1.
|
14 p, 1.6 MB |
Exploration of the Drosophila buzzatii transposable element content suggests underestimation of repeats in Drosophila genomes
/
Rius Camps, Nuria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Guillén, Yolanda (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Delprat Obeaga, Alejandra (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Kapusta, Aurélie (University of Utah School of Medicine. Department of Human Genetics) ;
Feschotte, Cédric (University of Utah School of Medicine. Department of Human Genetics) ;
Ruiz, Alfredo, (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Many new Drosophila genomes have been sequenced in recent years using new-generation sequencing platforms and assembly methods. Transposable elements (TEs), being repetitive sequences, are often misassembled, especially in the genomes sequenced with short reads. [...]
2016 - 10.1186/s12864-016-2648-8
BMC genomics, Vol. 17 (2016) , art. 344
|
|
2.
|
|
3.
|
12 p, 676.9 KB |
Tetris Is a Foldback Transposon that Provided the Building Blocks for an Emerging Satellite DNA of Drosophila virilis
/
Dias, Guilherme B. (Universidade Federal de Minas Gerais. Departamento de Biologia Geral) ;
Svartman, Marta (Universidade Federal de Minas Gerais. Departamento de Biologia Geral) ;
Delprat Obeaga, Alejandra (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Ruiz, Alfredo (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Kuhn, Gustavo C. S. (Universidade Federal de Minas Gerais. Departamento de Biologia Geral)
Transposable elements (TEs) and satellite DNAs (satDNAs) are abundant components of most eukaryotic genomes studied so far and their impact on evolution has been the focus of several studies. A number of studies linked TEs with satDNAs, but the nature of their evolutionary relationships remains unclear. [...]
2014 - 10.1093/gbe/evu108
Genome biology and evolution, Vol. 6, Issue 6 (june 2014) , p. 1302-1313
|
|
4.
|
15 p, 532.3 KB |
A Divergent P Element and Its Associated MITE, BuT5, Generate Chromosomal Inversions and Are Widespread within the Drosophila repleta Species Group
/
Rius, Nuria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Delprat Obeaga, Alejandra (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Ruiz, Alfredo (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
The transposon BuT5 caused two chromosomal inversions fixed in two Drosophila species of the repleta group, D. mojavensis and D. uniseta. BuT5 copies are approximately 1-kb long, lack any coding capacity, and do not resemble any other transposable element (TE). [...]
2013 - 10.1093/gbe/evt076
Genome biology and evolution, Vol. 5 (may 2013) , p. 1127-1141
|
|
5.
|
13 p, 981.6 KB |
Striking structural dynamism and nucleotide sequence variation of the transposon Galileo in the genome of Drosophila mojavensis
/
Marzo, Mar (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Bello, Xabier (Universidade de Santiago de Compostela. Departamento de Anatomía Patolóxica e Ciencias Forenses) ;
Puig Font, Marta (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Maside, Xulio (Universidade de Santiago de Compostela. Departamento de Anatomía Patolóxica e Ciencias Forenses) ;
Ruiz, Alfredo, (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí"
Galileo is a transposable element responsible for the generation of three chromosomal inversions in natural populations of Drosophila buzzatii. Although the most characteristic feature of Galileo is the long internally-repetitive terminal inverted repeats (TIRs), which resemble the Drosophila Foldback element, its transposase-coding sequence has led to its classification as a member of the P-element superfamily (Class II, subclass 1, TIR order). [...]
2013 - 10.1186/1759-8753-4-6
Mobile DNA, Vol. 4 (2013) , art. 6
|
|
6.
|
18 p, 638.8 KB |
Gene alterations at Drosophila inversion breakpoints provide prima facie evidence for natural selection as an explanation for rapid chromosomal evolution
/
Guillén, Yolanda (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Ruiz, Alfredo, (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Chromosomal inversions have been pervasive during the evolution of the genus Drosophila, but there is significant variation between lineages in the rate of rearrangement fixation. D. mojavensis, an ecological specialist adapted to a cactophilic niche under extreme desert conditions, is a chromosomally derived species with ten fixed inversions, five of them not present in any other species. [...]
