Results overview: Found 8 records in 0.03 seconds.
Articles, 2 records found
Research literature, 6 records found
Articles 2 records found  
1.
11 p, 1.1 MB Optimized next-generation sequencing genotype-haplotype calling for genome variability analysis / Navarro Fernández, Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Nevado, Bruno (University of Oxford. Department of Plant Sciences) ; Hernández Budé, Porfidio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The accurate estimation of nucleotide variability using next-generation sequencing data is challenged by the high number of sequencing errors produced by new sequencing technologies, especially for nonmodel species, where reference sequences may not be available and the read depth may be low due to limited budgets. [...]
2017 - 10.1177/1176934317723884
Evolutionary bioinformatics online, Vol. 13, (August 2017) , p. 1-11  
2.
6 p, 1.2 MB Approaching long genomic regions and large recombination rates with msParSm as an alternative to MaCS / Montemuiño, Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Espinosa Morales, Antonio Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Moure, Juan C (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Hernández Budé, Porfidio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The msParSm application is an evolution of msPar, the parallel version of the coalescent simulation program ms, which removes the limitation for simulating long stretches of DNA sequences with large recombination rates, without compromising the accuracy of the standard coalescence. [...]
2016 - 10.4137/EBO.S40268
Evolutionary bioinformatics online, Vol. 12 (Oct. 2016) , p. 223-228  

Research literature 6 records found  
1.
12 p, 1008.2 KB Big Data platform deployment in a HPC cluster / Ferrer López, Pol ; Fernández González, Rafael, dir. ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
El Big Data es un término que está tomando cada vez más importancia en nuestro sector, ya que conforme pasan los años todas las empresas trabajan con cantidades más grandes, complejas e importantes de datos. [...]
Big Data is a term that is becoming increasingly important in our sector, since as the years go by, all companies work with larger, more complex and important amounts of data. Therefore, it is important to use software and platforms that help us manage, distribute and analyze this data. [...]
El Big Data és un terme que està prenent cada vegada més importància en el nostre sector, ja que a mesura que passen els anys totes les empreses treballen amb quantitats més grans, complexes i importants de dades. [...]

2020
Enginyeria Informàtica [958]  
2.
8 p, 952.5 KB Simulación de datos del experimento ATLAS en el superordenador MareNostrum4 / Díaz Machado, Elvis ; Pérez Martínez, Andrés, dir. (Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
El experimento del LHC (Gran Colisionador de Hadrones, en Ginebra), ATLAS, genera una cantidad enorme de datos que se han de contrastar con simulaciones, y en este documento se describirán los cambios que se han hecho a las máquinas y componentes responsables de la cola de trabajos, cómo han afectado a la ejecución de las simulaciones del experimento en el MareNostrum4 y el proceso de ponerlo en producción.
L'experiment de l'LHC (Gran Col·lisionador d'Hadrons, a Ginebra), ATLAS, genera una quantitat enorme de dades que s'han de contrastar amb simulacions i, en aquest document, es descriuen els canvis que s'han fet a les màquines i components responsables de la cua de treballs, com han afectat l'execució de les simulacions de l'experiment en el MareNostrum4 i el procés de posar-lo en producció.
The LHC's (Large Hadron Collider, in Geneva) experiment, ATLAS, generates a enormous quantity of data that has to be contrasted with simulations, and in this document, we will describe the changes that have been made to the machines and components responsible for the work queue, how they have affected the execution of the simulations of the experiment in the MareNostrum4, and the process of putting it into production.

2020
Enginyeria Informàtica [958]  
3.
13 p, 583.2 KB Accelerating Operational Earth System Models using GPUs : portability of NEMO diagnostics to GPU's / Palomas Martinez, Sergi ; Grau Sala, Ramon, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
Earth science models are widely used in meteorological institutions and universities for weather and climate prediction studies. The complexity of the chaotic equations used and the amount of data needed to achieve a good accuracy on the simulation demand a computational power only found in clusters. [...]
Els models de ciències de la terra són àmpliament utilitzats en institucions meteorològiques i universitats per estudis de predicció climàtica. La complexitat de les equacions caòtiques i la quantitat de dades necessària per aconseguir una predicció acurada per les simulacions requereix una potència de càlcul només assolible en clústers com per exemple el Marenostrum 4. [...]
Los modelos de ciencias de la tierra son ampliamente utilizados en instituciones meteorológicas y universidades para estudios de predicción climática. La complejidad de las ecuaciones caóticas y la cantidad de datos necesaria para conseguir una predicción precisa para las simulaciones requiere una potencia de cálculo sólo alcanzable en clústeres como el Marenostrum 4. [...]

