|
1.
|
|
63 p, 25.7 MB |
A draft human pangenome reference
/
Liao, Wen-Wei (Washington University School of Medicine) ;
Asri, Mobin (University of California) ;
Ebler, Jana (Heinrich Heine University) ;
Doerr, Daniel (Heinrich Heine University) ;
Haukness, Marina (University of California) ;
Hickey, Glenn (University of California) ;
Lu, Shuangjia (Yale University School of Medicine) ;
Lucas, Julian K. (University of California) ;
Monlong, Jean (University of California) ;
Abel, Haley J. (Washington University School of Medicine) ;
Buonaiuto, Silvia (Consiglio Nazionale delle Ricerche. Istituto di Genetica e Biofisica) ;
Chang, Xian H. (University of California) ;
Cheng, Haoyu (Harvard Medical School) ;
Chu, Justin (Dana-Farber Cancer Institute (Boston, Estats Units d'Amèrica)) ;
Colonna, Vincenza (University of Tennessee Health Science Center) ;
Eizenga, Jordan (University of California) ;
Feng, Xiaowen (Harvard Medical School) ;
Fischer, Christian (University of Tennessee Health Science Center) ;
Fulton, Robert S. (Washington University School of Medicine) ;
Garg, Shilpa (Technical University of Denmark) ;
Groza, Cristian (McGill University) ;
Guarracino, Andrea (Tecnopolo umano. Centro di ricerca sulla genomica) ;
Harvey, William T. (University of Washington School of Medicine) ;
Heumos, Simon (University of Tübingen) ;
Howe, Kerstin (Wellcome Trust Sanger Institute (Regne Unit)) ;
Jain, Miten (Northeastern University (USA)) ;
Lu, Tsung-Yu (University of Southern California) ;
Markello, Charles (University of California) ;
Martin, Fergal J. (Wellcome Genome Campus (UK)) ;
Mitchell, Matthew W. (Coriell Institute for Medical Research (USA)) ;
Munson, Katherine M. (University of Washington School of Medicine) ;
Mwaniki, Moses Njagi (Università di Pisa) ;
Novak, Adam M. (University of California) ;
Olsen, Hugh E. (University of California) ;
Pesout, Trevor (University of California) ;
Porubsky, David (University of Washington School of Medicine) ;
Prins, Pjotr (University of Tennessee Health Science Center) ;
Sibbesen, Jonas A. (University of Copenhagen) ;
Sirén, Jouni (University of California) ;
Tomlinson, Chad (Washington University School of Medicine) ;
Villani, Flavia (University of Tennessee Health Science Center) ;
Vollger, Mitchell R. (University of Washington School of Medicine) ;
Antonacci-Fulton, Lucinda L. (Washington University School of Medicine) ;
Baid, Gunjan (Google (USA)) ;
Baker, Carl A. (University of Washington School of Medicine) ;
Belyaeva, Anastasiya (Google (USA)) ;
Billis, Konstantinos (Wellcome Genome Campus (UK)) ;
Carroll, Andrew (Google (USA)) ;
Chang, Pi-Chuan (Google (USA)) ;
Cody, Sarah (Washington University School of Medicine) ;
Cook, Daniel E. (Google (USA)) ;
Cook-Deegan, Robert M. (Arizona State University) ;
Cornejo, Omar E. (University of California) ;
Diekhans, Mark (University of California) ;
Ebert, Peter (Heinrich Heine University) ;
Fairley, Susan (Wellcome Genome Campus (UK)) ;
Fedrigo, Olivier (The Rockefeller University) ;
Felsenfeld, Adam L. (National Institutes of Health (USA)) ;
Formenti, Giulio (The Rockefeller University) ;
Frankish, Adam (Wellcome Genome Campus (UK)) ;
Gao, Yan (The Children's Hospital of Philadelphia) ;
Garrison, Nanibaa' A. (University of California) ;
Giron, Carlos Garcia (Wellcome Genome Campus (UK)) ;
Green, Richard E. (Dovetail Genomics) ;
Haggerty, Leanne (Wellcome Genome Campus (UK)) ;
Hoekzema, Kendra (University of Washington School of Medicine) ;
Hourlier, Thibaut (Wellcome Genome Campus (UK)) ;
Ji, Hanlee P. (Stanford University School of Medicine) ;
Kenny, Eimear E. (Icahn School of Medicine at Mount Sinai) ;
Koenig, Barbara A. (University of California) ;
