Results overview: Found 8 records in 0.02 seconds.
Articles, 7 records found
Research literature, 1 records found
Articles 7 records found  
1.
17 p, 7.4 MB The impact of chromosomal fusions on 3D genome folding and recombination in the germ line / Vara González, Covadonga (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Paytuví-Gallart, Andreu (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ; Cuartero, Yasmina (Centre de Regulació Genòmica) ; Álvarez-González, Lucía (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Marin Gual, Laia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ; García, Francisca (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Cultius Cel·lulars, Producció d'Anticossos i Citometria) ; Florit-Sabater, Beatriu (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Capilla, Laia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia) ; Sanchéz-Guillén, Rosa Ana (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Sarrate Navas, Zaida (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ; Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech) ; Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech) ; Searle, Jeremy B. (Cornell University. Department of Ecology and Evolutionary Biology) ; Ventura Queija, Jacinto (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia) ; Marti-Renom, Marc A. (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ; Le Dily, François (Centre de Regulació Genòmica) ; Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
The spatial folding of chromosomes inside the nucleus has regulatory effects on gene expression, yet the impact of genome reshuffling on this organization remains unclear. Here, we take advantage of chromosome conformation capture in combination with single-nucleotide polymorphism (SNP) genotyping and analysis of crossover events to study how the higher-order chromatin organization and recombination landscapes are affected by chromosomal fusions in the mammalian germ line. [...]
2021 - 10.1038/s41467-021-23270-1
Nature communications, Vol. 12 (May 2021) , art. 2981  
2.
43 p, 3.9 MB LOXL2-mediated H3K4 oxidation reduces chromatin accessibility in triple-negative breast cancer cells / Cebrià Costa, Joan Pau (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ; Pascual Reguant, Laura (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ; Gonzalez-Perez, Abel (Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona)) ; Serra-Bardenys, Gemma (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ; Querol, Jessica (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ; Cosín Tomás, Marc (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ; Verde, Gaetano (Universitat Internacional de Catalunya. Facultat de Ciències de la Salut) ; Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech SL) ; Sanseverino, Walter. (Sequentia Biotech SL) ; Segura-Bayona, Sandra (Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona)) ; Iturbide, Ane (Institute of Epigenetics and Stem Cells) ; Andreu Martínez, David (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut) ; Nuciforo, Paolo. (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ; Bernadó Morales, Cristina (Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer) ; Rodilla, Verónica (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia) ; Arribas, Joaquín V (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ; Yélamos, José (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ; Garcia de Herreros, Antonio (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ; Stracker, Travis H. (Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona)) ; Peiró, Sandra (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia)
Oxidation of H3 at lysine 4 (H3K4ox) by lysyl oxidase-like 2 (LOXL2) generates an H3 modification with an unknown physiological function. We find that LOXL2 and H3K4ox are higher in triple-negative breast cancer (TNBC) cell lines and patient-derived xenografts (PDXs) than those from other breast cancer subtypes. [...]
2020 - 10.1038/s41388-019-0969-1
Oncogene, Vol. 39 (2020) , p. 79-121  
3.
13 p, 1.7 MB Distribution, characteristics, and regulatory potential of long noncoding RNAs in brown-rot fungi / Borgognone, Alessandra (Sequentia Biotech) ; Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech) ; Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech) ; Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Long noncoding RNAs have been thoroughly studied in plants, animals, and yeasts, where they play important roles as regulators of transcription. Nevertheless, almost nothing is known about their presence and characteristics in filamentous fungi, especially in basidiomycetes. [...]
2019 - 10.1155/2019/9702342
International journal of genomics, Vol. 2019 (May 2019) , art. 9702342  
4.
