Results overview: Found 10 records in 0.02 seconds.
Articles, 5 records found
Research literature, 5 records found
Articles 5 records found  
1.
11 p, 1.1 MB Optimized next-generation sequencing genotype-haplotype calling for genome variability analysis / Navarro Fernández, Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Nevado, Bruno (University of Oxford. Department of Plant Sciences) ; Hernández Budé, Porfidio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The accurate estimation of nucleotide variability using next-generation sequencing data is challenged by the high number of sequencing errors produced by new sequencing technologies, especially for nonmodel species, where reference sequences may not be available and the read depth may be low due to limited budgets. [...]
2017 - 10.1177/1176934317723884
Evolutionary bioinformatics online, Vol. 13, (August 2017) , p. 1-11  
2.
6 p, 1.2 MB Approaching long genomic regions and large recombination rates with msParSm as an alternative to MaCS / Montemuiño, Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Espinosa Morales, Antonio Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Moure, Juan C (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Hernández Budé, Porfidio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The msParSm application is an evolution of msPar, the parallel version of the coalescent simulation program ms, which removes the limitation for simulating long stretches of DNA sequences with large recombination rates, without compromising the accuracy of the standard coalescence. [...]
2016 - 10.4137/EBO.S40268
Evolutionary bioinformatics online, Vol. 12 (Oct. 2016) , p. 223-228  
3.
45 p, 1.8 MB Hybrid Message Pessimistic Logging : improving current pessimistic message logging protocols / Meyer, Hugo Daniel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Muresano Cáceres, Ronal Roberto (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Castro León, Marcela (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Rexachs del Rosario, Dolores Isabel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Luque, Emilio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
With the growing scale of HPC applications, there has been an increase in the number of interruptions as a consequence of hardware failures. The remarkable decrease of Mean Time Between Failures (MTBF) in current systems encourages the research of suitable fault tolerance solutions. [...]
2017 - 10.1016/j.jpdc.2017.02.003
Journal of parallel and distributed computing, Vol. 104 (2017) , p. 206-222  
4.
11 p, 1.2 MB Using AWS EC2 as Test-Bed infrastructure in the I/O system configuration for HPC applications / Gómez Sánchez, Pilar (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Encinas, Diego (Universidad Nacional de la Plata. Instituto de Investigación en Informática) ; Panadero Martínez, Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Bezerra, Aprigio (Universidade Estadual de Santa Cruz. Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas) ; Méndez, Sandra (Leibniz Supercomputing Centre) ; Naiouf, Marcelo (Universidad Nacional de la Plata. Instituto de Investigación en Informática) ; De Giusti, Armando (Universidad Nacional de la Plata. Instituto de Investigación en Informática) ; Rexachs del Rosario, Dolores Isabel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Luque, Emilio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
In recent years, the use of public cloud platforms as infrastructure has been gaining popularity in many scientific areas and High Performance Computing (HPC) is no exception. These kinds of platforms can be used by system administrators as Test-Bed systems for evaluating and detecting performance inefficiencies in the I/O subsystem, and for taking decisions about the configuration parameters that have influence on the performance of an application, without compromising the performance of the production HPC system. [...]
2016
Journal of computer science & technology, Vol. 16, Issue 2 (Nov. 2016) , p. 65-75  
5.
9 p, 1.1 MB Predicting robustness against transient faults of MPI based programs / Dias Lima Gramacho, João Artur (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Wong, Álvaro (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Rexachs del Rosario, Dolores Isabel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Luque, Emilio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
The evaluation of a program's behaviour in the presence of transient faults is often a very time consuming work. In order to achieve significant data, thousands of executions are required and each execution will have the significant overhead of the fault injection environment. [...]
2016 - 10.1504/IJCSE.2016.076218
International journal of computational science and engineering, Vol. 12, Issue 2/3 (2016) , p. 155-165  

Research literature 5 records found  
1.
13 p, 583.2 KB Accelerating Operational Earth System Models using GPUs : portability of NEMO diagnostics to GPU's / Palomas Martinez, Sergi ; Grau Sala, Ramon, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
Earth science models are widely used in meteorological institutions and universities for weather and climate prediction studies. The complexity of the chaotic equations used and the amount of data needed to achieve a good accuracy on the simulation demand a computational power only found in clusters. [...]
Els models de ciències de la terra són àmpliament utilitzats en institucions meteorològiques i universitats per estudis de predicció climàtica. La complexitat de les equacions caòtiques i la quantitat de dades necessària per aconseguir una predicció acurada per les simulacions requereix una potència de càlcul només assolible en clústers com per exemple el Marenostrum 4. [...]
Los modelos de ciencias de la tierra son ampliamente utilizados en instituciones meteorológicas y universidades para estudios de predicción climática. La complejidad de las ecuaciones caóticas y la cantidad de datos necesaria para conseguir una predicción precisa para las simulaciones requiere una potencia de cálculo sólo alcanzable en clústeres como el Marenostrum 4. [...]

