Results overview: Found 41 records in 0.02 seconds.
Articles, 36 records found
Research literature, 5 records found
Articles 36 records found  1 - 10nextend  jump to record:
1.
14 p, 1.9 MB Exploring deep learning for complex trait genomic prediction in polyploid outcrossing species / Zingaretti, Laura M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Gezan, Salvador Alejandro (University of Florida. School of Forest Resources and Conservation (USA)) ; Ferrão, Luis Felipe V. (University of Florida. Horticultural Sciences Department (USA)) ; Osorio, Luis F. (University of Florida. IFAS Gulf Coast Research and Education Center (USA)) ; Monfort Vives, Amparo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Muñoz, Patricio R. (University of Florida. Horticultural Sciences Department (USA)) ; Whitaker, Vance M. (University of Florida. IFAS Gulf Coast Research and Education Center (USA)) ; Pérez-Enciso, Miguel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Genomic prediction (GP) is the procedure whereby the genetic merits of untested candidates are predicted using genome wide marker information. Although numerous examples of GP exist in plants and animals, applications to polyploid organisms are still scarce, partly due to limited genome resources and the complexity of this system. [...]
2020 - 10.3389/fpls.2020.00025
Frontiers in Plant Science, Vol. 11 (February 2020) , art. 25  
2.
9 p, 1.0 MB Estimating conformational traits in dairy cattle with deepAPS : A two-step deep learning automated phenotyping and segmentation approach / Nye, Jessica (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Zingaretti, Laura M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pérez-Enciso, Miguel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Assessing conformation features in an accurate and rapid manner remains a challenge in the dairy industry. While recent developments in computer vision has greatly improved automated background removal, these methods have not been fully translated to biological studies. [...]
2020 - 10.3389/fgene.2020.00513
Frontiers in Genetics, Vol. 11 (May 2020) , art. 513  
3.
3 p, 575.2 KB Aplicacions de l''aprenentatge profund' (Deep Learning) per a la millora genètica dels poliploides / Pérez-Enciso, Miguel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Un article recentment publicat per autors del Centre de Recerca en Agrigenòmica (CRAG) i de la Universitat de Florida mostra com els mètodes computacionals moderns poden ajudar en la millora genètica d'espècies vegetals amb més de dos jocs de cromosomes.
Un artículo recientemente publicado por autores del Centre de Recerca en Agrigenòmica (CRAG) y de la Universidad de Florida muestra cómo los métodos computacionales modernos pueden ayudar en el mejoramiento genético de las especies vegetales con más de dos juegos de cromosomas.
An article recently published by CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica) and researchers of the University of Florida shows how modern computational methods can help in the genetic improvement of plant species with more than two sets of chromosomes.

2020
UAB divulga, Juliol 2020
3 documents
4.
11 p, 594.5 KB Identification of rumen microbial biomarkers linked to methane emission in Holstein dairy cows / Ramayo-Caldas, Yuliaxis (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Torre Marimon) ; Zingaretti, Laura M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Popova, Milka (Université Clermont Auvergne. Institut National de la Recherche Agronomique. VetAgro Sup (France)) ; Estellé Fabrellas, Jordi (Université Paris-Saclay. Institut National de la Recherche Agronomique. Génétique Animale et Biologie Intégrative (France)) ; Bernard, Aurelien (Université Clermont Auvergne. Institut National de la Recherche Agronomique. VetAgro Sup (France)) ; Pons, Nicolas (Institut National de la Recherche Agronomique. Metagenopolis Unit (France)) ; Bellot, Pau (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Mach, Núria (Université Paris-Saclay. Institut National de la Recherche Agronomique. AgroParisTech (France)) ; Rau, Andrea (Université Paris-Saclay. Institut National de la Recherche Agronomique. AgroParisTech (France)) ; Roume, Hugo (Institut National de la Recherche Agronomique. Metagenopolis Unit (France)) ; Perez-Enciso, Miguel (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Faverdin, Philippe (Institut National de la Recherche Agronomique. Agrocampus-Ouest (France)) ; Edouard, Nadège (Institut National de la Recherche Agronomique. Agrocampus-Ouest (France)) ; Ehrlich, Dusko (Institut National de la Recherche Agronomique. Metagenopolis Unit (France)) ; Morgavi, Diego P. (Université Clermont Auvergne. Institut National de la Recherche Agronomique (France)) ; Renand, Gilles (Université Paris-Saclay. Institut National de la Recherche Agronomique. AgroParisTech (France))
Mitigation of greenhouse gas emissions is relevant for reducing the environmental impact of ruminant production. In this study, the rumen microbiome from Holstein cows was characterized through a combination of 16S rRNA gene and shotgun metagenomic sequencing. [...]
