|
1.
|
|
17 p, 1.6 MB |
A TetR-Like Transcriptional Regulator Involved in Fatty Acid Metabolism Is Controlled by Quorum Sensing Signals
/
Coves, Xavier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Bravo, Marc (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Huedo Moreno, Pol (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Conchillo-Solé, Oscar (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Gómez Camacho, Andromeda Celeste (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Esteve-Codina, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ;
Dabad, Marc (Centre de Regulació Genòmica) ;
Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica) ;
Daura i Ribera, Xavier (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Yero, Daniel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Gibert, Isidre (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Stenotrophomonas maltophilia is an environmental bacterium as well as an emerging opportunistic multidrug-resistant pathogen. They use the endogenous diffusible signal factor (DSF) quorum sensing (QS) system to coordinate population behavior and regulate virulence processes but can also respond to exogenous N-acyl-homoserine lactone (AHL) signals produced by neighboring bacteria. [...]
2023 -  10.1128/aem.00635-23
Applied and Environmental Microbiology, Vol. 89, Issue 6 (June 2023)
|
|
|
2.
|
|
11 p, 1.1 MB |
Y chromosome sequence and epigenomic reconstruction across human populations
/
Esteller-Cucala, Paula (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Palmada-Flores, Marc (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Kuderna, Lukas F. K. (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Fontsere, Claudia (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Serres-Armero, Aitor (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Dabad, Marc (Centre de Regulació Genòmica) ;
Torralvo, María (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Faella, Armida (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Ferrández-Peral, Luis (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Llovera, Laia (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Fornas, Òscar (Centre de Regulació Genòmica) ;
Julià, Eva (Centre de Regulació Genòmica) ;
Ramírez, Erika (Centre de Regulació Genòmica) ;
González, Irene (Centre de Regulació Genòmica) ;
Hecht, Jochen (Centre de Regulació Genòmica) ;
Lizano, Esther (Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont) ;
Juan, David (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Marques-Bonet, Tomas 1975- (Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont)
Recent advances in long-read sequencing technologies have allowed the generation and curation of more complete genome assemblies, enabling the analysis of traditionally neglected chromosomes, such as the human Y chromosome (chrY). [...]
2023 - 10.1038/s42003-023-05004-9
Communications Biology, Vol. 6 (June 2023) , art. 623
|
|
|
3.
|
|
11 p, 1.7 MB |
In silico validation of RNA-Seq results can identify gene fusions with oncogenic potential in glioblastoma
/
Hernández, Ainhoa (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer) ;
Muñoz-Mármol, Ana Maria (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol) ;
Esteve-Codina, Anna (Universitat Pompeu Fabra) ;
Alameda, Francesc (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ;
Carrato, Cristina (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol) ;
Pineda, Estela (Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer) ;
Arpí Lluciá, Oriol (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ;
Martinez-García, Maria (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya)) ;
Mallo, Maria del Mar (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) ;
Gut, Marta (Universitat Pompeu Fabra) ;
Del Barco Berrón, Sonia (Hospital Universitari de Girona Doctor Josep Trueta) ;
Gallego Rubio, Oscar (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau) ;
Dabad, Marc (Universitat Pompeu Fabra) ;
Mesia, Carlos (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge) ;
Bellosillo Paricio, Beatriz (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ;
Domènech Viñolas, Marta (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer) ;
Vidal, Noemí (Hospital Universitari de Bellvitge) ;
Aldecoa, Iban (Universitat de Barcelona) ;
de la Iglesia, Nuria (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Balañá, Carmen (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
RNA-Sequencing (RNA-Seq) can identify gene fusions in tumors, but not all these fusions have functional consequences. Using multiple data bases, we have performed an in silico analysis of fusions detected by RNA-Seq in tumor samples from 139 newly diagnosed glioblastoma patients to identify in-frame fusions with predictable oncogenic potential. [...]
