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Adjustment of the PIF7-HFR1 transcriptional module activity controls plant shade adaptation / Paulisic, Sandi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Qin, Wenting (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Veraszto, Harshul Arora (University of Geneva. Department of Botany and Plant Biology (Switzerland)) ; Then, Christiane (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Alary, Benjamin (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Nogué, Fabien (Centre National de la Recherche Scientifique. Université Paris-Saclay. Institut Jean-Pierre Bourgin (France)) ; Tsiantis, Miltos (Max Planck Institute from Plant Breeding Research. Department of Comparative Development and Genetics (Germany)) ; Hothorn, Michael (University of Geneva. Department of Botany and Plant Biology (Switzerland)) ; Martínez García, Jaime F. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Shade caused by the proximity of neighboring vegetation triggers a set of acclimation responses to either avoid or tolerate shade. Comparative analyses between the shade-avoider Arabidopsis thaliana and the shade-tolerant Cardamine hirsuta revealed a role for the atypical basic-helix-loop-helix LONG HYPOCOTYL IN FR 1 (HFR1) in maintaining the shade tolerance in C. [...]
2021 - 10.15252/embj.2019104273
The EMBO Journal, Vol. 40, Issue 1 (January 2021) , art. e104273
4 documentos
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5 p, 109.8 KB Treball de Final de Màster [42402] / Barbadilla Prados, Antoni ; Pardo Carrasco, Leonardo ; Ruíz Panadero, Alfredo ; Senar Rosell, Miquel Àngel ; Moure, Juan C ; Marechal, Jean-Didier Pierre ; Cordomi Montoya, Arnau ; Coronado Zamora, Marta ; González Wong, Angel ; Yero Corona, Daniel ; Marco Sola, Santiago ; Martínez Urtaza, Jaime ; Cáceres Aguilar, Mario ; Espinosa Morales, Antonio ; Masgrau Fontanet, Laura ; González Ruíz, Juan Ramón ; Puig Font, Marta ; Casillas Viladerrams, Sònia ; Egea Sánchez, Raquel ; Daura Ribera, Xavier ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
La Tesi de Màster (MT) és un treball de recerca autònom i individual que brinda a l'estudiant l'oportunitat de centrar-se en alguns dels temes tractats en els mòduls acadèmics del màster, així com d'integrar totes les capacitats i competències assolides al llarg del màster. [...]
La Tesis de Máster (MT) es un trabajo de investigación autónomo e individual que brinda al estudiante la oportunidad de centrarse en algunos de los temas tratados en los módulos académicos del máster, así como de integrar todas las capacidades y competencias logradas a lo largo del máster. [...]

2020-21
Máster Universitario en Bioinformática / Bioinformatics [1112]
3 documentos
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5 p, 106.1 KB Genòmica [42399] / Barbadilla Prados, Antoni ; Hervás Fernández, Sergi ; Coronado Zamora, Marta ; Martínez Urtaza, Jaime ; González Ruíz, Juan Ramón ; Casillas Viladerrams, Sònia ; Egea Sánchez, Raquel ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
La capacitat tecnològica per generar macrodades genòmiques i multiòmiques creix a un ritme incessant sense un seguiment paral·lel d'experts en bioinformàtica per fer front als reptes integració d'aquestes macrodades moleculars. [...]
La capacidad tecnológica para generar macrodatos genómicos y multiómicos crece a un ritmo incesante sin un seguimiento paralelo de expertos en bioinformática para hacer frente a los retos integración de estos macrodatos moleculares. [...]

2020-21
Máster Universitario en Bioinformática / Bioinformatics [1112]
3 documentos
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22 p, 864.7 KB Shedding light on the chromatin changes that modulate shade responses / Martínez García, Jaime F (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Moreno Romero, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Perception of vegetation proximity or plant shade informs of potential competition for resources by the neighboring vegetation. As vegetation proximity impacts on both light quantity and quality, perception of this cue by plant photoreceptors reprograms development to result in responses that allow plants to compete with the neighboring vegetation. [...]
2020 - 10.1111/ppl.13101
Physiologia Plantarum, Vol. 169, Issue 3 (July 2020) , p. 407-417  
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4 p, 101.4 KB Genòmica [42925] / Ruíz Panadero, Alfredo ; Barbadilla Prados, Antoni ; Martínez Urtaza, Jaime ; Negre de Bofarull, Bárbara ; Puig Font, Marta ; Casillas Viladerrams, Sònia ; Universitat Autònoma de Barcelona. Facultat de Biociències
L'objectiu general de l'assignatura és proporcionar als estudiants una visió general de la genòmica, inclosos els fonaments, tècniques i aplicacions actuals. Els objectius específics són la comprensió dels següents aspectes: la diversitat i la complexitat dels genomes eucariotes, la perspectiva històrica i evolutiva del contingut genòmic, el significat i les conseqüències de la variabilitat intraespecífica, tècniques comunament emprades en estudis de genòmica i transcriptòmica i aplicacions derivades del coneixement proporcionat. [...]
El objetivo general de la asignatura es proporcionar a los estudiantes una visión general de la genómica, incluidos los fundamentos, las técnicas actuales y las aplicaciones. Los objetivos específicos incluyen comprender los siguientes aspectos: la diversidad y complejidad de los genomas eucariotas, la perspectiva histórica y evolutiva del contenido genómico, el significado y las consecuencias de la variabilidad intraespecífica, las técnicas comúnmente empleadas en los estudios de genómica y transcriptómica y las aplicaciones derivadas del conocimiento proporcionado. [...]

