Results overview: Found 27 records in 0.02 seconds.
Articles, 2 records found
Contributions to meetings and congresses, 2 records found
Research literature, 3 records found
Course materials, 20 records found
Articles 2 records found  
1.
9 p, 1.2 MB From Wet-Lab to Variations : Concordance and Speed of Bioinformatics Pipelines for Whole Genome and Whole Exome Sequencing / Laurie, Steve (Centre de Regulació Genòmica) ; Fernández , Marcos (Centre de Regulació Genòmica) ; Marco-Sola, Santiago (Universitat Pompeu Fabra) ; Trotta, Jean-Remi (Universitat Pompeu Fabra) ; Camps, Jordi (Centre de Regulació Genòmica) ; Chacón, Alejandro (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Espinosa, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica) ; Gut, Ivo (Universitat Pompeu Fabra) ; Heath, Simon (Universitat Pompeu Fabra) ; Beltran i Agulló, Sergi (Centre de Regulació Genòmica)
As whole genome sequencing becomes cheaper and faster, it will progressively substitute targeted next-generation sequencing as standard practice in research and diagnostics. However, computing cost-performance ratio is not advancing at an equivalent rate. [...]
2016 - 10.1002/humu.23114
Human mutation, Vol. 37, Issue 12 (December 2016) , p. 1263-1271  
2.
13 p, 995.3 KB Boosting the FM-index on the GPU : effective techniques to mitigate random memory access / Chacón de San Baldomero, Alejandro (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Marco-Sola, Santiago (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica) ; Espinosa, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Ribeca, Paolo (The Pirbright Institute (Regne Unit)) ; Moure López, Juan Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona)
The recent advent of high-throughput sequencing machines producing big amounts of short reads has boosted the interest in efficient string searching techniques. As of today, many mainstream sequence alignment software tools rely on a special data structure, called the FM-index, which allows for fast exact searches in large genomic references. [...]
2015 - 10.1109/TCBB.2014.2377716
IEEE/ACM Transactions on computational biology and bioinformatics, Vol. 12, No. 5 (Sep.-Oct. 2015)  

Contributions to meetings and congresses 2 records found  
1.
9 p, 645.7 KB FM-index on GPU : a cooperative scheme to reduce memory footprint / Chacón de San Baldomero, Alejandro (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Marco-Sola, Santiago (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
The FM-index is a data structure which is seeing more and more pervasive use, in particular in the field of highthroughput bioinformatics. Algorithms based on it show a pseudo-random memory access pattern. [...]
2014 - 10.1109/ISPA.2014.10
ISPA : IEEE International Symposium on Parallel and Distributed Processing with Applications. Milà, Itàlia, 12è : 2014  
2.
10 p, 646.3 KB Thread-cooperative, bit-parallel computation of Levenshtein distance on GPU / Chacón de San Baldomero, Alejandro (Universitat Autònoma de Barcelona) ; Marco-Sola, Santiago (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Approximate string matching is a very important problem in computational biology; it requires the fast computation of string distance as one of its essential components. Myers' bit-parallel algorithm improves the classical dynamic programming approach to Levenshtein distance computation, and offers competitive performance on CPUs. [...]
2014 - 10.1145/2597652.2597677
ICS : International Conference on Supercomputing. Munic, Alemanya, : 2014  

Research literature 3 records found  
1.
9 p, 509.6 KB Filtrado eficiente de secuencias de ADN / Salym, Zaina ; Moure López, Juan Carlos, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Marco-Sola, Santiago, dir. (Universitat Pompeu Fabra) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
La secuenciación genómica es un avance científico clave que permite decodificar secuencias de ADN, detectar variaciones genéticas y diagnosticar enfermedades. En la actualidad existen una gran variedad de algoritmos que permiten encontrar mutaciones en secuencias genómicas. [...]
La seqüenciació genòmica és un avenç científic clau que permet descodificar seqüències d'ADN, detectar variacions genètiques i diagnosticar malalties. En l'actualitat hi ha una gran varietat d'algoritmes que permeten trobar mutacions en seqüències genòmiques. [...]
Genomic sequencing is a key scientific advance that allows decoding DNA sequences, detecting genetic variations, and diagnosing diseases. Nowadays, there is a great variety of algorithms that allow finding mutations in genomic sequences. [...]