2020 - 10.1111/jbg.12427
Journal of Animal Breeding and Genetics, Vol. 137, Issue 1 (January 2020) , p. 49-59  
5.
9 p, 1.4 MB SeqBreed : a python tool to evaluate genomic prediction in complex scenarios / Pérez-Enciso, Miguel (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramírez-Ayala, Lino C. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Zingaretti, Laura M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Background: Genomic prediction (GP) is a method whereby DNA polymorphism information is used to predict breeding values for complex traits. Although GP can significantly enhance predictive accuracy, it can be expensive and difficult to implement. [...]
2020 - 10.1186/s12711-020-0530-2
Genetics Selection Evolution, Vol. 52 (February 2020) , art. 7  
6.
13 p, 1.6 MB HIV drug resistance prediction with weighted categorical kernel functions / Ramon, Elies (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Belanche-Muñoz, Lluís (Universitat Politècnica de Catalunya. Departament de Ciències de la Computació) ; Pérez-Enciso, Miguel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Background: Antiretroviral drugs are a very effective therapy against HIV infection. However, the high mutation rate of HIV permits the emergence of variants that can be resistant to the drug treatment. [...]
2019 - 10.1186/s12859-019-2991-2
BMC bioinformatics, Vol. 20 (July 2019) , art. 410  
7.
21 p, 1.4 MB A Deep Catalog of Autosomal Single Nucleotide Variation in the Pig / Bianco, Erica (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Nevado, Bruno (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramos-Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pérez-Enciso, Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
A comprehensive catalog of variability in a given species is useful for many important purposes, e. g. , designing high density arrays or pinpointing potential mutations of economic or physiological interest. [...]
2015 - 10.1371/journal.pone.0118867
PloS one, Vol. 10 Núm. 3 (2015)  
8.
16 p, 1.0 MB Characterization of the porcine nutrient and taste receptor gene repertoire in domestic and wild populations across the globe / da Silva, Elizabete C. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; de Jager, Nadia (University of Queensland. Centre for Nutrition and Food Sciences.) ; Burgos-Paz, William (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Reverter, Antonio (CSIRO. Agriculture and Food) ; Roura, Eugeni (University of Queensland. Centre for Nutrition and Food Sciences) ; Pérez-Enciso, Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
The oral GPCR nutrient/taste receptor gene repertoire consists of the Tas1r family (sweet and umami tastes), the Tas2r family (bitter taste) as well as several other potential candidate sensors of amino acids, peptones and fatty acids. [...]
2014 - 10.1186/1471-2164-15-1057
BMC genomics, Vol. 15 (2014)  
9.
12 p, 731.4 KB Whole-genome sequence analysis reveals differences in population management and selection of European low-input pig breeds / Pérez-Enciso, Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ; Herrero-Medrano, Juan Manuel (Wageningen University. Animal Breeding and Genomics Centre) ; Megens, Hendrik-Jan (Wageningen University. Animal Breeding and Genomics Centre) ; Groenen, Martien AM (Wageningen University. Animal Breeding and Genomics Centre) ; Bosse, Mirte (Wageningen University. Animal Breeding and Genomics Centre) ; Crooijmans, Richard P. M. A. (Wageningen University. Animal Breeding and Genomics Centre)
A major concern in conservation genetics is to maintain the genetic diversity of populations. Genetic variation in livestock species is threatened by the progressive marginalisation of local breeds in benefit of high-output pigs worldwide. [...]