Kolesnikov, Alexey (Google (USA)) ;
Korbel, Jan O. (European Molecular Biology Laboratory) ;
Kordosky, Jennifer (University of Washington School of Medicine) ;
Koren, Sergey (National Institutes of Health (USA)) ;
Lee, HoJoon (Stanford University School of Medicine) ;
Lewis, Alexandra P. (University of Washington School of Medicine) ;
Magalhães, Hugo (Heinrich Heine University) ;
Marco-Sola, Santiago (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Marijon, Pierre (Heinrich Heine University) ;
McCartney, Ann (National Institutes of Health (USA)) ;
McDaniel, Jennifer (National Institute of Standards and Technology (USA)) ;
Mountcastle, Jacquelyn (The Rockefeller University) ;
Nattestad, Maria (Google (USA)) ;
Nurk, Sergey (National Institutes of Health (USA)) ;
Olson, Nathan D. (National Institute of Standards and Technology (USA)) ;
Popejoy, Alice B. (University of California) ;
Puiu, Daniela (Johns Hopkins University) ;
Rautiainen, Mikko (National Institutes of Health (USA)) ;
Regier, Allison A. (Washington University School of Medicine) ;
Rhie, Arang (National Institutes of Health (USA)) ;
Sacco, Samuel (University of California) ;
Sanders, Ashley D. (Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association) ;
Schneider, Valerie A. (National Institutes of Health (USA)) ;
Schultz, Baergen I. (National Institutes of Health (USA)) ;
Shafin, Kishwar (Google (USA)) ;
Smith, Michael W. (National Institutes of Health (USA)) ;
Sofia, Heidi J. (National Institutes of Health (USA)) ;
Abou Tayoun, Ahmad N. (Mohammed Bin Rashid University of Medicine and Health Sciences) ;
Thibaud-Nissen, Françoise (National Institutes of Health (USA)) ;
Tricomi, Francesca Floriana (Wellcome Genome Campus (UK)) ;
Wagner, Justin (National Institute of Standards and Technology (USA)) ;
Walenz, Brian (National Institutes of Health (USA)) ;
Wood, Jonathan M. D. (Wellcome Trust Sanger Institute (Regne Unit)) ;
Zimin, Aleksey V. (Johns Hopkins University) ;
Bourque, Guillaume (Kyoto University) ;
Chaisson, Mark (University of Southern California) ;
Flicek, Paul (Wellcome Genome Campus (UK)) ;
Phillippy, Adam M. (National Institutes of Health (USA)) ;
Zook, Justin M. (National Institute of Standards and Technology (USA)) ;
Eichler, Evan E. (Howard Hughes Medical Institute) ;
Haussler, David (Howard Hughes Medical Institute) ;
Wang, Ting (Washington University School of Medicine) ;
Jarvis, Erich (The Rockefeller University) ;
Miga, Karen H. (University of California) ;
Garrison, Erik (University of Tennessee Health Science Center) ;
Marschall, Tobias (Heinrich Heine University) ;
Hall, Ira M. (Yale University School of Medicine) ;
Li, Heng (Harvard Medical School) ;
Paten, Benedict (University of California)
Here the Human Pangenome Reference Consortium presents a first draft of the human pangenome reference. The pangenome contains 47 phased, diploid assemblies from a cohort of genetically diverse individuals1. [...]
2023 -  10.1038/s41586-023-05896-x
Nature, Vol. 617 (May 2023) , p. 312-324
|
|
|
2.
|
|
13 p, 761.2 KB |
Análisis sobre el soporte en gem5 de RISC-V
/
Mata Porras, Alejandro ;
Marco Sola, Santiago, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Escola d'Enginyeria
Actualmente, gem5 está visto como el estándar de simulación para obtener métricas de rendimiento de computadores. La infraestructura de simulación gem5 combina los aspectos más destacados de los simuladores M5 y GEMS, ofreciendo un marco de simulación altamente configurable, múltiples ISAs y diversos modelos de CPU, así como un sistema de memoria detallado y flexible, que incluye soporte para múltiples protocolos de coherencia de caché y modelos de interconexión. [...]
