|
1.
|
|
17 p, 2.0 MB |
Ultra Deep Sequencing of Circulating Cell-Free DNA as a Potential Tool for Hepatocellular Carcinoma Management
/
Higuera, Mónica (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Vargas-Accarino, Elena (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Torrens, María (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Salcedo, Maria-Teresa (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Martínez-Campreciós, Joan (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Torres, Gloria (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Bermúdez-Ramos, María (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Bilbao, Itxarone (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ;
Guerrero-Murillo, Mercedes (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Serres-Créixams, Xavier (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Merino, Xavier (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Quer, Josep 1963- (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Mínguez Rosique, Beatriz (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
In this unicentric prospective study, we analyzed the most prevalent mutations in HCC (TERT promoter, TP53, CTNNB1, AXIN1 and ARID1A) in plasma cfDNA by next-generation sequencing, aiming to elucidate their value as prognostic noninvasive biomarkers. [...]
2022 -  10.3390/cancers14163875
Cancers, Vol. 14 (august 2022)
|
|
|
2.
|
|
17 p, 2.4 MB |
Quasispecies Fitness Partition to Characterize the Molecular Status of a Viral Population. Negative Effect of Early Ribavirin Discontinuation in a Chronically Infected HEV Patient
/
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Colomer-Castell, Sergi (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Campos, Carolina (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Ibañez-Lligoña, Marta (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Garcia-Cehic, D. (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Rando-Segura, Ariadna (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Adombie, Caroline Melanie (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Pintó, Rosa (Universitat de Barcelona) ;
Guix, Susana (Universitat de Barcelona) ;
Bosch, Albert (Universitat de Barcelona) ;
Domingo, Esteban (Instituto de Salud Carlos III) ;
Gallego, Isabel (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Perales Viejo, Celia (Universidad Autónoma de Madrid) ;
Cortese, Maria Francesca (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Tabernero, David (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Buti, Maria (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Riveiro Barciela, Mar (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Esteban Mur, Juan Ignacio (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Quer, Josep 1963- (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
The changes occurring in viral quasispecies populations during infection have been monitored using diversity indices, nucleotide diversity, and several other indices to summarize the quasispecies structure in a single value. [...]
2022 - 10.3390/ijms232314654
International journal of molecular sciences, Vol. 23 (november 2022)
|
|
|
3.
|
|
16 p, 586.7 KB |
Quantifying In-Host Quasispecies Evolution
/
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Ibañez-Lligoña, Marta (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
What takes decades, centuries or millennia to happen with a natural ecosystem, it takes only days, weeks or months with a replicating viral quasispecies in a host, especially when under treatment. Some methods to quantify the evolution of a quasispecies are introduced and discussed, along with simple simulated examples to help in the interpretation and understanding of the results. [...]
2023 - 10.3390/ijms24021301
International journal of molecular sciences, Vol. 24 (january 2023)
|
|
|
4.
|
|
11 p, 1.5 MB |
The frequency of defective genomes in Omicron differs from that of the Alpha, Beta and Delta variants
/
Campos, Carolina (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Colomer-Castell, Sergi (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Garcia-Cehic, D. (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Andrés, Cristina (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Piñana, Maria (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
González-Sánchez, Alejandra (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Borras Bermejo, Blanca (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Parés-Badell, Oleguer (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Adombi, Caroline Melanie (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Ibañez-Lligoña, Marta (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Esperalba, Juliana (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Codina, María Gema (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Rando-Segura, Ariadna (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Saubí, Narcis (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Esteban Mur, Juan Ignacio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Medicina) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Pumarola Suñé, Tomàs (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Antón, Andrés (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
The SARS-CoV-2 Omicron variant emerged showing higher transmissibility and possibly higher resistance to current COVID-19 vaccines than other variants dominating the global pandemic. In March 2020 we performed a study in clinical samples, where we found that a portion of genomes in the SARS-CoV-2 viral population accumulated deletions immediately before the S1/S2 cleavage site (furin-like cleavage site, PRRAR/S) of the spike gene, generating a frameshift and appearance of a premature stop codon. [...]
2022 - 10.1038/s41598-022-24918-8
Scientific reports, Vol. 12 (december 2022)
|
|
|
5.
|
|
18 p, 1.0 MB |
Hepatitis B Virus Variants with Multiple Insertions and/or Deletions in the X Open Reading Frame 3' End : Common Members of Viral Quasispecies in Chronic Hepatitis B Patients
/
García-García, Selene (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Caballero, Andrea (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Tabernero, David (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Cortese, Maria Francesca (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Rodriguez-Algarra, Francisco (Queen Mary University of London) ;
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Riveiro Barciela, Mar (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Homs, Maria (Institut Català de la Salut) ;
Rando-Segura, Ariadna (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Pacín Ruiz, Beatriz (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Vila, Marta (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Ferrer-Costa, Roser (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Pumarola Suñé, Tomàs (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Buti, Maria (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Deletions in the 3' end region of the hepatitis B virus (HBV) X open reading frame (HBX) may affect the core promoter (Cp) and have been frequently associated with hepatocellular carcinoma (HCC). The aim of this study was to investigate the presence of variants with deletions and/or insertions (Indels) in this region in the quasispecies of 50 chronic hepatitis B (CHB) patients without HCC. [...]
