|
1.
|
|
17 p, 2.4 MB |
Quasispecies Fitness Partition to Characterize the Molecular Status of a Viral Population. Negative Effect of Early Ribavirin Discontinuation in a Chronically Infected HEV Patient
/
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Colomer-Castell, Sergi (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Campos, Carolina (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Ibañez-Lligoña, Marta (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Garcia-Cehic, D. (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Rando-Segura, Ariadna (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Adombie, Caroline Melanie (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Pintó, Rosa (Universitat de Barcelona) ;
Guix, Susana (Universitat de Barcelona) ;
Bosch, Albert (Universitat de Barcelona) ;
Domingo, Esteban (Instituto de Salud Carlos III) ;
Gallego, Isabel (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Perales Viejo, Celia (Universidad Autónoma de Madrid) ;
Cortese, Maria Francesca (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Tabernero, David (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Buti, Maria (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Riveiro Barciela, Mar (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Esteban Mur, Juan Ignacio (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Quer, Josep 1963- (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
The changes occurring in viral quasispecies populations during infection have been monitored using diversity indices, nucleotide diversity, and several other indices to summarize the quasispecies structure in a single value. [...]
2022 -  10.3390/ijms232314654
International journal of molecular sciences, Vol. 23 (november 2022)
|
|
|
2.
|
|
18 p, 2.7 MB |
Partial restoration of immune response in Hepatitis C patients after viral clearance by direct-acting antiviral therapy
/
Llorens-Revull, Meritxell (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Costafreda Salvany, Maria Isabel (Banc de Sang i Teixits (Barcelona, Catalunya)) ;
Rico, Angie (Banc de Sang i Teixits (Barcelona, Catalunya)) ;
Guerrero Murillo, Mercedes (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Soria, Maria Eugenia (Universidad Autónoma de Madrid) ;
Píriz-Ruzo, Sofía (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Vargas-Accarino, Elena (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Gabriel-Medina, Pablo (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Riveiro Barciela, Mar (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Perales Viejo, Celia (Universidad Autónoma de Madrid) ;
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Sauleda, Silvia (Banc de Sang i Teixits (Barcelona, Catalunya)) ;
Esteban Mur, Juan Ignacio (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Bes, Marta (Banc de Sang i Teixits (Barcelona, Catalunya))
HCV CD4+ and CD8+ specific T cells responses are functionally impaired during chronic hepatitis C infection. DAAs therapies eradicate HCV infection in more than 95% of treated patients. However, the impact of HCV elimination on immune responses remain controversial. [...]
2021 - 10.1371/journal.pone.0254243
PloS one, Vol. 16 (july 2021)
|
|
|
3.
|
|
20 p, 4.3 MB |
Population Disequilibrium as Promoter of Adaptive Explorations in Hepatitis C Virus
/
García-Crespo, Carlos (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Gallego, Isabel (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Soria, María Eugenia (Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz) ;
de Ávila, Ana Isabel (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Martínez-González, Brenda (Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz) ;
Vázquez-Sirvent, Lucía (Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz) ;
Lobo-Vega, Rebeca (Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz) ;
Moreno del Olmo, Elena (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Gómez, Jordi (Instituto de Parasitología y Biomedicina "López-Neyra") ;
Briones Llorente, Carlos (Centro de Astrobiología (Madrid)) ;
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Quer, Josep 1963- (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Domingo, Esteban (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Perales Viejo, Celia (Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
Replication of RNA viruses is characterized by exploration of sequence space which facilitates their adaptation to changing environments. It is generally accepted that such exploration takes place mainly in response to positive selection, and that further diversification is boosted by modifications of virus population size, particularly bottleneck events. [...]
2021 - 10.3390/v13040616
Viruses, Vol. 13 (april 2021)
|
|
|
4.
|
|
13 p, 470.0 KB |
Ultra-Deep Pyrosequencing (UDPS) Data Treatment to Study Amplicon HCV Minor Variants
/
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Esteban Mur, Juan Ignacio (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Cubero, María Dolores (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Garcia-Cehic, D. (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Perales Viejo, Celia (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Casillas, Rosario (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Alvarez-Tejado, Miguel (Roche Diagnostics, Sant Cugat del Vallès) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Guardia Massó, Jaume (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Domingo, Esteban (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona)
We have investigated the reliability and reproducibility of HCV viral quasispecies quantification by ultra-deep pyrosequencing (UDPS) methods. Our study has been divided in two parts. First of all, by UDPS sequencing of clone mixes samples we have established the global noise level of UDPS and fine tuned a data treatment workflow previously optimized for HBV sequence analysis. [...]
2013 - 10.1371/journal.pone.0083361
PloS one, Vol. 8 (december 2013)
|
|
|
5.
|
|
24 p, 2.3 MB |
An Efficient Microarray-Based Genotyping Platform for the Identification of Drug-Resistance Mutations in Majority and Minority Subpopulations of HIV-1 Quasispecies
/
Martín, Verónica (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Perales Viejo, Celia (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Fernández-Algar, María (Centro de Astrobiología (Madrid)) ;
Dos Santos, Helena G. (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Garrido, Patricia (Biotherapix (Madrid)) ;
Pernas, María (Biotherapix (Madrid)) ;
Parro, Víctor (Centro de Astrobiología (Madrid)) ;
Moreno, Miguel (Centro de Astrobiología (Madrid)) ;
García-Pérez, Javier (Instituto de Salud Carlos III) ;
Alcami, Jose (Instituto de Salud Carlos III) ;
Torán, José Luis (Biotherapix (Madrid)) ;
Abia, David (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Domingo, Esteban (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Briones Llorente, Carlos (Centro de Astrobiología (Madrid)) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
The response of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) quasispecies to antiretroviral therapy is influenced by the ensemble of mutants that composes the evolving population. Low-abundance subpopulations within HIV-1 quasispecies may determine the viral response to the administered drug combinations. [...]
