Resultats globals: 11 registres trobats en 0.02 segons.
Articles, 10 registres trobats
Documents de recerca, 1 registres trobats
Articles 10 registres trobats  
1.
12 p, 836.9 KB The evolutionary consequences of transposon-related pericentromer expansion in melon / Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Tormo, Marc (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Alexiou, Konstantinos G. (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Vives, Cristina (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramos-Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Transposable elements (TEs) are a major driver of plant genome evolution. A part frombeing a rich source of new genes and regulatory sequences, TEs can also affect plant genome evolution by modifying genome size and shaping chromosome structure. [...]
2018 - 10.1093/gbe/evy115
Genome Biology and Evolution, Vol. 10, Núm. 6 (June 2018) , p. 1584-1595  
2.
25 p, 1.2 MB A generalized Watterson estimator for next-generation sequencing : from trios to autopolyploids / Ferretti, Luca (Université Pierre et Marie CURIE) ; Ramos Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Several variations of the Watterson estimator of variability for Next Generation Sequencing (NGS) data have been proposed in the literature. We present a unified framework for generalized Watterson estimators based on Maximum Composite Likelihood, which encompasses most of the existing estimators. [...]
2015 - 10.1016/j.tpb.2015.01.001
Theoretical population biology, Vol. 100 (March 2015) , p. 79-87  
3.
38 p, 1.7 MB Transposon insertions, structural variations, and SNPs contribute to the evolution of the melon genome / Sanseverino, Walter (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Hénaff, Elizabeth (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Vives, Cristina (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pinosio, Sara (Universita degli studi di Udine. Dipartimento di szience agrarie e ambientali) ; Burgos-Paz, William (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Morgante, Michele (Universita degli studi di Udine. Dipartimento di szience agrarie e ambientali) ; Ramos Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The availability of extensive databases of crop genome sequences should allow analysis of crop variability at an unprecedented scale, which should have an important impact in plant breeding. However, up to now the analysis of genetic variability at the whole-genome scale has been mainly restricted to single nucleotide polymorphisms (SNPs). [...]
2015 - 10.1093/molbev/msv152
Molecular biology and evolution, Vol. 32, issue 10 (Oct. 2015) , p. 2760-74  
4.
11 p, 1.1 MB Optimized next-generation sequencing genotype-haplotype calling for genome variability analysis / Navarro Fernández, Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Nevado, Bruno (University of Oxford. Department of Plant Sciences) ; Hernández Budé, Porfidio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramos Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The accurate estimation of nucleotide variability using next-generation sequencing data is challenged by the high number of sequencing errors produced by new sequencing technologies, especially for nonmodel species, where reference sequences may not be available and the read depth may be low due to limited budgets. [...]
2017
Evolutionary bioinformatics, Vol. 13, (August 2017) , p. 1-11  
5.
17 p, 500.1 KB DnaSP 6 : DNA sequence polymorphism analysis of large data sets / Rozas, Julio (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística) ; Ferrer-Mata, Albert (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística) ; Sánchez-DelBarrio, Juan Carlos (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística) ; Guirao-Rico, Sara (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Librado, Pablo (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística) ; Ramos-Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Sánchez-Gracia, Alejandro (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
We present version 6 of the DnaSP (DNA Sequence Polymorphism) software, a new version of the popular tool for performing exhaustive population genetic analyses on multiple sequence alignments. This major upgrade incorporates novel functionalities to analyse large datasets, such as those generated by high-throughput sequencing (HTS) technologies. [...]
2017 - 10.1093/molbev/msx248
Molecular biology and evolution, Vol. 34, issue 12 (Dec. 2017) p. 3299-3302  
6.
38 p, 2.5 MB Porcine Y-chromosome variation is consistent with the occurrence of paternal gene flow from non-Asian to Asian populations / Guirao-Rico, Sara (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramírez Bellido, Óscar (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ; Ojeda García, Ana (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ; Amills i Eras, Marcel (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramos Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Pigs (Sus scrofa) originated in Southeast Asia and expanded to Europe and North Africa approximately 1 MYA. Analyses of porcine Y-chromosome variation have shown the existence of two main haplogroups that are highly divergent, a result that is consistent with previous mitochondrial and autosomal data showing that the Asian and non-Asian pig populations remained geographically isolated until recently. [...]