2020
Enginyeria Informàtica [958]  
2.
9 p, 405.6 KB Aceleración del algoritmo Wavefront Aligner para emparejamiento de secuencias genéticas / Hernández Chinappi, Ernesto ; Marco-Sola, Santiago, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Moure López, Juan Carlos, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
El alineamiento de secuencias se define como la búsqueda de las diferencias que existen entre dos cadenas de caracteres: patrón y texto. Este trabajo utiliza técnicas de Ingeniería de Rendimiento para caracterizar, optimizar y paralelizar el algoritmo Wavefront Aligner de alineamiento de secuencias. [...]
L'alineament de seqüències es defineix com la recerca de les diferències entre dues cadenes de caràcters: patró i text. Aquest treball utilitza tècniques d'Enginyeria de Rendiment per a caracteritzar, optimitzar i paral·lelitzar l'algoritme Wavefront Aligner d'alineament de seqüències. [...]
Sequence alignment consists in searching for differences between two strings: pattern and text. The present work employs Performance Engineering techniques to characterize, optimize, and parallelize the Wavefront Alignment algorithm. [...]

2020
Enginyeria Informàtica [958]  
3.
9 p, 1.4 MB Aceleración de algoritmos de emparejamiento de secuencias genéticas / Gutiérrez Martín, Francisco ; Moure López, Juan Carlos, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Marco Sola, Santiago, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
El emparejamiento de secuencias genéticas se puede definir como la búsqueda de las diferencias que existen entre dos cadenas de caracteres: patrón y texto. Existe una gran variedad de algoritmos que resuelven este problema con diferentes costes computacionales. [...]
The matching of genetic sequences can be defined as the search for the differences between two-character strings: pattern and text. A great variety of algorithms can solve this problem with different computational costs. [...]
L'aparellament de seqüències genètiques es pot definir com la recerca de les diferències que hi ha entre dues cadenes de caràcters: patró i text. Hi ha una gran varietat d'algoritmes que resolen aquest problema amb diferents costos computacionals. [...]

2018-07-11
Enginyeria Informàtica [958]  

Course materials 20 records found  1 - 10next  jump to record:
1.
4 p, 101.9 KB Computació d'Altes Prestacions i Anàlisi de Big Data [43917] / Senar Rosell, Miquel Àngel ; Moure Lopez, Juan Carlos ; Marco Sola, Santiago ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
Aquest mòdul pretén proporcionar als estudiants els coneixements i habilitats necessàries (1) per implementar aproximacions d'enginyeria de rendiment a les plataformes d'informàtica modernes i (2) per realitzar anàlisis estadístiques de Big Data.
This module aims to provide students with the necessary knowledge and skills (1) to implement performance engineering approaches into modern computing platforms and (2) to perform statistical analyses of Big Data.
Este módulo tiene como objetivo proporcionar a los estudiantes los conocimientos y habilidades necesarios (1) para implementar aproximaciones de ingeniería de rendimiento en plataformas informáticas modernas y (2) para realizar análisis estadísticos de Big Data.

2021-22
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
3 documents
2.
4 p, 105.0 KB Programació en Bioinformàtica [42401] / Marco Sola, Santiago ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
Els objectius generals d'aquest mòdul són l'aplicació de les eines i tècniques bàsiques per al desenvolupament en aquesta àrea. Es treballen les capacitats de resoldre reptes i adaptar-se a les tecnologies i paradigmes de la bioinformàtica.
General objectives of this module are the application of the core tools and basic techniques for development in this area of knowledge. Provide skills to successfully assume the adaptation to changing technologies and new paradigms emerging in this interdisciplinary field.
Los objetivos generales de este módulo son la aplicación de las herramientas y técnicas bàsicas para el desarrollo en esta área. Se trabajan las capacidades de resolver retos y adaptarse a las tecnologías y paradigmas de la bioinformática.