2022 - 10.3390/biomedicines10051194
Biomedicines, Vol. 10, Issue 5 (May 2022) , art. 1194
|
|
|
6.
|
|
23 p, 2.1 MB |
Next-Generation Sequencing for Confronting Virus Pandemics
/
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Colomer-Castell, Sergi (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Campos, Carolina (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Andrés, Cristina (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Piñana, Maria (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Cortese, Maria Francesca (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
González-Sánchez, Alejandra (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Garcia-Cehic, D. (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Ibáñez, Marta (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Pumarola Suñé, Tomàs (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Antón, Andrés (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Tabernero, David (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Virus pandemics have happened, are happening and will happen again. In recent decades, the rate of zoonotic viral spillover into humans has accelerated, mirroring the expansion of our global footprint and travel network, including the expansion of viral vectors and the destruction of natural spaces, bringing humans closer to wild animals. [...]
2022 - 10.3390/v14030600
Viruses, Vol. 14 (march 2022)
|
|
|
7.
|
|
18 p, 2.7 MB |
Partial restoration of immune response in Hepatitis C patients after viral clearance by direct-acting antiviral therapy
/
Llorens-Revull, Meritxell (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Costafreda Salvany, Maria Isabel (Banc de Sang i Teixits (Barcelona, Catalunya)) ;
Rico, Angie (Banc de Sang i Teixits (Barcelona, Catalunya)) ;
Guerrero-Murillo, Mercedes (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Soria, Maria Eugenia (Universidad Autónoma de Madrid) ;
Píriz-Ruzo, Sofía (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Vargas-Accarino, Elena (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Gabriel-Medina, Pablo (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Riveiro Barciela, Mar (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Perales Viejo, Celia (Universidad Autónoma de Madrid) ;
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Sauleda, Silvia (Banc de Sang i Teixits (Barcelona, Catalunya)) ;
Esteban Mur, Juan Ignacio (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Bes, Marta (Banc de Sang i Teixits (Barcelona, Catalunya))
HCV CD4+ and CD8+ specific T cells responses are functionally impaired during chronic hepatitis C infection. DAAs therapies eradicate HCV infection in more than 95% of treated patients. However, the impact of HCV elimination on immune responses remain controversial. [...]
2021 - 10.1371/journal.pone.0254243
PloS one, Vol. 16 (july 2021)
|
|
|
8.
|
|
13 p, 1.5 MB |
Inspecting the Ribozyme Region of Hepatitis Delta Virus Genotype 1 : Conservation and Variability
/
Pacín Ruiz, Beatriz (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Cortese, Maria Francesca (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Tabernero, David (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Sopena, Sara (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
García-García, Selene (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Casillas, Rosario (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Najarro-Centeno, Adrián (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Aldama, Unai (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Palom, Adriana (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Rando-Segura, Ariadna (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Galán, Anna (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Vila, Marta (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Riveiro Barciela, Mar (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Quer, Josep 1963- (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
González-Aseguinolaza, Gloria (Univerdad de Pamplona) ;
Buti, Maria (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
The hepatitis delta virus (HDV) genome has an autocatalytic region called the ribozyme, which is essential for viral replication. The aim of this study was to use next-generation sequencing (NGS) to analyze the ribozyme quasispecies (QS) in order to study its evolution and identify highly conserved regions potentially suitable for a gene-silencing strategy. [...]
2022 - 10.3390/v14020215
Viruses, Vol. 14 (january 2022)
|
|
|
9.
|
|
20 p, 4.3 MB |
Population Disequilibrium as Promoter of Adaptive Explorations in Hepatitis C Virus
/
García-Crespo, Carlos (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Gallego, Isabel (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Soria, María Eugenia (Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz) ;
de Ávila, Ana Isabel (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Martínez-González, Brenda (Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz) ;
Vázquez-Sirvent, Lucía (Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz) ;
Lobo-Vega, Rebeca (Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz) ;
Moreno del Olmo, Elena (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Gómez, Jordi (Instituto de Parasitología y Biomedicina "López-Neyra") ;
Briones, Carlos (Centro de Astrobiología (Madrid)) ;
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Quer, Josep 1963- (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Domingo, Esteban (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Perales Viejo, Celia (Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
Replication of RNA viruses is characterized by exploration of sequence space which facilitates their adaptation to changing environments. It is generally accepted that such exploration takes place mainly in response to positive selection, and that further diversification is boosted by modifications of virus population size, particularly bottleneck events. [...]
2021 - 10.3390/v13040616
Viruses, Vol. 13 (april 2021)
|
|
|
10.
|
|
10 p, 1.5 MB |
Utility of the Cobas ® Plasma Separation Card as a Sample Collection Device for Serological and Virological Diagnosis of Hepatitis C Virus Infection
/
Velásquez-Orozco, Fernando (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Rando-Segura, Ariadna (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Martínez-Camprecios, Joan (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Salmerón, Paula (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Najarro-Centeno, Adrián (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Esteban, Àngels (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Quer, Josep 1963- (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Buti, Maria (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Pumarola Suñé, Tomàs (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Diagnosis and clinical management of people infected with hepatitis C virus (HCV) relies on results from a combination of serological and virological tests. The aim of this study was to compare the performance of dried plasma spots (DPS), prepared using the cobas ® Plasma Separation Card (PSC), to plasma and serum from venipuncture, for HCV diagnosis. [...]
2021 - 10.3390/diagnostics11030473
Diagnostics, Vol. 11, Issue 3 (March 2021) , art. 473
|
|
visitant ::
identificació
alerta personal via correu electrònic o subscribiu-vos al 
canal RSS.
