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1.
16 p, 4.5 MB The identification of runs of homozygosity give a focus on the genetic diversity and the adaptation of the "Charolais de Cuba" cattle / Rodríguez Valera, Yoel (Universidad de Granma. Facultad de Ciencias Agropecuarias) ; Rocha, Dominique (Institut national de la recherche agronomique. Génétique Animale et Biologie Intégrative) ; Naves, Michel (Institut National de la Recherche Agronomique. Unité de Recherches Zootechniques) ; Renand, Gilles (Institut national de la recherche agronomique. Génétique Animale et Biologie Intégrative) ; Pérez-Pineda, Eliecer (Universidad de Granma. Facultad de Ciencias Agropecuarias) ; Ramayo-Caldas, Yuliaxis (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Inbreeding and effective population size (Ne) are fundamental indicators for the management and conservation of genetic diversity in populations. Genomic inbreeding gives accurate estimates of inbreeding, and the Ne determines the rate of the loss of genetic variation. [...]
2020 - 10.3390/ani10122233
Animals, Vol. 10, issue 12 (Dec. 2020) , art. 2233  
2.
2 p, 462.8 KB Link-HD : a versatile framework to explore and integrate heterogeneous microbial communities / Zingaretti, Laura M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Renand, Gilles (Université Paris-Saclay. Institut National de la Recherche Agronomique. Génétique Animale et Biologie Intégrative (France)) ; Morgavi, Diego P. (Clermont Auvergne University. Institut National de la Recherche Agronomique. Physiologie Animale et des Systèmes d'Élevage (France)) ; Ramayo-Caldas, Yuliaxis (Université Paris-Saclay. Institut National de la Recherche Agronomique. Génétique Animale et Biologie Intégrative (France))
Motivation: We present Link-HD, an approach to integrate multiple datasets. Link-HD is a generalization of 'Structuration des Tableaux A Trois Indices de la Statistique-Analyse Conjointe de Tableaux', a family of methods designed to integrate information from heterogeneous data. [...]
2020 - 10.1093/bioinformatics/btz862
Bioinformatics, Vol. 36, Issue 7 (April 2020) , p. 2298-2299  
3.
11 p, 594.5 KB Identification of rumen microbial biomarkers linked to methane emission in Holstein dairy cows / Ramayo-Caldas, Yuliaxis (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Torre Marimon) ; Zingaretti, Laura M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Popova, Milka (Université Clermont Auvergne. Institut National de la Recherche Agronomique. VetAgro Sup (France)) ; Estellé Fabrellas, Jordi (Université Paris-Saclay. Institut National de la Recherche Agronomique. Génétique Animale et Biologie Intégrative (France)) ; Bernard, Aurelien (Université Clermont Auvergne. Institut National de la Recherche Agronomique. VetAgro Sup (France)) ; Pons, Nicolas (Institut National de la Recherche Agronomique. Metagenopolis Unit (France)) ; Bellot, Pau (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Mach, Núria (Université Paris-Saclay. Institut National de la Recherche Agronomique. AgroParisTech (France)) ; Rau, Andrea (Université Paris-Saclay. Institut National de la Recherche Agronomique. AgroParisTech (France)) ; Roume, Hugo (Institut National de la Recherche Agronomique. Metagenopolis Unit (France)) ; Perez-Enciso, Miguel (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Faverdin, Philippe (Institut National de la Recherche Agronomique. Agrocampus-Ouest (France)) ; Edouard, Nadège (Institut National de la Recherche Agronomique. Agrocampus-Ouest (France)) ; Ehrlich, Dusko (Institut National de la Recherche Agronomique. Metagenopolis Unit (France)) ; Morgavi, Diego P. (Université Clermont Auvergne. Institut National de la Recherche Agronomique (France)) ; Renand, Gilles (Université Paris-Saclay. Institut National de la Recherche Agronomique. AgroParisTech (France))
Mitigation of greenhouse gas emissions is relevant for reducing the environmental impact of ruminant production. In this study, the rumen microbiome from Holstein cows was characterized through a combination of 16S rRNA gene and shotgun metagenomic sequencing. [...]
2020 - 10.1111/jbg.12427
Journal of Animal Breeding and Genetics, Vol. 137, Issue 1 (January 2020) , p. 49-59  
4.
9 p, 1.3 MB Genetic diversity and selection signatures of the beef 'Charolais de Cuba' breed / Rodriguez-Valera, Yoel (Universidad de Granma. Facultad de Ciencias Agropecuarias) ; Renand, Gilles (Institut national de la recherche agronomique. Génétique Animale et Biologie Intégrative) ; Naves, Michel (Institut National de la Recherche Agronomique. Unité de Recherches Zootechniques) ; Fonseca-Jiménez, Yidix (Universidad de Granma. Facultad de Ciencias Agropecuarias) ; Moreno-Probance, Teresa Inés (Empresa de Mejora Genética Manuel Fajardo (Cuba)) ; Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Rocha, Dominique (Institut national de la recherche agronomique. Génétique Animale et Biologie Intégrative) ; Ramayo-Caldas, Yuliaxis (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
In this study, we used BovineSNP50 Genotyping BeadChip data to estimate the structure, putative ancestral origin as well as to identify regions with selective sweeps that may have had an important role in the adaptation to tropical conditions of the 'Charolais de Cuba' (CHCU) breed. [...]
2018 - 10.1038/s41598-018-29453-z
Scientific reports (Nature Publishing Group), Vol. 8 (2018) , art. 11005  

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