2021-22
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
3 documents
3.
4 p, 103.1 KB Pràctiques Professionals [42400] / Egea Sánchez, Raquel ; Barbadilla Prados, Antoni ; Ruíz Panadero, Alfredo ; Marechal, Jean-Didier Pierre ; Coronado Zamora, Marta ; González Wong, Angel ; Marco Sola, Santiago ; Martínez Urtaza, Jaime ; Masgrau Fontanet, Laura ; Peralvarez Marin, Alex ; Casillas Viladerrams, Sònia ; Daura Ribera, Xavier ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
El principal objectiu d'aquestes pràctiques és promoure la interacció dels estudiants amb els ambients de recerca i professional que hi ha al seu voltant. 1.
The main objective of these practices is to promote the students' interaction with the research and professional environments around them. 1.
El principal objetivo de estas prácticas es promover la interacción de los estudiantes con los ambientes de investigación y profesional que hay a su alrededor. 1.

2021-22
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
3 documents
4.
5 p, 110.3 KB Treball de Final de Màster [42402] / Barbadilla Prados, Antoni ; Pardo Carrasco, Leonardo ; Senar Rosell, Miquel Àngel ; Moure Lopez, Juan Carlos ; Marechal, Jean-Didier Pierre ; Coronado Zamora, Marta ; González Wong, Angel ; Yero Corona, Daniel ; o ; Marco Sola, Santiago ; Martínez Urtaza, Jaime ; Cáceres Aguilar, Mario ; Espinosa Morales, Antonio ; Salazar Ciudad, Isaac ; Masgrau Fontanet, Laura ; González Ruíz, Juan Ramón ; Puig Font, Marta ; Casillas Viladerrams, Sònia ; Egea Sánchez, Raquel ; Daura Ribera, Xavier ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
La Tesi de Màster (MT) és un treball de recerca autònom i individual que brinda a l'estudiant l'oportunitat de centrar-se en alguns dels temes tractats en els mòduls acadèmics del màster, així com d'integrar totes les capacitats i competències assolides al llarg del màster. [...]
The Master's Thesis (MT) is an autonomous and individually research work that gives the student the opportunity to focus on some of the topics dealt with in the academic modules of the Master, as well as, to integrate all together the capacities and competences achieved along the Master's degree. [...]
La Tesis de Máster (MT) es un trabajo de investigación autónomo e individual que brinda al estudiante la oportunidad de centrarse en algunos de los temas tratados en los módulos académicos del máster, así como de integrar todas las capacidades y competencias logradas a lo largo del máster. [...]

2021-22
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
3 documents
5.
6 p, 112.0 KB Arquitectura de computadors [102775] / Senar Rosell, Miquel Àngel ; Moure Lopez, Juan Carlos ; Cano de Castro, Xavier ; Yang, Xiaoyuan ; Marco Sola, Santiago ; Sanjuán Figuerola, Gemma ; Panadero Martinez, Javier ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
1. Entendre les tècniques arquitectòniques basades en paral·lelisme per millorar el rendiment del computador. 2. Entendre el principi de localitat d'accés a dades i les solucions arquitectòniques aplicades a la jerarquia de memòria. [...]
1. To understand architectural techniques based on parallelism to improve computer performance. 2. To understand the principle of data access locality and the architectural solutions applied to the memory hierarchy. [...]
1. Entender las técnicas arquitectónicas basadas en paralelismo para mejorar el rendimiento del computador. 2. Entender el principio de localidad de acceso a datos y las soluciones arquitectónicas aplicadas a la jerarquía de memoria. [...]

2021-22
Grau en Enginyeria Informàtica (Menció en Enginyeria de Computadors) i Grau en Enginyeria Electrònica de Telecomunicació [1206]
Grau en Enginyeria Informàtica (Menció en Tecnologies de la Informació) i Grau en Enginyeria de Sistemes de Telecomunicació [1207]
Enginyeria Informàtica [958]
3 documents
6.
4 p, 101.4 KB Computació d'Altes Prestacions i Anàlisi de Big Data [43917] / Senar Rosell, Miquel Àngel ; Moure, Juan C ; Marco Sola, Santiago ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
Aquest mòdul pretén proporcionar als estudiants els coneixements i habilitats necessàries (1) per implementar aproximacions d'enginyeria de rendiment a les plataformes d'informàtica modernes i (2) per realitzar anàlisis estadístiques de Big Data.
Este módulo tiene como objetivo proporcionar a los estudiantes los conocimientos y habilidades necesarios (1) para implementar aproximaciones de ingeniería de rendimiento en plataformas informáticas modernas y (2) para realizar análisis estadísticos de Big Data.