2020-21
Màster Universitari en Genètica Avançada / Advanced Genetics [1156]
3 documentos
6.
11 p, 2.1 MB mcr -Colistin Resistance Genes Mobilized by IncX4, IncHI2, and IncI2 Plasmids in Escherichia coli of Pigs and White Stork in Spain / Migura-Garcia, Lourdes (Universitat Autònoma de Barcelona. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ; González-López, Juan J. (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ; Martinez-Urtaza, Jaime (Centre for Environment, Fisheries and Aquaculture Science (CEFAS)) ; Aguirre Sánchez, J. R. (Health and Biotechnology (SaBio) Group, Instituto de Investigación en Recursos Cinégéticos IREC (CSIC-UCLM-JCCM)) ; Moreno-Mingorance, A. (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ; Perez de Rozas, A. (Universitat Autònoma de Barcelona. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ; Höfle, Ursula (Health and Biotechnology (SaBio) Group, Instituto de Investigación en Recursos Cinégéticos IREC (CSIC-UCLM-JCCM)) ; Ramiro, Y. (Health and Biotechnology (SaBio) Group, Instituto de Investigación en Recursos Cinégéticos IREC (CSIC-UCLM-JCCM)) ; Gonzalez-Escalona, Narjol (Food and Drug Administration)
Colistin has become the last-line antimicrobial for the treatment of multidrug resistant (MDR) Enterobacterales in human medicine. To date, several colistin resistance genes have been described. Of them mcr -1 is disseminated worldwide in Escherichia coli of human and animal origin. [...]
2020 - 10.3389/fmicb.2019.03072
Frontiers in microbiology, Vol. 10 (january 2020)  
7.
15 p, 565.4 KB A novel high-throughput in vivo molecular screen for shade avoidance mutants identifies a novel phyA mutation / Wang, Xuewen (Royal Holloway University of London. School of Biological Sciences) ; Roig-Villanova, Irma (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Khan, Safina (Royal Holloway University of London. School of Biological Sciences) ; Shanahan, Hugh (Royal Holloway University of London. Department of Computer Science) ; Quail, Peter H. (UC Berkeley. Department of Plant and Microbial Biology) ; Martínez García, Jaime F (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Devlin, Paul F. (Royal Holloway University of London. School of Biological Sciences)
The shade avoidance syndrome (SAS) allows plants to anticipate and avoid shading by neighbouring plants by initiating an elongation growth response. The phytochrome photoreceptors are able to detect a reduction in the red:far red ratio in incident light, the result of selective absorption of red and blue wavelengths by proximal vegetation. [...]
2011 - 10.1093/jxb/err062
Journal of experimental botany, Vol. 62, Issue 8 (May 2011) , p. 2973-2987  
8.
49 p, 1.8 MB Photoreceptor Activity Contributes to Contrasting Responses to Shade in Cardamine and Arabidopsis Seedlings / Molina-Contreras, Maria José (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Paulišić, Sandi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Then, Christiane (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Moreno Romero, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pastor Andreu, Pedro (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Morelli, Luca (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Roig-Villanova, Irma (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Jenkins, Huw (University of Oxford) ; Hallab, Asis (Max Planck Institute) ; Gan, Xiangchao (Max Planck Institute) ; Gómez-Cadenas, Aurelio (Universitat Jaume I) ; Tsiantis, Miltos (Max Planck Institute) ; Rodríguez Concepción, Manuel (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Martínez García, Jaime F (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Plants have evolved two major ways to deal with nearby vegetation or shade: avoidance and tolerance. Moreover, some plants respond to shade in different ways; for example, Arabidopsis thaliana undergoes an avoidance response to shade produced by vegetation, but its close relative Cardamine hirsuta tolerates shade. [...]
2019 - 10.1105/tpc.19.00275
The Plant Cell, Vol. 31 (Nov. 2019) , p. 2649-2663  
9.
33 p, 1.8 MB Chloroplasts modulate elongation responses to canopy shade by retrograde pathways involving HY5 and abscisic acid / Ortiz-Alcaide, Miriam (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Llamas, Ernesto (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Gómez-Cadenas, Aurelio (Universitat Jaume I) ; Nagatani, Akira (Kyoto University) ; Martínez García, Jaime F (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Rodríguez Concepción, Manuel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Plants use light as energy for photosynthesis but also as a signal of competing vegetation. Using different concentrations of norflurazon and lincomycin, we found that the response to canopy shade in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) was repressed even when inhibitors only caused a modest reduction in the level of photosynthetic pigments. [...]
2019 - 10.1105/tpc.18.00617
The Plant Cell, Vol. 31, issue 2 (Feb. 2019) , p. 384-398  
10.
153 p, 2.6 MB Mechanistic and genetic regulation of plant responses to vegetation proximity : the roles of DRACULA2 and HFR1 / Paulišić, Sandi ; Martínez García, Jaime F., dir. ; Poshenrieder Wiens, Carlota, dir. ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia
La luz proporciona energía para la fotosíntesis e información sobre el medio ambiente circundante. La información lumínica avisa de situaciones desafiantes, como la proximidad de la vegetación y la sombra, que requiere de la planta una red de señalización que proporcione respuestas rápidas y ajustadas para adaptar el desarrollo, respuestas que conjuntamente conforman el síndrome de huida de la sombra. [...]
Light provides essential energy for plant photosynthesis and information about the surrounding environment. Light challenging conditions, such as vegetation proximity and shade, require fast response and a fine-tuned signalling network to properly adapt plant development. [...]

[Bellaterra] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2018.  

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