26 p, 7.4 MB Three-dimensional genomic structure and cohesin occupancy correlate with transcriptional activity during spermatogenesis / Vara González, Covadonga (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Paytuví-Gallart, Andreu (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Cuartero, Yasmina (Centre de Regulació Genòmica) ; Le Dily, François (Centre de Regulació Genòmica) ; García, Francisca (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Cultius Cel·lulars, Producció d'Anticossos i Citometria) ; Salvà Castro, Judith (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ; Gomez Hernández, Laura (Centro de Investigación del Cáncer) ; Julià, Eva (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ; Moutinho, Catia (Centre de Regulació Genòmica) ; Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech) ; Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech) ; Fornas, Òscar (Centre de Regulació Genòmica) ; Martín Pendas, Alberto (Centro de Investigación del Cáncer) ; Heyn, Holger (Centre de Regulació Genòmica) ; Waters, Paul D. (University of New South Wales. School of Biotechnology and Biomolecular Sciences) ; Martí Renom, Marc A. (Centre de Regulació Genòmica) ; Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Mammalian gametogenesis involves dramatic and tightly regulated chromatin remodeling, whose regulatory pathways remain largely unexplored. Here, we generate a comprehensive high-resolution structural and functional atlas of mouse spermatogenesis by combining in situ chromosome conformation capture sequencing (Hi-C), RNA sequencing (RNA-seq), and chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) of CCCTC-binding factor (CTCF) and meiotic cohesins, coupled with confocal and super-resolution microscopy. [...]
2019 - 10.1016/j.celrep.2019.06.037
Cell reports, Vol. 28, issue 2 (Jul. 2019) , p. 352-367  
5.
39 p, 1.2 MB Transcriptome analysis of non-ochratoxigenic Aspergillus carbonarius strains and interactions with other ochratoxigenic black aspergilli / Castellá, Gemma ; Bragulat, M. Rosa ; Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech SL) ; Cabañes Sáenz, Francisco Javier
Aspergillus carbonarius consistently produces large amounts of ochratoxin A (OTA), a mycotoxin with nephrotoxic effects on animals and humans. In the present study, we analyzed the transcriptional changes associated to OTA production in three atypical non-ochratoxigenic strains of A. [...]
2020 - 10.1016/j.ijfoodmicro.2019.108498
International Journal of Food Microbiology, Núm. 317 (January 2020)  
6.
7 p, 990.3 KB Rapid genome resequencing of an atoxigenic strain of Aspergillus carbonarius / Cabañes Sáenz, Francisco Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech SL) ; Castellá, Gemma (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Bragulat, M. Rosa (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech SL) ; Sánchez Bonastre, Armando (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
In microorganisms, Ion Torrent sequencing technology has been proved to be useful in whole-genome sequencing of bacterial genomes (5 Mbp). In our study, for the first time we used this technology to perform a resequencing approach in a whole fungal genome (36 Mbp), a non-ochratoxin A producing strain of Aspergillus carbonarius. [...]
2015 - 10.1038/srep09086
Scientific reports, Vol. 5 (2015) , art. 9086  
7.
9 p, 1.8 MB An improved assembly and annotation of the melon (Cucumis melo L.) reference genome / Ruggieri, Valentino (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Alexiou, Konstantinos G. (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Argyris, Jason (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pujol Abajo, Marta (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Yano, Ryoichi (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ; Nonaka, Satoko (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ; Ezura, Hiroshi (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ; Latrasse, David (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Boualem, Adnane (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Benhamed, Moussa (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Bendahmane, Abdelhafid (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech SL) ; Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech SL) ; Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
We report an improved assembly (v3. 6. 1) of the melon (Cucumis melo L. ) genome and a new genome annotation (v4. 0). The optical mapping approach allowed correcting the order and the orientation of 21 previous scaffolds and permitted to correctly define the gap-size extension along the 12 pseudomolecules. [...]
2018 - 10.1038/s41598-018-26416-2
Scientific reports, Vol. 8 (May 2018) , art. 8088  

Research literature 1 records found  
1.
192 p, 7.0 MB Development and application of integrative tools for the functional and structural analyses of genomes / Paytuví Gallart, Andreu ; Ruiz-Herrera Moreno, Aurora, dir. ; Aiese Cigliano, Riccardo, dir. ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia
Des del desenvolupament de la seqüenciació de Sanger l'any 1977, els avenços tecnològics han revolucionat el camp dels òmiques. Els projectes de seqüenciació a gran escala han generat una enorme quantitat de dades que han motivat el desenvolupament d'eines bioinformàtiques per a la integració, organització i interpretació d'aquestes dades. [...]
Since the development of the Sanger sequencing in 1977, technological advances have revolutionized the -omics field. Large-scale sequencing projects have resulted in the generation of an enormous amount of data that have motivated the development of bioinformatics tools for its integration, organization and interpretation. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2019  

See also: similar author names
Interested in being notified about new results for this query?
Set up a personal email alert or subscribe to the RSS feed.