2012 - 10.1186/1471-2164-13-53
BMC genomics, Vol. 13 (2012) , art. 53
|
|
7.
|
18 p, 591.0 KB |
Genomics of ecological adaptation in cactophilic Drosophila
/
Guillén, Yolanda (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Rius Camps, Nuria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Delprat Obeaga, Alejandra (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Williford, Anna (University of Texas. Department of Biology) ;
Muyas, Francesc (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Puig Font, Marta (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Casillas Viladerrams, Sònia (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Ràmia Jesús, Miquel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Egea, Raquel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Negre de Bofarull, Bárbara (Centre de Regulació Genòmica) ;
Mir, Gisela (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Camps, Jordi (Centro Nacional de Análisis Genómico) ;
Moncunill, Valentí (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ;
Ruiz-Ruano, Francisco J. (Universidad de Granada. Departamento de Genética) ;
Cabrero, Josefa (Universidad de Granada. Departamento de Genética) ;
De Lima, Leonardo G. (Universidade Federal de Minas Gerais. Departamento de Biologia Geral) ;
Dias, Guilherme B. (Universidade Federal de Minas Gerais. Departamento de Biologia Geral) ;
Ruiz, Jeronimo C. (Centro de Pesquisa René Rachou) ;
Kapusta, Aurélie (University of Utah. Department of Human Genetics) ;
Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Gut, Marta (Centro Nacional de Análisis Genómico) ;
Gut, Ivo (Centro Nacional de Análisis Genómico) ;
Torrents, David (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ;
Camacho, Juan P. (Universidad de Granada. Departamento de Genética) ;
Kuhn, Gustavo C. S. G. (Universidade Federal de Minas Gerais. Departamento de Biologia Geral) ;
Feschotte, Cédric (University of Utah. Department of Human Genetics) ;
Clark, Andrew G. (Cornell University. Department of Molecular Biology and Genetics) ;
Betrán, Esther (University of Texas. Department of Biology) ;
Barbadilla Prados, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Ruiz, Alfredo, (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Cactophilic Drosophila species provide a valuable model to study gene-environment interactions and ecological adaptation. Drosophila buzzatii and Drosophila mojavensis are two cactophilic species that belong to the repleta group, but have very different geographical distributions and primary host plants. [...]
2014 - 10.1093/gbe/evu291
BMC evolutionary biology, Vol. 7, no. 1 (Jan. 2015) , p. 349-366
|
|
8.
|
8 p, 911.9 KB |
The evolutionary history of D. buzzatii. XVII : double mating and sperm predominance
/
Barbadilla Prados, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Quezada Díaz, Jorge Ernesto ;
Ruiz, Alfredo, (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Santos, Mauro (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Fontdevila, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Sperm predominance in males and double mating in females have been studied in 2 stocks of the cactophilic species Drosophila buzzatii. The relationship between double mating and total productivity of females was also ascertained. [...] On a étudié la prédominance du sperme chez les mâles et le double accouplement chez les femelles dans 2 souches de l'espèce cactophile Drosophila buzzatii. La relation entre le double accouplement et la productivité totale des femelles a été aussi recherchée. [...]
1991 - 10.1186/1297-9686-23-2-133
Genetics, selection, evolution, Vol. 23 (1991) , p. 133-140
|
|
9.
|
15 p, 1.7 MB |
Fast sequence evolution of Hox and Hox-derived genes in the genus Drosophila
/
Casillas Viladerrams, Sònia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Negre de Bofarull, Bárbara (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Barbadilla Prados, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Ruiz, Alfredo, (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Background: It is expected that genes that are expressed early in development and have a complex expression pattern are under strong purifying selection and thus evolve slowly. Hox genes fulfill these criteria and thus, should have a low evolutionary rate. [...]
2006 - 10.1186/1471-2148-6-106
BMC evolutionary biology, Vol. 6, N. 106 (December 2006) , p. 1-15
|
|
10.
|
13 p, 699.7 KB |
The transposon Galileo generates natural chromosomal inversions in drosophila by ectopic recombination
/
Delprat Obeaga, Alejandra (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Negre de Bofarull, Bárbara (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Puig Font, Marta (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Ruiz, Alfredo, (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Background: transposable elements (TEs) are responsible for the generation of chromosomal inversions in several groups of organisms. However, in Drosophila and other Dipterans, where inversions are abundant both as intraspecific polymorphisms and interspecific fixed differences, the evidence for a role of TEs is scarce. [...]
2009 - 10.1371/journal.pone.0007883
PloS one, Vol. 4, Issue 11 (November 2009) , p. e7883
|
|