Actualment, gem5 està vist com l'estàndard de simulació per obtenir mètriques de rendiment de computadors. La infraestructura de simulació gem5 combina els aspectes més destacats dels simuladors M5 i GEMS, oferint un marc de simulació altament configurable, múltiples ISAs i diversos models de CPU, així com un sistema de memòria detallat i flexible, que inclou suport per a múltiples protocols de coherència de memòria cau i models d'interconnexió. [...]
Nowadays, gem5 is seen as the simulation standard for obtaining computer performance metrics. The gem5 simulation infrastructure combines the highlights of the M5 and GEMS simulators, providing both a highly configurable simulation framework, multiple ISAs and various CPU models, and complementing these features with a detailed and flexible memory system, including support for multiple cache coherence protocols and interconnection models. [...]
2023
Enginyeria Informàtica [958]
|
|
|
3.
|
|
7 p, 1.3 MB |
Optimal gap-affine alignment in O (s) space
/
Marco-Sola, Santiago (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Eizenga, Jordan (University of California. Genomics Institute) ;
Guarracino, Andrea (University of Tennessee Health Science Center. Department of Genetics, Genomics and Informatics) ;
Paten, Benedict (University of California. Santa Cruz Genomics Institute) ;
Garrison, Erik (University of Tennessee Health Science Center. Department of Genetics, Genomics and Informatics) ;
Moreto, Miquel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Pairwise sequence alignment remains a fundamental problem in computational biology and bioinformatics. Recent advances in genomics and sequencing technologies demand faster and scalable algorithms that can cope with the ever-increasing sequence lengths. [...]
2023 - 10.1093/bioinformatics/btad074
Bioinformatics, Vol. 39, Issue 2 (February 2023) , art. btad074
|
|
|
4.
|
|
|
5.
|
|
5 p, 109.0 KB |
Treball de Final de Màster [42402]
/
Barbadilla Prados, Antonio ;
Pardo Carrasco, Leonardo ;
Senar Rosell, Miquel Àngel ;
Maréchal, Jean-Didier ;
Coronado-Zamora, Marta ;
González Wong, Ángel ;
Yero, Daniel ;
Marco-Sola, Santiago ;
Martinez Urtaza, Jaime ;
Salazar Ciudad, Isaac ;
Masgrau Fontanet, Laura ;
Peralvarez Marin, Alex ;
Negre de Bofarull, Bárbara ;
González Ruíz, Juan Ramón ;
Puig Font, Marta ;
Casillas Viladerrams, Sònia ;
Egea, Raquel ;
Daura i Ribera, Xavier ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Facultat de Biociències
1 La Tesi de Màster (MT) és un treball de recerca autònom i individual que brinda a l'estudiant l'oportunitat de centrar-se en alguns dels temes tractats en els mòduls acadèmics del màster, així com d'integrar totes les capacitats i competències assolides al llarg del màster. [...]
1 The Master's Thesis (MT) is an autonomous and individually research work that gives the student the opportunity to focus on some of the topics dealt with in the academic modules of the Master, as well as, to integrate all together the capacities and competences achieved along the Master's degree. [...]
1 La Tesis de Máster (MT) es un trabajo de investigación autónomo e individual que brinda al estudiante la oportunidad de centrarse en algunos de los temas tratados en los módulos académicos del máster, así como de integrar todas las capacidades y competencias logradas a lo largo del máster. [...]
2022-23
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
3 documents
|
|
|
6.
|
|
4 p, 104.4 KB |
Programació en Bioinformàtica [42401]
/
Marco-Sola, Santiago ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Facultat de Biociències
Els objectius generals d'aquest mòdul són l'aplicació de les eines i tècniques bàsiques per al desenvolupament en aquesta àrea. Es treballen les capacitats de resoldre reptes i adaptar-se a les tecnologies i paradigmes de la bioinformàtica.
