Resultats globals: 10 registres trobats en 0.01 segons.
Articles, 9 registres trobats
Documents de recerca, 1 registres trobats
Articles 9 registres trobats  
1.
4 p, 3.5 MB TALAIA : A 3D visual dictionary for protein structures / Alemany-Chavarria, Mercè (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Rodríguez-Guerra Pedregal, Jaime (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Maréchal, Jean-Didier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química)
Motivation: Graphical analysis of the molecular structure of proteins can be very complex. Full-atom representations retain most geometric information but are generally crowded, and key structural patterns can be challenging to identify. [...]
2023 - 10.1093/bioinformatics/btad476
Bioinformatics, Vol. 39, Issue 8 (August 2023) , art. btad476  
2.
27 p, 1.8 MB Prediction of the interaction of metallic moieties with proteins : An update for protein-ligand docking techniques / Sciortino, Giuseppe (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Rodríguez-Guerra Pedregal, Jaime (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Lledós, Agustí (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Garribba, Eugenio (Università di Sassari. Dipartimento di Chimica e Farmacia) ; Maréchal, Jean-Didier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química)
In this article, we present a new approach to expand the range of application of protein-ligand docking methods in the prediction of the interaction of coordination complexes (i. e. , metallodrugs, natural and artificial cofactors, etc. [...]
2018 - 10.1002/jcc.25080
Journal of Computational Chemistry, Vol. 39, Issue 1 (January 2018) , p. 42-51  
3.
6 p, 1.6 MB Simple Coordination Geometry Descriptors Allow to Accurately Predict Metal-Binding Sites in Proteins / Sciortino, Giuseppe (Università di Sassari. Dipartimento di Chimica e Farmacia) ; Garribba, Eugenio (Università di Sassari. Dipartimento di Chimica e Farmacia) ; Rodríguez-Guerra Pedregal, Jaime (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Maréchal, Jean-Didier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química)
With more than a third of the genome encoding for metal-containing biomolecules, the in silico prediction of how metal ions bind to proteins is crucial in chemistry, biology, and medicine. To date, algorithms for metal-binding site prediction are mainly based on sequence analysis. [...]
2019 - 10.1021/acsomega.8b03457
ACS omega, Vol. 4, Num. 2 (February 2019) , p. 3726-3731  
4.
17 p, 4.3 MB Discovery of processive catalysis by an exo-hydrolase with a pocket-shaped active site / Streltsov, Victor A. (Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation, Materials Science and Engineering) ; Luang, Sukanya (University of Adelaide. School of Agriculture, Food and Wine) ; Peisley, Alys (Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation, Materials Science and Engineering) ; Varghese, Joseph N. (Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation. Materials Science and Engineering) ; Ketudat Cairns, James R. (Suranaree University of Technology. School of Chemistry) ; Fort, Sebastien (University Grenoble Alpes. Centre de Recherches sur les Macromolécules Végétales) ; Hijnen, Marcel (GE Healthcare Life Sciences) ; Tvaroška, Igor (Slovak Academy of Sciences. Institute of Chemistry) ; Ardá, Ana (CIC bioGUNE) ; Jiménez Barbero, Jesús (CIC bioGUNE) ; Alfonso Prieto, Mercedes (Universitat de Barcelona. Departament de Química Inorgànica i Orgànica) ; Rovira, Carme (Universitat de Barcelona. Departament de Química Inorgànica i Orgànica) ; Mendoza, Fernanda (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Tiessler Sala, Laura. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Sánchez-Aparicio, José-Emilio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Rodríguez-Guerra Pedregal, Jaime (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Lluch López, Josep Maria (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Maréchal, Jean-Didier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Masgrau, Laura (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Hrmova, Maria (University of Adelaide. School of Agriculture, Food and Wine)
Substrates associate and products dissociate from enzyme catalytic sites rapidly, which hampers investigations of their trajectories. The high-resolution structure of the native Hordeum exo-hydrolase HvExoI isolated from seedlings reveals that non-covalently trapped glucose forms a stable enzyme-product complex. [...]
2019 - 10.1038/s41467-019-09691-z
Nature communications, Vol. 10 (2019) , p. 2222  
5.
12 p, 3.5 MB The effect of cofactor binding on the conformational plasticity of the biological receptors in Artificial Metalloenzymes : The case study of LmrR / Alonso-Cotchico, Lur (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Rodríguez-Guerra Pedregal, Jaime (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Lledós, Agustí (Lledós i Falcó) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Maréchal, Jean-Didier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química)
The design of Artificial Metalloenzymes (ArMs), which result from the incorporation of organometallic cofactors into biological structures, has grown steadily in the last two decades and important new-to-Nature reactions have been reached. [...]
2019 - 10.3389/fchem.2019.00211
Frontiers in chemistry, Vol. 7 (April 2019) , art. 211  
6.
18 p, 3.9 MB Gpathfinder : Identification of ligand-binding pathways by a multi-objective genetic algorithm / Sánchez-Aparicio, José-Emilio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Sciortino, Giuseppe (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Viladrich Herrmannsdoerfer, Daniel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Orenes Chueca, Pablo (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Rodríguez-Guerra Pedregal, Jaime (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Maréchal, Jean-Didier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química)
Protein-ligand docking is a widely used method to generate solutions for the binding of a small molecule with its target in a short amount of time. However, these methods provide identification of physically sound protein-ligand complexes without a complete view of the binding process dynamics, which has been recognized to be a major discriminant in binding affinity and ligand selectivity. [...]
2019 - 10.3390/ijms20133155
International journal of molecular sciences, Vol. 20, Issue 13 (July 2019) , art. 3155  
7.
2 p, 325.4 KB Química computacional fàcilment reproduïble gràcies a ESIgen / Rodríguez-Guerra Pedregal, Jaime (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química)
ESIgen és una aplicació web que permet generar resums de càlculs en química computacional de forma totalment automàtica. A través de les seves múltiples plantilles es poden aconseguir documents de suport a la publicació científica (Supporting Information) o informes tècnics adequats per a comunicacions internes durant el procés de recerca.
ESIgen es una aplicación web que permite generar resúmenes de cálculos en química computacional de forma totalmente automática. A través de sus múltiples plantillas se pueden conseguir documentos de apoyo a la publicación científica (Supporting Information) o informes técnicos adecuados para comunicaciones internas durante el proceso de investigación.
ESIgen is a web application that allows to create computational chemistry job reports in an fully automated way. Through its multiple templates, Supporting Information documents can be automagically generated, as well as technical reports suitable for internal communication during the research process.

