analizar grandes conjuntos de datos de diferentes tipos de aplicaciones ha popularizado el uso de modelos de programación simplicados como MapReduce. La popularidad actual se justifica por ser una abstracción útil para expresar procesamiento paralelo de datos y también ocultar eficazmente la sincronización de datos, tolerancia a fallos y la gestión de balanceo de carga para el desarrollador de la aplicación. [...]
The need of analyzing large data sets from many different application fields has fostered the use of simplified programming models like MapReduce. Its current popularity is justified by being a useful abstraction to express data parallel processing and also by effectively hiding synchronization, fault tolerance and load balancing management details from the application developer. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2014  
3.
67 p, 1.8 MB Análisis bioinformáticos sobre la tecnología Hadoop / Gutiérrez Millà, Albert ; Espinosa Morales, Antonio Miguel, dir. (Escola Universitària d'Informàtica de Sabadell) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
Desde el inicio del proyecto del genoma humano y su éxito en el año 2001 se han secuenciado genomas de multitud de especies. La mejora en las tecnologías de secuenciación ha generado volúmenes de datos con un crecimiento exponencial. [...]
Des del principi del projecte del genoma humà i el seu èxit l'any 2001 s'han seqüenciat genomes de multitud d'espècies. La millora en les tecnologies de seqüenciació ha generat volums de dades amb un creixement exponencial. [...]
Since the human genome project started, and its success in 2011 many species have been sequenced. The improvement in sequence technologies has generated big amounts of data with an exponential growing. [...]

2012  
4.
60 p, 2.4 MB Parallelization of whole genome alignment / García Vizcaíno, Julio César ; Espinosa Morales, Antonio Miguel, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius
With the advent of High performance computing, it is now possible to achieve orders of magnitude performance and computation e ciency gains over conventional computer architectures. This thesis explores the potential of using high performance computing to accelerate whole genome alignment. [...]
2011  

Course materials 12 records found  1 - 10next  jump to record:
1.
4 p, 74.6 KB Parallel and Distributed Calculation Systems [43343] / Espinosa Morales, Antonio ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Ciències
By the end of the lectures and practical labs students should have enough knowledge to understand the requirements of typical large data analysis problems in industrial contexts. They should be able to pick some combination of tools and design a solution for the problem. [...]
2018-19
Màster Universitari en Modelització per a la Ciència i la Enginyeria / Modelling for Science and Engineering [1293]  
2.
3 p, 72.4 KB Cloud Computing [44022] / Espinosa Morales, Antonio ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
By the end of the lectures and practical labs students should have enough knowledge to understand the basic concepts about Cloud Computing and some experience designing and deploying cloud computing application architectures. [...]
2018-19
1391 [1391]  
3.
4 p, 79.8 KB Master's Dissertation [42402] / Barbadilla Prados, Antoni ; Pardo Carrasco, Leonardo ; Ruíz Panadero, Alfredo ; Senar Rosell, Miquel Àngel ; Marechal, Jean-Didier Pierre ; Cordomi Montoya, Arnau ; González Wong, Angel ; Yero Corona, Daniel ; Marco Sola, Santiago ; Cáceres Aguilar, Mario ; Espinosa Morales, Antonio ; Masgrau Fontanet, Laura ; Negre de Bofarull, Barbara ; Conchillo Solé, Oscar ; González Ruíz, Juan Ramón ; Casillas Viladerrams, Sònia ; Egea Sánchez, Raquel ; Daura Ribera, Xavier ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
1 The Master's Thesis (MT) is an autonomous and individually research work that gives the student the opportunity to focus on some of the topics dealt with in the academic modules of the Master, as well as, to integrate all together the capacities and competences achieved along the Master's degree. [...]
2018-19
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]  
4.
9 p, 106.8 KB Fonaments d'Informàtica [103806] / Sorribes Gomis, Joan ; Roca Marva, Francesc Xavier ; Cesar Galobardes, Eduardo ; Hernández Juárez, Dani ; Diaz Chito, Katerine ; Villamayor Leguizamon, Jorge Luis ; Garrido Sanz, Lidia ; Rangel Piña, Carlos Ramon ; Cortés Fité, Rafael ; Espinosa Morales, Antonio ; Benavente Vidal, Robert ; Piedrafita Farras, Joan Josep ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
Aquesta assignatura té un caràcter general i introductori a la informàtica. Es divideix en dos grans eixos: el primer comprèn l'estudi dels aspectes metodològics de la programació i l'aprenentatge d'un llenguatge d'alt nivell i el segon consisteix en la introducció dels conceptes bàsics de l'estructura dels computadors i dels principis de disseny. [...]
2018-19
Grau en Enginyeria Informàtica [958]  
5.
6 p, 92.1 KB Sistemes Distribuïts [102740] / Hernández Bude, Porfidio ; Alcaraz Rodriguez, Jordi ; Espinosa Morales, Antonio ; Panadero Martinez, Javier ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
La matèria de Sistemes Distribuïts pretén mostrar els conceptes fonamentals, i problemàtiques més habituals dels sistemes distribuïts, així com les tècniques més usuals de gestió dels recursos en aquest tipus de sistemes. [...]
2018-19
Grau en Enginyeria Informàtica [958]  
6.
5 p, 85.2 KB Sistemes Paral·lels i Distribuïts de Còmput [43343] / Suppi Boldrito, Remo Lucio ; Senar Rosell, Miquel Àngel ; Espinosa Morales, Antonio Miguel ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Ciències ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
Al final d'aquesta assignatura, els estudiants hauran de tenir coneixements, mètodes i habilitats tècniques per a la investigació sobre solucions innovadores als problemes dels sistemes distribuïts. [...]
At the end of this subject, students should have enough knowledge, methods and technical skills to research on innovative solutions to distributed systems problems. Competence Description Knowledge Analyze and evaluate parallel architectures and distributed computers, and advanced software development and optimization. [...]