General objectives of this module are the application of the core tools and basic techniques for development in this area of knowledge. Provide skills to successfully assume the adaptation to changing technologies and new paradigms emerging in this interdisciplinary field.
Los objetivos generales de este módulo son la aplicación de las herramientas y técnicas bàsicas para el desarrollo en esta área. Se trabajan las capacidades de resolver retos y adaptarse a las tecnologías y paradigmas de la bioinformática.
2022-23
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
3 documents
|
|
|
7.
|
|
4 p, 102.2 KB |
Pràctiques Professionals [42400]
/
Egea, Raquel ;
Barbadilla Prados, Antonio ;
Pardo Carrasco, Leonardo ;
Maréchal, Jean-Didier ;
González Wong, Ángel ;
Marco-Sola, Santiago ;
Martinez Urtaza, Jaime ;
Masgrau Fontanet, Laura ;
Peralvarez Marin, Alex ;
Puig Font, Marta ;
Casillas Viladerrams, Sònia ;
Daura i Ribera, Xavier ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Facultat de Biociències
El principal objectiu d'aquestes pràctiques és promoure la interacció dels estudiants amb els ambients de recerca i professional que hi ha al seu voltant.
The main objective of these practices is to promote the students' interaction with the research and professional environments around them.
El principal objetivo de estas prácticas es promover la interacción de los estudiantes con los ambientes de investigación y profesional que hay a su alrededor.
2022-23
Màster Universitari en Bioinformàtica / Bioinformatics [1112]
3 documents
|
|
|
8.
|
|
4 p, 103.4 KB |
Enginyeria del Rendiment [104341]
/
Moure, Juan C ;
Marco-Sola, Santiago ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Escola d'Enginyeria
1. Avaluar i analitzar el rendiment de l'execució d'un programa. 2. Entendre la conversió des del llenguatge font (Python/C) a l'assemblador, identificant les transformacions en el codi. 3. Determinar les dependències de dades en els llaços d'execució dels programes i fer servir estratègies per augmentar el paral·lelisme d'instruccions i de dades. [...]
1. Evaluate and analyze the performance of the execution of a program. 2. Understand the conversion from the source language (Python / C) to the assembler, identifying the transformations in the code. [...]
1. Evaluar y analizar el rendimiento de la ejecución de un programa. 2. Entender la conversión desde el lenguaje fuente (Python / C) al ensamblador, identificando las transformaciones en el código. [...]
2022-23
Enginyeria de Dades [1394]
3 documents
|
|
|
9.
|
|
6 p, 111.7 KB |
Arquitectura de computadors [102775]
/
Senar Rosell, Miquel Àngel ;
González Fernández, Antonio ;
Moure, Juan C ;
Yang, Xiaoyuan ;
Villar Mesurado, Sergio ;
Marco-Sola, Santiago ;
Méndez Caparrós, Sandra ;
Sanjuán Figuerola, Gemma ;
Panadero, Javier ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Escola d'Enginyeria
1. Entendre les tècniques arquitectòniques basades en paral·lelisme per millorar el rendiment del computador. 2. Entendre el principi de localitat d'accés a dades i les solucions arquitectòniques aplicades a la jerarquia de memòria. [...]
1. To understand architectural techniques based on parallelism to improve computer performance. 2. To understand the principle of data access locality and the architectural solutions applied to the memory hierarchy. [...]
1. Entender las técnicas arquitectónicas basadas en paralelismo para mejorar el rendimiento del computador. 2. Entender el principio de localidad de acceso a datos y las soluciones arquitectónicas aplicadas a la jerarquía de memoria. [...]
2022-23
Grau en Enginyeria Informàtica (Menció en Enginyeria de Computadors) i Grau en Enginyeria Electrònica de Telecomunicació [1206]
Grau en Enginyeria Informàtica (Menció en Tecnologies de la Informació) i Grau en Enginyeria de Sistemes de Telecomunicació [1207]
Enginyeria Informàtica [958]
3 documents
|
|
|
10.
|
|
guest ::
email alert
or subscribe to the 
RSS feed.