2014 - 10.1186/1471-2164-15-601
BMC genomics, Vol. 15 (2014)  
10.
8 p, 426.0 KB SNP calling by sequencing pooled samples / Pérez-Enciso, Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ; Esteve Codina, Anna (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ferretti, Luca (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Raineri, Emanuele (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica) ; Nevado, Bruno (University of Oxford. Department of Plant Sciences) ; Heath, Simon (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Performing high throughput sequencing on samples pooled from different individuals is a strategy to characterize genetic variability at a small fraction of the cost required for individual sequencing. [...]
2012 - 10.1186/1471-2105-13-239
BMC bioinformatics, Vol. 13 (2012)  

Articles : 36 records found   1 - 10nextend  jump to record:
Research literature 5 records found  
1.
223 p, 5.1 MB Effect of domestication in the pig genome. / Leno Colorado, Jorge, autor. ; Pérez Enciso, Miguel, supervisor acadèmic. ; Ramos Onsins, Sebastián E., supervisor acadèmic. ; Cáceres Aguilar, Mario, supervisor acadèmic. ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia.
La domesticación animal es un proceso realmente importante en la historia del hombre en el cual se seleccionaron diferentes rasgos de interés de los animales, como puede ser un crecimiento más rápido o una mayor docilidad. [...]
Animal domestication is an important process in the human history in which different traits of the animals were selected, such as faster growth or greater docility. To study domestication at the genetic level it is necessary to identify the markers related to this evolutionary process. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2019.  
2.
160 p, 3.3 MB Using genomewide polymorphisms to explore demography and feralization in the pig species / Bianco, Erica ; Pérez-Enciso, Miguel, dir ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments
The advent of next generation sequencing technologies has revolutionized the study of livestock genomics, such as in pigs. For instance, using genomic data it is possible to better understand wild boars demography and its impact on domestication. [...]
Bellaterra : Universitat Autònoma de Barcelona, 2015  
3.
155 p, 9.2 MB Ancestry and diversity of American village pigs / Burgos Paz, William Orlando ; Pérez-Enciso, Miguel, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ; Ramos-Onsins, Sebastián E., dir. (Centre de Recerca de Agrigenòmica) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia
Los avances en las tecnologías de genotipado masivo están revolucionando la comprensión de los genomas de animales domésticos, incluyendo su historia y cómo los eventos demográficos y selectivos han dado forma a la variación de los genomas de los individuos. [...]
Advances in high throughput genetic technologies are revolutionizing the understanding of domestic animal genomes, including their history and how demography and selective processes have shaped the variation of individuals' genomes. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2014  
4.
213 p, 1.6 MB Characterization of the Iberian pig genome and transcriptome using high throughput sequencing / Esteve Codina, Anna ; Pérez Enciso, Miguel, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ; Folch Albareda, Josep Maria, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments
En aquesta tesis, hem estudiat els patrons de variabilidad nucleotídica del genoma del porc per entendre millor quines forces evolutives l'han afectat. El porc domèstic és una espècie domèstica que presenta una gran variabilitat fenotípica arrel del procés de domesticació i de la formació de races moderna. [...]
[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2014  
5.
182 p, 3.0 MB Dissecting the Genetic Basis of Pig Intramuscular Fatty Acid Composition / Ramayo-Caldas, Yuliaxis ; Folch Albareda, Josep Maria, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ; Pérez Enciso, Miguel, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments
El cerdo (Sus scrofa domestica) constituye una de las principales fuentes de carne para la humanidad, y es también un excelente modelo animal para el estudio de enfermedades metabólicas en humanos. [...]
Pigs (Sus scrofa) are relevance to humans, both as a source of food and as an animal model for scientific progress. Technological, nutritional and organoleptic properties of pork meat quality are highly dependent on lipid content and fatty acid (FA) composition. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2013  

Interested in being notified about new results for this query?
Set up a personal email alert or subscribe to the RSS feed.