|
1.
|
|
10 p, 3.3 MB |
A virtual dairy herd as a tool to teach dairy production and management
/
Calsamiglia, Sergio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ;
Espinosa, G. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ;
Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Ferret, Alfred (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ;
Castillejos, Lorena (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
The objective of this project was to develop and test a web-based virtual dairy herd to help students understand the structure and functioning of a dairy herd, and to promote active learning. At the beginning of the course, the instructor defines the profiles of herds to be assigned to students (e. [...]
2020 -  10.3168/jds.2019-16714
Journal of dairy science, Vol. 103, Issue 3 (March 2020) , p. 2896-2905
|
|
|
2.
|
|
26 p, 1.8 MB |
A History-based resource manager for genome analysis workflows applications on clusters with heterogeneous nodes
/
Badosa, Ferran (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Espinosa, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Acevedo Giménez, César Esteban (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Ripoll Aracil, Ana (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Bioinformatics workflows require large amounts of resources and are commonly executed in clusters. Determining the adequate amount of resources for bioinformatics applications is a tricky matter, since the resource usage of a single application might vary substantially from one execution to the next. [...]
2019 - 10.1007/s10766-018-0600-z
International Journal of Parallel Programming, Vol. 47, Issue 2 (April 2019) , p. 317-342
|
|
|
3.
|
|
|
4.
|
|
13 p, 1.6 MB |
Differential expression of porcine microRNAs in African swine fever virus infected pigs : a proof-of-concept study
/
Núñez-Hernández, Fernando (Escola de Prevenció i Seguretat Integral (Bellaterra, Catalunya)) ;
Pérez, Lester Josue ;
Muñoz, Marta ;
Vera, Gonzalo ;
Accensi Alemany, Francesc (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ;
Sánchez Bonastre, Armando (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ;
Rodriguez, Fernando ;
Núñez, J. Ignacio (Universitat Autònoma de Barcelona)
African swine fever (ASF) is a re-expanding devastating viral disease currently threatening the pig industry worldwide. MicroRNAs are a class of 17-25 nucleotide non- coding RNAs that have been shown to have critical functions in a wide variety of biological processes, such as cell differentiation, cell cycle regulation, carcinogenesis, apoptosis, regulation of immunity as well as in viral infections by cleavage or translational repression of mRNAs. [...]
2017 - 10.1186/s12985-017-0864-8
Virology Journal, Vol. 14 (october 2017)
|
|
|
5.
|
|
11 p, 1.1 MB |
Optimized next-generation sequencing genotype-haplotype calling for genome variability analysis
/
Navarro Fernández, Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Nevado, Bruno (University of Oxford. Department of Plant Sciences) ;
Hernández Budé, Porfidio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The accurate estimation of nucleotide variability using next-generation sequencing data is challenged by the high number of sequencing errors produced by new sequencing technologies, especially for nonmodel species, where reference sequences may not be available and the read depth may be low due to limited budgets. [...]
2017 - 10.1177/1176934317723884
Evolutionary bioinformatics online, Vol. 13, (August 2017) , p. 1-11
|
|
|
6.
|
|
6 p, 1.2 MB |
Approaching long genomic regions and large recombination rates with msParSm as an alternative to MaCS
/
Montemuiño, Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Espinosa, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Moure, Juan C (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Hernández Budé, Porfidio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ;
Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The msParSm application is an evolution of msPar, the parallel version of the coalescent simulation program ms, which removes the limitation for simulating long stretches of DNA sequences with large recombination rates, without compromising the accuracy of the standard coalescence. [...]
2016 - 10.4137/EBO.S40268
Evolutionary bioinformatics online, Vol. 12 (Oct. 2016) , p. 223-228
|
|
|
7.
|
|
7 p, 380.5 KB |
Identification of microRNAs in PCV2 subclinically infected pigs by high throughput sequencing
/
Núñez-Hernández, Fernando (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Pérez, Lester Josue (Centro Nacional de Sanidad Agropecuaria (La Habana, Cuba)) ;
Muñoz, Marta (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Tomás, Anna (Fundació d ́Investigació Sanitària de les Illes Balears) ;
Egea, Raquel (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Córdoba, Sarai (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Segalés Coma, Joaquim (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ;
Sánchez Bonastre, Armando (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Núñez, J. Ignacio (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal)
Porcine circovirus type 2 (PCV2) is the essential etiological infectious agent of PCV2-systemic disease and has been associated with other swine diseases, all of them collectively known as porcine circovirus diseases. [...]
2015 - 10.1186/s13567-014-0141-4
Veterinary research, Vol. 46 (march 2015)
|
|
|
8.
|
|
11 p, 659.4 KB |
The role of viral and host microRNAs in the Aujeszky's disease virus during the infection process
/
Timoneda i Heredia, Oriol (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ;
Núñez-Hernández, Fernando (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Balcells Ortega, Ingrid (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Muñoz, Marta (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Castelló Farré, Anna (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ;
Vera, Gonzalo (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Pérez, Lester Josue ;
Egea, Raquel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Mir, Gisela (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Córdoba, Sarai (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Rosell, Rosa ;
Segalés Coma, Joaquim (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ;
Tomàs, Anna ;
Sánchez Bonastre, Armando (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments) ;
Núñez, J. Ignacio (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal)
2014 - 10.1371/journal.pone.0086965
PloS one, Vol. 9, Num. 1 (January 2014) , e86965
|
|
|
9.
|
|
5 p, 582.8 KB |
Evaluation of the capability of the PCV2 genome to encode miRNAs : lack of viral miRNA expression in an experimental infection
/
Núñez-Hernández, Fernando (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Pérez, Lester Josue ;
Vera Rodríguez, Gonzalo (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Córdoba, Sarai (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Segalés Coma, Joaquim (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Sánchez Bonastre, Armando (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Núñez, J. Ignacio (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal)
Porcine circovirus type 2 (PCV2) is a ssDNA virus causing PCV2-systemic disease (PCV2-SD), one of the most important diseases in swine. MicroRNAs (miRNAs) are a new class of small non-coding RNAs that regulate gene expression post-transcriptionally. [...]
2015 - 10.1186/s13567-015-0181-4
Veterinary research, Vol. 46 (May 2015) , p. 1-5
|
|
|
10.
|
|
13 p, 590.3 KB |
miRNA Expression Profile Analysis in Kidney of Different Porcine Breeds
/
Timoneda i Heredia, Oriol (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Balcells Ortega, Ingrid (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Núñez, J. Ignacio (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Egea, Raquel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Vera Rodríguez, Gonzalo (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Castelló Farré, Anna (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Tomas, Anna ;
Sánchez Bonastre, Armando (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
MicroRNAs (miRNAs) are important post-transcriptional regulators in eukaryotes that target mRNAs repressing their expression. The uncertain process of pig domestication, with different origin focuses, and the selection process that commercial breeds suffered, have generated a wide spectrum of breeds with clear genetic and phenotypic variability. [...]
2013 - 10.1371/journal.pone.0055402
PloS one, Vol. 8 Issue 1 (January 2013) , p. e55402
|
|
guest ::
email alert
or subscribe to the 
RSS feed.