2020-21
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
3 documents
7.
5 p, 109.8 KB Treball de Final de Màster [42402] / Barbadilla Prados, Antoni ; Pardo Carrasco, Leonardo ; Ruíz Panadero, Alfredo ; Senar Rosell, Miquel Àngel ; Moure, Juan C ; Marechal, Jean-Didier Pierre ; Cordomi Montoya, Arnau ; Coronado Zamora, Marta ; González Wong, Angel ; Yero Corona, Daniel ; Marco Sola, Santiago ; Martínez Urtaza, Jaime ; Cáceres Aguilar, Mario ; Espinosa, Antonio ; Masgrau Fontanet, Laura ; González Ruíz, Juan Ramón ; Puig Font, Marta ; Casillas Viladerrams, Sònia ; Egea, Raquel ; Daura i Ribera, Xavier ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
La Tesi de Màster (MT) és un treball de recerca autònom i individual que brinda a l'estudiant l'oportunitat de centrar-se en alguns dels temes tractats en els mòduls acadèmics del màster, així com d'integrar totes les capacitats i competències assolides al llarg del màster. [...]
La Tesis de Máster (MT) es un trabajo de investigación autónomo e individual que brinda al estudiante la oportunidad de centrarse en algunos de los temas tratados en los módulos académicos del máster, así como de integrar todas las capacidades y competencias logradas a lo largo del máster. [...]

2020-21
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
3 documents
8.
4 p, 104.8 KB Programació en Bioinformàtica [42401] / Marco Sola, Santiago ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
Els objectius generals d'aquest mòdul són l'aplicació de les eines i tècniques bàsiques per al desenvolupament en aquesta àrea. Es treballen les capacitats de resoldre reptes i adaptar-se a les tecnologies i paradigmes de la bioinformàtica.
Los objetivos generales de este módulo son la aplicación de las herramientas y técnicas bàsicas para el desarrollo en esta área. Se trabajan las capacidades de resolver retos y adaptarse a las tecnologías y paradigmas de la bioinformática.

2020-21
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
3 documents
9.
4 p, 103.0 KB Pràctiques Professionals [42400] / Egea, Raquel ; Barbadilla Prados, Antoni ; Ruíz Panadero, Alfredo ; Senar Rosell, Miquel Àngel ; Ventura Zamora, Salvador ; Marechal, Jean-Didier Pierre ; Coronado Zamora, Marta ; Yero Corona, Daniel ; Marco Sola, Santiago ; Masgrau Fontanet, Laura ; Conchillo-Solé, Oscar ; González Ruíz, Juan Ramón ; Casillas Viladerrams, Sònia ; Daura i Ribera, Xavier ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
1 El principal objectiu d'aquestes pràctiques és promoure la interacció dels estudiants amb els ambients de recerca i professional que hi ha al seu voltant.
1 El principal objetivo de estas prácticas es promover la interacción de los estudiantes con los ambientes de investigación y profesional que hay a su alrededor.

2020-21
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
3 documents
10.
6 p, 111.4 KB Arquitectura de computadors [102775] / Senar Rosell, Miquel Àngel ; Moure, Juan C ; Villar Mesurado, Sergio ; Marco Sola, Santiago ; Sanjuán Figuerola, Gemma ; Panadero Martinez, Javier ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
1. Entendre les tècniques arquitectòniques basades en paral·lelisme per millorar el rendiment del computador. 2. Entendre el principi de localitat d'accés a dades i les solucions arquitectòniques aplicades a la jerarquia de memòria. [...]
1. Entender las técnicas arquitectónicas basadas en paralelismo para mejorar el rendimiento del computador. 2. Entender el principio de localidad de acceso a datos y las soluciones arquitectónicas aplicadas a la jerarquía de memoria. [...]

2020-21
Grau en Enginyeria Informàtica (Menció en Enginyeria de Computadors) i Grau en Enginyeria Electrònica de Telecomunicació [1206]
Grau en Enginyeria Informàtica (Menció en Tecnologies de la Informació) i Grau en Enginyeria de Sistemes de Telecomunicació [1207]
Màster Universitari en Enginyeria Informàtica /Computer Engineering [1269]
Enginyeria Informàtica [958]
3 documents

Course materials : 20 records found   1 - 10next  jump to record:
Interested in being notified about new results for this query?
Set up a personal email alert or subscribe to the RSS feed.