2019-07-01
Enginyeria Informàtica [958]  
2.
12 p, 295.7 KB Extensió del plugin de sintonització dels paràmetres de MPI de l'eina PTF / Caballol Carrasco, Jordi ; Sikora, Anna, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
Actualment la computació d'altes prestacions és una part important en moltes disciplines. Aquestes aplicacions cada cop són més complexes i, per tant, necessiten més rendiment. Per a intentar aconseguir aquest rendiment és molt important optimitzar i ajustar correctament les aplicacions. [...]
Nowadays high performance computing is an important part of some disciplines. These applications are becoming more and more complex, therefore, they need a better performance. In order to try to get this better performance is very important to optimize and adjust correctly the applications. [...]
Actualmente la computación de altas prestaciones es una parte importante en muchas disciplinas. Estas aplicaciones son cada vez más complejas y necesitan más rendimiento. Para intentar conseguir este rendimiento es muy importante optimizar y ajustar correctamente las aplicaciones. [...]

2016-06-25
Enginyeria Informàtica [958]  
3.
6 p, 354.0 KB Paral·lelització de la simulació de la propagació d'incendis forestals / Coca Abelló, Albert ; Margalef, Tomàs, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
Els incendis forestals són un tipus de desastres naturals que cada any provoquen importants pèrdues a nivell mundial. Per a poder lluitar de la manera més eficient contra aquests desastres és de gran ajuda poder predir el comportament i evolució d'aquests incendis. [...]
Los incendios forestales son desastres naturales que cada año provocan importantes pérdidas a nivel mundial. Para poder luchar de forma más eficiente contra estos desastres es de gran ayuda poder predecir el comportamiento y la evolución de estos incendios. [...]
The wildfires are a type of natural cataclysm that every year cause important loses in the world. To help the fireman with an efficient way is very helpful predict the evolution of this wildfires. Because of that some research groups have developed different propagation models and simulators that want to predict the wildfire evolution. [...]

2016-02-11
Enginyeria Informàtica [958]  
4.
11 p, 1.1 MB Extensió del Plugin de Sintonització de Paràmetres MPI de l'eina PTF / Olmo Hernández, Alberto ; César Galobardes, Eduardo, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria
Periscope Tuning Framework es una herramienta de sintonización automática que monitoriza aplicaciones reales ejecutadas en supercomputadores con el fin de optimizar alguno de los aspectos que influyan en su rendimiento. [...]
Periscope Tuning Framework is an automatic tuning tool that monitors real applications executed in supercomputers with the aim of optimizing an specific aspect that influence their performance. This tool is composed by several plugins that make it functional and also allow it to be used by various and different types of programs and with distinctive types of optimizations. [...]
Periscope Tuning Framework és una eina de sintonització automàtica que monitoritza aplicacions reals executades en supercomputadors amb la finalitat d'optimitzar algún dels aspectes que influenciïn en el seu rendiment. [...]

2016-02-11
Enginyeria Informàtica [958]  
5.
96 p, 6.2 MB Multi-core hybrid architectures applied to forest fire spread prediction / Artés Vivancos, Tomàs ; Cortes Fité, Ana, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius) ; Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius
Els incendis forestals són un tipus de desastre natural que representa un gran repte per a la societat a causa dels seus elevats costos econòmics i humans. Amb l'objectiu d'evitar els costos derivats d'aquest desastre natural i millorar l'extinció dels mateixos, els simuladors de propagació d'incendis es poden utilitzar per intentar anticipar el comportament de l'incendi i ajudar a aconseguir una extinció de l'incendi més eficient i segura. [...]
Los incendios forestales son un tipo de catástrofe natural que representa un gran reto para sociedad debido a sus elevados costes económicos y humanos. Con el objetivo de evitar los costes derivados de dicho desastre natural y mejorar la extinción de éstos, los simuladores de propagación de incendios se pueden utilizar para intentar anticipar el comportamiento del incendio y ayudar a conseguir una extinción del incendio más eficiente y segura. [...]
Large forest fires are a kind of natural hazard that represents a big threat for the society because it implies a significant number of economic and human costs. To avoid major damages and to improve forest fire management, one can use forest fire spread simulators to predict fire behaviour. [...]

[Barcelona] : Universitat Autònoma de Barcelona, 2015  

Interested in being notified about new results for this query?
Set up a personal email alert or subscribe to the RSS feed.