2022 - 10.1038/s41598-022-18608-8
Scientific reports, Vol. 12 Núm. 1 (december 2022) , p. 14439
|
|
|
4.
|
|
18 p, 9.0 MB |
Developmental RNA-Seq transcriptomics of haploid germ cells and spermatozoa uncovers novel pathways associated with teleost spermiogenesis
/
Castro-Arnau, Júlia (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Chauvigné, François (Institute of Marine Sciences) ;
Gómez-Garrido, Jessica (Centre de Regulació Genòmica) ;
Esteve-Codina, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ;
Dabad, Marc (Centre de Regulació Genòmica) ;
Alioto, Tyler Scott (Universitat Pompeu Fabra) ;
Finn, Roderick Nigel (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Cerdà, Joan (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
In non-mammalian vertebrates, the molecular mechanisms involved in the transformation of haploid germ cells (HGCs) into spermatozoa (spermiogenesis) are largely unknown. Here, we investigated this process in the marine teleost gilthead seabream (Sparus aurata) through the examination of the changes in the transcriptome between cell-sorted HGCs and ejaculated sperm (SPZ). [...]
2022 - 10.1038/s41598-022-18422-2
Scientific reports, Vol. 12 (August 2022) , art. 14162
|
|
|
5.
|
|
26 p, 1.4 MB |
Alteration in the Culex pipiens transcriptome reveals diverse mechanisms of the mosquito immune system implicated upon Rift Valley fever phlebovirus exposure
/
Núñez García, Ana Isabel (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Esteve-Codina, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ;
Gómez-Garrido, Jèssica (Centre de Regulació Genòmica) ;
Brustolin, Marco (The Pennsylvania State University. Department of Entomology) ;
Talavera, Sandra (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Berdugo, Miguel (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Dabad, Marc (Centre de Regulació Genòmica) ;
Alioto, Tyler Scott (Universitat Pompeu Fabra) ;
Bensaid, Albert (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Busquets, Núria (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal)
Rift Valley fever phlebovirus (RVFV) causes an emerging zoonotic disease and is mainly transmitted by Culex and Aedes mosquitoes. While Aedes aegypti -dengue virus (DENV) is the most studied model, less is known about the genes involved in infection-responses in other mosquito-arboviruses pairing. [...]
2020 - 10.1371/journal.pntd.0008870
PLoS neglected tropical diseases, Vol. 14 (december 2020)
|
|
|
6.
|
|
8 p, 990.0 KB |
The genome sequencing of an albino Western lowland gorilla reveals inbreeding in the wild
/
Prado-Martinez, Javier (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Hernando Herraez, Irene (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Lorente-Galdos, Belen (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Dabad, Marc (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Ramírez, Óscar (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Baeza Delgado, Carlos (Universitat de València. Departament de Bioquímica i Biologia Molecular) ;
Morcillo-Suarez, Carlos (Universitat Pompeu Fabra. Instituto Nacional de Bioinformatica) ;
Alkan, Can (Bilkent University. Department of Computer Engineering) ;
Hormozdiari, Fereydoun (University of Washington. Department of Genome Sciences) ;
Raineri, Emanuele (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica) ;
Estellé, Jordi (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica) ;
Fernández, Marcos (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Valles, Mònica (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Ritscher, Lars (University of Leipzig. Institute of Biochemistry) ;
Schöneberg, Torsten (University of Leipzig. Institute of Biochemistry) ;
De la Calle-Mustienes, Elisa (Centro Andaluz de Biología del Desarrollo) ;
Casillas Viladerrams, Sònia (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Rubio Acero, Raquel (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Melé, M. (Universitat Pompeu Fabra. Centre de Regulació Genòmica (CRG-UPF)) ;
Engelken, Johannes (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Cáceres Aguilar, Mario (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Gomez-Skarmeta, José Luis (Centro Andaluz de Biología del Desarrollo) ;
Gut, Marta (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica) ;
Bertranpetit, Jaume (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Gut, Ivo (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica) ;
Abello, Teresa (Zoo de Barcelona) ;
Eichler, Evan E. (Howard Hugues Medical Institute) ;
Mingarro, Ismael (Universitat de València. Departament de Bioquímica i Biologia Molecular) ;
Lalueza-Fox, Carles (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Navarro, Arcadi, 1969- (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ;
Marques-Bonet, Tomas 1975- (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats)
Background: the only known albino gorilla, named Snowflake, was a male wild born individual from Equatorial Guinea who lived at the Barcelona Zoo for almost 40 years. He was diagnosed with non-syndromic oculocutaneous albinism, i. [...]