2018 - 10.1038/s41437-017-0002-9
Heredity, Vol. 120 (2018) , p. 63–76  
7.
6 p, 1.2 MB Approaching long genomic regions and large recombination rates with msParSm as an alternative to MaCS / Montemuiño, Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Espinosa Morales, Antonio Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Moure López, Juan Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Hernández Budé, Porfidio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Ramos Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The msParSm application is an evolution of msPar, the parallel version of the coalescent simulation program ms, which removes the limitation for simulating long stretches of DNA sequences with large recombination rates, without compromising the accuracy of the standard coalescence. [...]
2016 - 10.4137/EBO.S40268
Evolutionary bioinformatics online, Vol. 12 (Oct. 2016) , p. 223-228  
8.
8 p, 766.2 KB PopGenome : an efficient swiss army knife for population genomic analyses in R / Pfeifer, Bastian (Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf) ; Wittelsbürger, Ulrich (Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf) ; Ramos Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Lercher, Martin J. (Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf)
Although many computer programs can perform population genetics calculations, they are typically limited in the analyses and data input formats they offer; few applications can process the large data sets produced by whole-genome resequencing projects. [...]
2014 - 10.1093/molbev/msu136
Molecular biology and evolution, Vol. 31 (April 2014) , p. 1929-1936  
9.
14 p, 1.6 MB Dissecting structural and nucleotide genome-wide variation in inbred Iberian pigs / Esteve Codina, Anna (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Paudel, Yogesh (Wageningen University. Animal Breeding and Genomics Centre) ; Ferretti, Luca (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Raineri, Emanuele (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica) ; Megens, Hendrik-Jan (Wageningen University. Animal Breeding and Genomics Centre) ; Silió, Luis (Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria. Departamento de Mejora Genética Animal) ; Rodríguez, María C (Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria. Departamento de Mejora Genética Animal) ; Groenen, Martein AM (Wageningen University. Animal Breeding and Genomics Centre) ; Ramos Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pérez-Enciso, Miguel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
In contrast to international pig breeds, the Iberian breed has not been admixed with Asian germplasm. This makes it an important model to study both domestication and relevance of Asian genes in the pig. [...]
2013 - 10.1186/1471-2164-14-148
BMC Genomics, Vol. 14 (March 2013) , art. 148  
10.
14 p, 1.7 MB Use of targeted SNP selection for an improved anchoring of the melon (Cucumis melo L.) scaffold genome assembly / Argyris, Jason (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ; Madriz-Masis, Pablo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Sanseverino, Walter (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pujol, Marta (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramos Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Background: The genome of the melon (Cucumis melo L. ) double-haploid line DHL92 was recently sequenced, with 87. 5 and 80. 8% of the scaffold assembly anchored and oriented to the 12 linkage groups, respectively. [...]
2015
BMC genomics, Vol. 16 (Jan. 2015) , art. 4  

Documents de recerca 1 registres trobats  
1.
155 p, 9.2 MB Ancestry and diversity of American village pigs / Burgos Paz, William Orlando ; Pérez Enciso, Miguel, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ; Ramos Onsins, Sebastián E., dir. (Centre de Recerca de Agrigenòmica) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia
Los avances en las tecnologías de genotipado masivo están revolucionando la comprensión de los genomas de animales domésticos, incluyendo su historia y cómo los eventos demográficos y selectivos han dado forma a la variación de los genomas de los individuos. [...]
Advances in high throughput genetic technologies are revolutionizing the understanding of domestic animal genomes, including their history and how demography and selective processes have shaped the variation of individuals' genomes. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2014  

Us interessa rebre alertes sobre nous resultats d'aquesta cerca?
Definiu una alerta personal via correu electrònic o subscribiu-vos al canal RSS.