2017-18
Màster Universitari en Enginyeria Informàtica /Computer Engineering [1269]
Màster Universitari en Modelització per a la Ciència i la Enginyeria / Modelling for Science and Engineering [1293]
2 documents
7.
7 p, 96.5 KB Fonaments d'Informàtica [103806] / Sorribes Gomis, Joan ; Cesar Galobardes, Eduardo ; Hernández Juárez, Dani ; Díaz Chito, Katerine (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciències de la Computació) ; Ravishankar, Prassanna Ganesh ; Villamayor Leguizamon, Jorge Luis ; Rangel Piña, Carlos Ramon ; Espinosa Morales, Antonio Miguel ; Benavente Vidal, Robert (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciències de la Computació) ; Piedrafita Farras, Joan Josep ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
1 Aquesta assignatura té un caràcter general i introductori a la informàtica. Es divideix en dos grans eixos: el primer comprèn l'estudi dels aspectes metodològics de la programació i l'aprenentatge d'un llenguatge d'alt nivell i el segon consisteix en la introducció dels conceptes bàsics de l'estructura dels computadors i dels principis de disseny. [...]
2017-18
Grau en Enginyeria Informàtica [958]  
8.
6 p, 90.6 KB Sistemes Operatius [102747] / Cortés Fité, Ana ; Sorribes Gomis, Joan ; Marco Sola, Santiago ; Espinosa Morales, Antonio Miguel ; Ivars Camáñez, Vicente José ; Serra Vizern, Montse ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
Coneixements L'estudiant aprendrà els serveis que a nivell de descripció funcional proporciona el Sistema Operatiu i també les polítiques de gestió aplicades als mòduls bàsics que el configuren. [...]
2017-18
Grau en Enginyeria Informàtica [958]  
9.
6 p, 87.1 KB Fonaments d'Enginyeria [103805] / Suppi Boldrito, Remo Lucio ; Mendez Muñoz, Victor ; Tashakor, Ghazal ; Espinosa Morales, Antonio Miguel ; Gomez Sanchez, Pilar ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
L'objectiu fonamental de l'assignatura és presentar l'àmbit general de l'enginyeria i els aspectes fonamentals de la professió d'enginyer així com treballar conceptes vinculats a la resolució de problemes en enginyeria. [...]
2017-18
Grau en Enginyeria Informàtica [958]  
10.
4 p, 79.5 KB Programming in Bioinformatics [42401] / Espinosa Morales, Antonio Miguel ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
General objectives of this module are the application of the core tools and basic techniques for development in this area of knowledge. Provide skills to successfully assume the adaptation to changing technologies and new paradigms emerging in this interdisciplinary field.
2016-17
Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]  

Course materials : 12 records found   1 - 10next  jump to record:
Interested in being notified about new results for this query?
Set up a personal email alert or subscribe to the RSS feed.