2013 - 10.1186/1471-2164-14-363
BMC genomics, Vol. 14 (2013) , art. 363
|
|
|
7.
|
|
5 p, 788.2 KB |
Great ape genetic diversity and population history
/
Prado-Martinez, Javier (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Sudmant, Peter H. (Department of Genome Sciences. University of Washington) ;
Kidd, Jeffrey (Department of Genetics. Stanford University) ;
Li, Heng (Department of Genetics. Harvard Medical School, Boston) ;
Kelley, Joanna (Department of Genetics. Stanford University) ;
Lorente-Galdos, Belen (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Veeramah, Krishna (Arizona Research Laboratories. Division of Biotechnology. University of Arizona) ;
Woerner, August (Arizona Research Laboratories. Division of Biotechnology. University of Arizona) ;
O'Connor, Timothy (Department of Genome Sciences. University of Washington) ;
Santpere, Gabriel (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Cagan, Alexander (Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology. Department of Evolutionary Genetics) ;
Theunert, Christoph (Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology. Department of Evolutionary Genetics) ;
Casals, Ferran (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Laayouni, Hafid (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Munch Terkelsen, Kasper (Aarhus University. Bioinformatics Research Centre) ;
Hobolth, Asger (Aarhus University. Bioinformatics Research Centre) ;
Halager, Anders E. (Aarhus University. Bioinformatics Research Centre) ;
Malig, Maika (Department of Genome Sciences. University of Washington) ;
Hernandez-Rodriguez, Jessica (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Hernando-Herraez, Irene (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Prüfer, Kay (Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology. Department of Evolutionary Genetics) ;
Pybus, Marc (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Johnstone, Laurel (Arizona Research Laboratories. Division of Biotechnology. University of Arizona) ;
Lachmann, Michael (Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology. Department of Evolutionary Genetics) ;
Alkan, Can (Bilkent University. Faculty of Engineering) ;
Twigg, Dorina (Department of Human Genetics. University of Michigan) ;
Petit Marty, Natalia (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Baker, Carl (Department of Genome Sciences. University of Washington) ;
Hormozdiari, Fereydoun (University of Washington. Department of Genome Sciences) ;
Fernández, Marcos (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Dabad, Marc (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Wilson, Michael L. (Department of Anthropology. University of Minnesota) ;
Stevison, Laurie (Institute for Human Genetics. University of California San Francisco) ;
Camprubí Sánchez, Cristina (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Carvalho, Tiago (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Vives, Laura T. (Department of Genome Sciences. University of Washington) ;
Mele, Marta (Centre de Regulació Genòmica) ;
Abelló, María Teresa. (Zoo de Barcelona) ;
Kondova, Ivanela (Biomedical Primate Research Centre) ;
Bontrop, Ronald (Biomedical Primate Research Centre) ;
Pusey, Anne E (Duke University. Department of Evolutionary Anthropology) ;
Lankester, Felix (Washington State University. Paul G. Allen School for Global Animal Health) ;
Kiyang, John A. (Limbe Wildlife Centre) ;
Bergl, Richard A. (North Carolina Zoological Park) ;
Lonsdorf, E. (Franklin and Marshall College. Department of Psychology) ;
Myers, S. (Oxford University. Department of Statistics) ;
Ventura, M. (University of Bari. Department of Genetics and Microbiology) ;
Gagneux, Pascal (University of California San Diego. Department of Cellular and Molecular Medicine) ;
Comas, D. (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Siegismund, H. (University of Copenhagen Department of Biology, Bioinformatics) ;
Blanc, Julie (Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG). PCB) ;
Agueda Calpena, Lidia (Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG). PCB) ;
