|
1.
|
|
15 p, 3.5 MB |
Schlafen 12 restricts HIV-1 latency reversal by a codon-usage dependent post-transcriptional block in CD4+ T cells
/
Kobayashi-Ishihara, Mie (Keio University School of Medicine) ;
Frazão Smutná, Katarína (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida) ;
Alonso, Florencia E. (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida) ;
Argilaguet, Jordi 1977- (Unitat mixta d'investigació IRTA-UAB en Sanitat Animal. Centre de Recerca en Sanitat Animal) ;
Esteve-Codina, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ;
Geiger, Kerstin (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida) ;
Genescà Ferrer, Meritxell (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Grau Expósito, Judith (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Duran-Castells, Clara (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Rogenmoser, Selina (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida) ;
Böttcher, René (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida) ;
Jungfleisch, Jennifer (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida) ;
Oliva Miguel, Baldomero (Universitat Pompeu Fabra. Structural Bioinformatics Group) ;
Martinez, Javier P. (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida) ;
Li, Manqing (University of California San Diego. Section of Molecular Biology) ;
David, Michael (University of California San Diego. Moores Cancer Center) ;
Yamagishi, Makoto (The University of Tokyo. Graduate School of Frontier Sciences) ;
Ruiz Riol, Marta (CIBER de Enfermedades Infecciosas) ;
Brander, Christian (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ;
Tsunetsugu-Yokota, Yasuko (Tokyo University of Technology. Department of Medical Technology) ;
Buzón, Maria José (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Díez, Juana (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida) ;
Meyerhans, Andreas (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats)
Latency is a major barrier towards virus elimination in HIV-1-infected individuals. Yet, the mechanisms that contribute to the maintenance of HIV-1 latency are incompletely understood. Here we describe the Schlafen 12 protein (SLFN12) as an HIV-1 restriction factor that establishes a post-transcriptional block in HIV-1-infected cells and thereby inhibits HIV-1 replication and virus reactivation from latently infected cells. [...]
2023 -  10.1038/s42003-023-04841-y
Communications Biology, Vol. 6 (may 2023)
|
|
|
2.
|
|
16 p, 1.4 MB |
In-silico simulated prototype-patients using TPMS technology to study a potential adverse effect of sacubitril and valsartan
/
Jorba, Guillem (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut) ;
Aguirre-Plans, Joaquim (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut) ;
Junet, Valentin (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Segú-Vergés, Cristina (Anaxomics Biotech SL) ;
Ruiz, José Luis (Anaxomics Biotech SL) ;
Pujol, Albert (Anaxomics Biotech SL) ;
Fernández-Fuentes, Narcís (Universitat de Vic - Universitat Central de Catalunya. Departament de Biociències) ;
Mas, José Manuel (Anaxomics Biotech SL) ;
Oliva Miguel, Baldomero (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut)
Unveiling the mechanism of action of a drug is key to understand the benefits and adverse reactions of a medication in an organism. However, in complex diseases such as heart diseases there is not a unique mechanism of action but a wide range of different responses depending on the patient. [...]
2020 - 10.1371/journal.pone.0228926
PloS one, Vol. 15, Núm. 2 (February 2020) , art. e0228926
|
|
|
3.
|
|
9 p, 632.8 KB |
Human Albumin Impairs Amyloid β-peptide Fibrillation Through its C-terminus : From docking Modeling to Protection Against Neurotoxicity in Alzheimer's disease
/
Picón-Pagès, Pol (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular) ;
Bonet, Jaume (Universitat Pompeu Fabra. Grup de Recerca en Bioinformàtica Estructural) ;
García-García, Javier (Universitat Pompeu Fabra. Grup de Recerca en Bioinformàtica Estructural) ;
Garcia-Buendia, Joan (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular) ;
Gutiérrez, Daniela (Pontificia Universidad Católica de Chile. Departamento de Biología Celular y Molecular) ;
Valle García, Javier (Universitat Pompeu Fabra. Grup de Recerca en Proteòmica i Química de Proteïnes) ;
Gómez-Casuso, Carmen E. S. (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular) ;
Sidelkivska, Valeriya (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular) ;
Alvarez, Alejandra (Pontificia Universidad Católica de Chile. Departamento de Biología Celular y Molecular) ;
Peralvarez-Marin, Alex (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Suades, Albert (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Fernàndez-Busquets, Xavier (Barcelona Institute for Global Health (ISGlobal)) ;
Andreu Martínez, David (Universitat Pompeu Fabra. Grup de Recerca en Proteòmica i Química de Proteïnes) ;
Vicente, Rubén (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular) ;
Oliva Miguel, Baldomero (Universitat Pompeu Fabra. Grup de Recerca en Bioinformàtica Estructural) ;
Muñoz, Francisco J. (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular)
Alzheimer's disease (AD) is a neurodegenerative process characterized by the accumulation of extracellular deposits of amyloid β-peptide (Aβ), which induces neuronal death. Monomeric Aβ is not toxic but tends to aggregate into β-sheets that are neurotoxic. [...]