2018
UAB divulga, Juny 2018, p. 1-2
3 documents
8.
2 p, 471.8 KB Una nova estratègia per dissenyar sistemes moleculars a l'ordinador / Rodríguez-Guerra Pedregal, Jaime (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Maréchal, Jean-Didier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química)
GaudiMM és un programa de disseny molecular desenvolupat pel departament de Química de la UAB, que fa servir algorismes inspirats en la pròpia selecció natural per optimitzar estructures químiques que satisfacin diversos criteris alhora. [...]
GaudiMM es un programa de diseño molecular desarrollado en el departamento de Química de la Universidad Autónoma de Barcelona. Usa algoritmos inspirados en la propia selección natural para optimizar estructuras químicas que satisfagan varios criterios a la vez. [...]
GaudiMM is a molecular design program developed in the department of Chemistry of the Universitat Autònoma de Barcelona. It relies on algorithms inspired by natural selection to optimize chemical structures that can satisfy several criteria at once. [...]

2018
UAB divulga, Febrer 2018, p. 1-2
3 documents
9.
9 p, 776.2 KB Elucidating the 3D structures of Al()-Aβ complexes : a template free strategy based on the pre-organization hypothesis / Mujika, Jon I. (Euskal Herriko Unibertsitatea. Kimika Fakultatea) ; Rodríguez-Guerra Pedregal, Jaime (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Lopez, Xabier (Euskal Herriko Unibertsitatea. Kimika Fakultatea) ; Ugalde, Jesus M. (Euskal Herriko Unibertsitatea. Kimika Fakultatea) ; Rodríguez Santiago, Luis (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Sodupe Roure, Mariona (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Maréchal, Jean-Didier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química)
We present a novel strategy to generate accurate 3D models of Al()-Aβ complexes, which circumvents first principles simulations of metal binding to peptides of Aβ. Senile plaques are extracellular deposits found in patients with Alzheimer's Disease (AD) and are mainly formed by insoluble fibrils of β-amyloid (Aβ) peptides. [...]
2017 - 10.1039/c7sc01296a
Chemical science, Vol. 8 (Jul. 2017) , p. 5041-5049  

Documents de recerca 1 registres trobats  
1.
168 p, 5.0 MB Development and application of a computational platform for complex molecular design / Rodríguez-Guerra Pedregal, Jaime ; Maréchal, Jean-Didier, dir. ; Cairó i Badillo, Jordi Joan, dir. ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria Química, Biològica i Ambiental
En esta disertación se presentan una serie de nuevas herramientas computacionales. Todas ellas han sido escritas en Python e incluyen: (1) Gaudi12, (2) Tangram, (3) una colección de aplicaciones para línea de comandos. [...]
In this dissertation, a series of novel computational modeling tools is reported. All of them have been written in Python and include: (1) GaudiMM, (2) Tangram, and (3) a collection of command-line applications. [...]

[Bellaterra] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2018.  

Us interessa rebre alertes sobre nous resultats d'aquesta cerca?
Definiu una alerta personal via correu electrònic o subscribiu-vos al canal RSS.