Gut, Marta (Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG). PCB) ;
Fulton, L. A (Washington University School of Medicine. Genome Sequencing Center) ;
Tishkoff, S. A. (University of Pennsylvania. Department of Biology and Genetics) ;
Mullikin, J. C. (National Institutes of Health Intramural Sequencing Center (Bethesda, Estats Units d'Amèrica)) ;
Wilson, R. K. (Washington University School of Medicine. Genome Sequencing Center) ;
Gut, I. G. (Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG). PCB) ;
Gonder, M. K. (University at Albany) ;
Ryder, O. A. (Genetics Division. San Diego Zoo's Institute for Conservation Research) ;
Hahn, B. H. (University of Pennsylvania. Departments of Medicine and Microbiology) ;
Navarro, Arcadi, 1969- (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ;
Akey, J. M. (University of Washington. Department of Genome Sciences) ;
Bertranpetit, Jaume (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) ;
Reich, D. (Harvard Medical School. Department of Genetics) ;
Mailund, Thomas (Aarhus University. Bioinformatics Research Centre) ;
Schierup, Mikkel Heide (Aarhus University. Department of Bioscience) ;
Hvilsom, Christina (Copenhagen Zoo) ;
Andrés, A. M. (Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology. Department of Evolutionary Genetics) ;
Wall, J. D. (University of California San Francisco. Institute for Human Genetics) ;
Bustamante, Carlos D (Stanford University. Department of Genetics) ;
Hammer, M. F. (University of Arizona. Arizona Research Laboratories. Division of Biotechnology) ;
Eichler, Evan E (Howard Hughes Medical Institute) ;
Marques-Bonet, Tomas 1975- (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats)
Most great ape genetic variation remains uncharacterized; however, its study is critical for understanding population history, recombination, selection and susceptibility to disease. Here we sequence to high coverage a total of 79 wild- and captive-born individuals representing all six great ape species and seven subspecies and report 88. [...]
2013 - 10.1038/nature12228
Nature, Vol. 499, issue 7459 (July 2013) , p. 471-475
|
|
|
8.
|
|
18 p, 2.0 MB |
A Comparison of RNA-Seq Results from Paired Formalin-Fixed Paraffin-Embedded and Fresh-Frozen Glioblastoma Tissue Samples
/
Esteve-Codina, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ;
Arpí Lluciá, Oriol (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ;
Martinez-García, Maria (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya)) ;
Pineda, Estela (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona) ;
Mallo, Maria del Mar (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) ;
Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica) ;
Carrato, Cristina (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol) ;
Rovira, Anna (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ;
Lopez, Raquel (Hospital Universitari de Girona Doctor Josep Trueta) ;
Tortosa, Avelina (Universitat de Barcelona, Departament d'Infermeria Fonamental) ;
Dabad, Marc (Centre de Regulació Genòmica) ;
Del Barco Berrón, Sonia (Institut Català d'Oncologia) ;
Heath, Simon (Centre de Regulació Genòmica) ;
Bagué Rosell, Sílvia (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau) ;
Ribalta Farres, Teresa (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona) ;
Alameda, Francesc (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya)) ;
de la Iglesia, Nuria (Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer) ;
Balañá, Carmen (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol) ;
Glioma Catalonia Group (GLIOCAT) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
The molecular classification of glioblastoma (GBM) based on gene expression might better explain outcome and response to treatment than clinical factors. Whole transcriptome sequencing using next-generation sequencing platforms is rapidly becoming accepted as a tool for measuring gene expression for both research and clinical use. [...]
2017 - 10.1371/journal.pone.0170632
PloS one, 2017, p. 1-18
|
|
guest ::
email alert
or subscribe to the 
RSS feed.