2019-07-01
Enginyeria Informàtica [958]  
4.
7 p, 486.5 KB Deployment of a HPC operational service / Aguado Puig, Quim ; Senar Rosell, Miquel Àngel, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
La cendra volcànica en suspensió crea greus problemes de seguretat i econòmics al sector aeronàutic. Les erupcions volcàniques que hi ha hagut fins ara han demostrat que és difícil aconseguir prediccions precises dels núvols de cendra. [...]
Atmospheric dispersion of volcanic ash creates important economic and safety problems for the aviation industry. Past volcanic events have shown that is difficult to access precise forecasts of volcanic ash clouds. [...]
La ceniza volcánica en suspensión crea graves problemas de seguridad y económicos en el sector aeronáutico. Las erupciones volcánicas que ha habido hasta ahora han demostrado que es difícil conseguir predicciones precisas de las nubes de ceniza. [...]

2019-02-11
Enginyeria Informàtica [958]  
5.
240 p, 4.5 MB Predicción del rendimiento: Análisis de la escalabilidad de aplicaciones paralelas / Panadero, Javier ; Luque, Emilio, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Wong, Álvaro, dir. ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius
Executar aplicacions paral·leles de pas de missatges sobre un elevat nombre de recursos de manera eficient no és una tasca trivial. A causa de la complexa interacció entre l'aplicació paral·lela i el sistema HPC, a mesura que s'augmenta el nombre de processos de l'aplicació, depenent del sistema, pot arribar un punt on l'aplicació presenti el seu límit d'escalabilitat, moment a partir del qual es començaran a produir ineficiències en el sistema, comportant a un ús ineficient del mateix. [...]
Ejecutar aplicaciones paralelas de paso de mensajes sobre un elevado número de recursos de forma eficiente no es una tarea trivial. Debido a la compleja interacción entre la aplicación paralela y el sistema HPC, a medida que se aumenta el número de procesos de la aplicación, dependiendo del sistema, puede llegar un punto donde la aplicación presente su límite de escalabilidad, momento a partir del cual se empezarán a producir ineficiencias en el sistema, conllevando a un uso ineficiente del mismo. [...]
Executing message-­-passing applications using an elevated number of resources is not a trivial task. Due to the complex interaction between the message-­-passing applications and the HPC system, depending on the system, many applications may suffer performance inefficiencies, when they scale to a large number of processes. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2015  
6.
106 p, 1.1 MB Methodology for time response and quality assessment in natural hazards evolution prediction / Cencerrado Barraqué, Andrés ; Cortes Fité, Ana, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius
En aquesta tesi doctoral es descriu una metodologia per a l'evaluació del temps de resposta i la qualitat en la predicció de l'evolució d'emergències mediambientals. El treball s'ha centrat en el cas específic dels incendis forestals, com un dels desastres naturals més importants i devastadors, però és facilment extrapol·lable a altre tipus d'emèrgencies mediambientals. [...]
En esta tesis doctoral se describe una metodología para la evaluación del tiempo de respuesta y la calidad en la predicción de la evolución de emergencias medioambientales. El trabajo se ha centrado en el caso específico de los incendios forestales, como uno de los desastres naturales más importantes y devastadores, pero es fácilmente extrapolable a otro tipo de emergencias medioambientales. [...]
This thesis describes a methodology for time response and quality assessment in natural hazards evolution prediction. This work has been focused on the specific case of forest fires as an important and worrisome catastrophe, but it can easily be extrapolated to all other kinds of natural hazards. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2014  

Interested in being notified about new results for this query?
Set up a personal email alert or subscribe to the RSS feed.