Results overview: Found 5 records in 0.01 seconds.
Articles, 5 records found
Articles 5 records found  
1.
8 p, 426.0 KB SNP calling by sequencing pooled samples / Pérez-Enciso, Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ; Esteve Codina, Anna (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ferretti, Luca (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Raineri, Emanuele (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica) ; Nevado, Bruno (University of Oxford. Department of Plant Sciences) ; Heath, Simon (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Performing high throughput sequencing on samples pooled from different individuals is a strategy to characterize genetic variability at a small fraction of the cost required for individual sequencing. [...]
2012 - 10.1186/1471-2105-13-239
BMC bioinformatics, Vol. 13 (2012)  
2.
8 p, 1.1 MB Selective single molecule sequencing and assembly of a human Y chromosome of African origin / Kuderna, Lukas F. K. (Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC)) ; Lizano, Esther (Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC)) ; Julià, Eva (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ; Gómez-Garrido, Jessica (Centre de Regulació Genòmica) ; Serres-Armero, Aitor (Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC)) ; Kuhlwilm, Martin (Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC)) ; Antoni Alandes, Regina (Centre de Regulació Genòmica) ; Alvarez-Estape, Marina (Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC)) ; David Juan (Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC)) ; Heath, Simon (Centre de Regulació Genòmica) ; Alioto, Tyler (Centre de Regulació Genòmica) ; Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica) ; Gut, Ivo (Centre de Regulació Genòmica) ; Heide Schierup, Mikkel (Aarhus University. Bioinformatics Research Center) ; Fornas, Oscar (Centre de Regulació Genòmica) ; Marquès i Bonet, Tomàs, 1975- (Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont)
Mammalian Y chromosomes are often neglected from genomic analysis. Due to their inherent assembly difficulties, high repeat content, and large ampliconic regions, only a handful of species have their Y chromosome properly characterized. [...]
2019 - 10.1038/s41467-018-07885-5
Nature communications, Vol. 10 (January 2019) , art. 4  
3.
18 p, 2.0 MB A Comparison of RNA-Seq Results from Paired Formalin-Fixed Paraffin-Embedded and Fresh-Frozen Glioblastoma Tissue Samples / Esteve-Codina, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ; Arpi, Oriol (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (IMIM)) ; Martinez-García, Maria (Hospital del Mar. Oncologia mèdica) ; Pineda, Estela (Hospital Clínic. Oncologia mèdica) ; Mallo, Mar (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca Contra la Leucèmia Josep Carreras) ; Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica) ; Carrato, Cristina (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol) ; Rovira, Anna (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (IMIM)) ; Lopez, Raquel (Hospital Josep Trueta.) ; Tortosa, Avelina (Universitat de Barcelona, Departament d'Infermeria Fonamental) ; Dabad, Marc (Centre de Regulació Genòmica) ; Del Barco, Sonia (Institut Català d'Oncologia) ; Heath, Simon (Centre de Regulació Genòmica) ; Bagué, Silvia (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau) ; Ribalta, Teresa (Hospital Clínic) ; Alameda, Francesc (Hospital del Mar) ; de la Iglesia, Nuria (Institut d'Investigació Biomèdica August Pi i Sunyer (IDIBAPS)) ; Balañá, Carmen (Institut Germans Trias i Pujol. Institut Català d'Oncologia) ; on behalf of the GLIOCAT Group ; Glioma Catalonia Group (GLIOCAT) ; Universitat Autònoma de Barcelona
The molecular classification of glioblastoma (GBM) based on gene expression might better explain outcome and response to treatment than clinical factors. Whole transcriptome sequencing using next-generation sequencing platforms is rapidly becoming accepted as a tool for measuring gene expression for both research and clinical use. [...]
2017 - 10.1371/journal.pone.0170632
PloS one, 2017, p. 1-18  
4.
15 p, 3.0 MB Single-cell transcriptome conservation in cryopreserved cells and tissues / Guillaumet-Adkins, Amy (Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST)) ; Rodríguez-Esteban, Gustavo (Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST)) ; Mereu, Elisabetta (Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST)) ; Mendez-Lago, Maria (Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST)) ; Jaitin, Diego A. (Department of Immunology, Weizmann Institute, Rehovot, Israel) ; Villanueva, Alberto (Xenopat S.L., Business Bioincubator, Bellvitge Health Science Campus, Barcelona, Spain) ; Vidal, August (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge) ; Martinez-Marti, Alex (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Medicina) ; Felip Font, Enriqueta (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Medicina) ; Vivancos, Ana (Vall d'Hebron Institute of Oncology (VHIO)) ; Keren-Shaul, Hadas (Department of Immunology, Weizmann Institute, Rehovot, Israel) ; Heath, Simon (Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST)) ; Gut, Marta (Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST)) ; Amit, Ido (Department of Immunology, Weizmann Institute, Rehovot, Israel) ; Gut, Ivo (Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST)) ; Heyn, Holger (Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST))
A variety of single-cell RNA preparation procedures have been described. So far, protocols require fresh material, which hinders complex study designs. We describe a sample preservation method that maintains transcripts in viable single cells, allowing one to disconnect time and place of sampling from subsequent processing steps. [...]
2017 - 10.1186/s13059-017-1171-9
Genome biology, Vol. 18 (march 2017)  
5.
9 p, 1.2 MB From Wet-Lab to Variations : Concordance and Speed of Bioinformatics Pipelines for Whole Genome and Whole Exome Sequencing / Laurie, Steve (Barcelona Institute of Science and Technology. Centre de Regulació Genòmica) ; Fernandez-Callejo, Marcos (Barcelona Institute of Science and Technology. Centre de Regulació Genòmica) ; Marco-Sola, Santiago (Universitat Pompeu Fabra) ; Trotta, Jean-Remi (Universitat Pompeu Fabra) ; Camps, Jordi (Barcelona Institute of Science and Technology. Centre de Regulació Genòmica) ; Chacón, Alejandro (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Espinosa, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Gut, Marta (Barcelona Institute of Science and Technology. Centre de Regulació Genòmica) ; Gut, Ivo (Universitat Pompeu Fabra) ; Heath, Simon (Universitat Pompeu Fabra) ; Beltran, Sergi (Barcelona Institute of Science and Technology. Centre de Regulació Genòmica)
As whole genome sequencing becomes cheaper and faster, it will progressively substitute targeted next-generation sequencing as standard practice in research and diagnostics. However, computing cost-performance ratio is not advancing at an equivalent rate. [...]
2016 - 10.1002/humu.23114
Human Mutation, Vol. 37, Issue 12 (December 2016) , p. 1263-1271  

See also: similar author names
1 Heath, S.
1 Heath, S.C.
7 Heath, Simon
Interested in being notified about new results for this query?
Set up a personal email alert or subscribe to the RSS feed.