2019 - 10.1016/j.csbj.2019.06.017
Computational and Structural Biotechnology Journal, Vol. 17 (2019) , p. 963-971
|
|
|
4.
|
|
12 p, 2.4 MB |
The antigen-binding fragment of human gamma immunoglobulin prevents amyloid β-peptide folding into β-sheet to form oligomers
/
Valls-Comamala, Victòria (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular) ;
Guivernau, Biuse (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular) ;
Bonet, Jaume (Universitat Pompeu Fabra. Unitat de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB)) ;
Puig Font, Marta (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular) ;
Peralvarez-Marin, Alex (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Palomer, Ernest (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular) ;
Fernàndez-Busquets, Xavier (Institut de Bioenginyeria de Catalunya) ;
Altafaj, Xavier (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge) ;
Tajes, Marta (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ;
Puig-Pijoan, Albert (Parc de Salut MAR de Barcelona) ;
Vicente, Rubén (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular) ;
Oliva Miguel, Baldomero (Universitat Pompeu Fabra. Unitat de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB)) ;
Muñoz, Francisco J. (Universitat Pompeu Fabra. Laboratori de Fisiologia Molecular)
The amyloid beta-peptide (Aβ) plays a leading role in Alzheimer's disease (AD) physiopathology. Even though monomeric forms of Aβ are harmless to cells, Aβ can aggregate into β-sheet oligomers and fibrils, which are both neurotoxic. [...]
2017 - 10.18632/oncotarget.17074
Oncotarget, Vol. 8, Num. 25 (June 2017) , p. 41154-41165
|
|
|
5.
|
|
14 p, 810.6 KB |
Including Functional Annotations and Extending the Collection of Structural Classifications of Protein Loops (ArchDB)
/
Hermoso, Antoni (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Espadaler Mazo, Jordi (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Enrique Querol, Enrique (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Avilés, Francesc X. (Francesc Xavier) (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Sternberg, Michael J. E. (Imperial College. Department of Biological Sciences. Structural Bioinformatics Group) ;
Oliva Miguel, Baldomero (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ;
Fernández-Fuentes, Narcís (St. James University Hospital. Leeds Institute of Molecular Medicine)
Loops represent an important part of protein structures. The study of loop is critical for two main reasons: First, loops are often involved in protein function, stability and folding. Second, despite improvements in experimental and computational structure prediction methods, modeling the conformation of loops remains problematic. [...]
2007
Bioinformatics and biology insights, Vol. 1 (January 2007) , p. 77-90
|
|
|
6.
|
|
20 p, 6.5 MB |
FN14 and GRP94 expression are prognostic/predictive biomarkers of brain metastasis outcome that open up new therapeutic strategies
/
Martínez Aranda, Antonio (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge) ;
Hernández, Vanessa (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge) ;
Guney, Emre (Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB)) ;
Muixí, Laia (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge) ;
Foj, Rubén (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge) ;
Baixeras, Núria (Hospital Universitari de Bellvitge) ;
Cuadras, Daniel (Institut Català d'Oncologia) ;
Morros, Rosa (Institut Català d'Oncologia) ;
Urruticoechea, Ander (Institut Català d'Oncologia) ;
Gil, Miguel (Institut Català d'Oncologia) ;
Oliva Miguel, Baldomero (Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB)) ;
Moreno, Ferran (Institut Català d'Oncologia) ;
González Suarez, Eva (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge) ;
Vidal, Noemí (Hospital Universitari de Bellvitge) ;
Andreu, Xavier (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT)) ;
Seguí, Miquel A. (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT)) ;
Ballester Alabau, Rosa (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol) ;
Castellà Fernández, Eva (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol) ;
Sierra, Àngels (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge) ;
Universitat Autònoma de Barcelona.
Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular
Brain metastasis is a devastating problem in patients with breast, lung and melanoma tumors. GRP94 and FN14 are predictive biomarkers over-expressed in primary breast carcinomas that metastasized in brain. [...]
2015 - 10.18632/oncotarget.5471
Oncotarget, Vol. 6 Núm. 42 (December 2015)
|
|
|
7.
|
|
2 p, 1.3 MB |
Elongation of the C-terminal domain of an anti-amyloid β single-chain variable fragment increases its thermodynamic stability and decreases its aggregation tendency
/
Rivera Hernández, Geovanny (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Marin Argany, Marta (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Blasco Moreno, B. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Bonet, Jaume (Universitat Pompeu Fabra. Unitat de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB)) ;
Oliva Miguel, Baldomero (Universitat Pompeu Fabra. Unitat de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB)) ;
Villegas Hernández, Sandra (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Amyloid β (Aβ) immunotherapy is considered a promising approach to Alzheimer disease treatment. In contrast to the use of complete antibodies, administration of single-chain variable fragments (scFv) has not been associated with either eningoencephalitis or cerebral hemorrhage. [...]
2013 - 10.4161/mabs.25382
MAbs, Vol. 5 Issue 5 (Sep.-Oct. 2013) , p. 678-689
|
|
|
8.
|
|
8 p, 958.4 KB |
Prediction of enzyme function by combining sequence similarity and protein interactions
/
Espadaler Mazo, Jordi (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut) ;
Eswar, Narayanan (University of California. Departments of Biopharmaceutical Sciences and Pharmaceutical Chemistry) ;
Querol Murillo, Enrique (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Avilés, Francesc X. (Francesc Xavier) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular) ;
Sali, Andrej (University of California. Departments of Biopharmaceutical Sciences and Pharmaceutical Chemistry) ;
Martí Renom, Marc A. (Centro de Investigación Príncipe Felipe (València)) ;
Oliva Miguel, Baldomero (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut)
Background: A number of studies have used protein interaction data alone for protein function prediction. Here, we introduce a computational approach for annotation of enzymes, based on the observation that similar protein sequences are more likely to perform the same function if they share similar interacting partners. [...]
2008 - 10.1186/1471-2105-9-249
BMC bioinformatics, Vol. 9, N. 249 (May 2008), p. 1-8
2 documents
|
|
guest ::
email alert
or subscribe to the 
RSS feed.