2016 - 10.1371/journal.pone.0166902
PloS one, Vol. 11 (december 2016)
|
|
|
6.
|
|
19 p, 2.2 MB |
Lethal Mutagenesis of Hepatitis C Virus Induced by Favipiravir
/
de Ávila, Ana Isabel (Consejo Superior de Investigaciones Científicas) ;
Gallego, Isabel (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Soria, Maria Eugenia (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Gregori i Font, Josep (Roche Diagnostics (Sant Cugat)) ;
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Esteban Mur, Juan Ignacio (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Rice, Charles M. (The Rockefeller University) ;
Domingo, Esteban (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Perales Viejo, Celia (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Lethal mutagenesis is an antiviral approach that consists in extinguishing a virus by an excess of mutations acquired during replication in the presence of a mutagen. Here we show that favipiravir (T-705) is a potent mutagenic agent for hepatitis C virus (HCV) during its replication in human hepatoma cells. [...]
2016 - 10.1371/journal.pone.0164691
PloS one, Vol. 11 (october 2016)
|
|
|
7.
|
|
17 p, 3.0 MB |
Rare haplotype load as marker for lethal mutagenesis
/
Gregori i Font, Josep (Roche Diagnostics) ;
Soria, María Eugenia (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Gallego, Isabel (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Guerrero Murillo, Mercedes (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Esteban Mur, Juan Ignacio (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Perales Viejo, Celia (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Domingo, Esteban (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa)
RNA viruses replicate with a template-copying fidelity, which lies close to an extinction threshold. Increases of mutation rate by nucleotide analogues can drive viruses towards extinction. This transition is the basis of an antiviral strategy termed lethal mutagenesis. [...]
2018 - 10.1371/journal.pone.0204877
PloS one, Vol. 13 (october 2018)
|
|
|
8.
|
|
15 p, 3.3 MB |
Pipeline for specific subtype amplification and drug resistance detection in hepatitis C virus
/
Soria, María Eugenia (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Chen, Qian (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Garcia-Cehic, D. (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Llorens, Meritxell (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
de Ávila, Ana Isabel (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Beach, Nathan M. (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Domingo, Esteban (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Buti, Maria (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Esteban, Rafael (Esteban Mur) (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Esteban Mur, Juan Ignacio (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona) ;
Perales Viejo, Celia (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa)
Despite the high sustained virological response rates achieved with current directly-acting antiviral agents (DAAs) against hepatitis C virus (HCV), around 5-10% of treated patients do not respond to current antiviral therapies, and basal resistance to DAAs is increasingly detected among treatment-naïve infected individuals. [...]
2018 - 10.1186/s12879-018-3356-6
BMC Infectious diseases, Vol. 18 (september 2018)
|
|
|
9.
|
|
4 p, 131.8 KB |
Baseline hepatitis C virus resistance-associated substitutions present at frequencies lower than 15% may be clinically significant
/
Perales Viejo, Celia (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Chen, Qian (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Soria, Maria Eugenia (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Gregori i Font, Josep (Roche Diagnostics SL) ;
Garcia-Cehic, D. (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Nieto, Leonardo (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Castells, Lluís (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) ;
Imaz, Arkaitz (Hospital Universitari de Bellvitge) ;
Llorens-Revull, Meritxell (Hospital Universitari Vall d'Hebron) ;
Domingo, Esteban (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Buti, Maria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Medicina) ;
Esteban Mur, Juan Ignacio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Medicina) ;
Rodríguez Frías, Francisco (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Medicina) ;
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Medicina)
Controversy is ongoing about whether a minority mutant present at frequencies below 15% may be clinically relevant and should be considered to guide treatment. Resistance-associated substitution (RAS) studies were performed in patients before and at failure of antiviral treatments using Next-generation hepatitis C virus (HCV) sequencing (NGS). [...]
2018 - 10.2147/IDR.S172226
Infection and drug resistance, Vol. 11 (november 2018) , p. 2207-2210
|
|
|
10.
|
|
17 p, 839.2 KB |
Molecular and Functional Bases of Selection against a Mutation Bias in an RNA Virus
/
de la Higuera, Ignacio (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Ferrer-Orta, Cristina (Institut de Biologia Molecular de Barcelona) ;
de Ávila, Ana Isabel (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Perales Viejo, Celia (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca) ;
Sierra, Macarena (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Singh, Kamalendra (Christopher S. Bond Life Sciences Center, University of Missouri) ;
Sarafianos, Stefan G. (Christopher S. Bond Life Sciences Center, University of Missouri) ;
Dehouck, Yves (Machine Learning Group, Université Libre de Bruxelles (ULB)) ;
Bastolla, Ugo (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Verdaguer, Nuria (Institut de Biologia Molecular de Barcelona) ;
Domingo, Esteban (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
The selective pressures acting on viruses that replicate under enhanced mutation rates are largely unknown. Here, we describe resistance of foot-and-mouth disease virus to the mutagen 5-fluorouracil (FU) through a single polymerase substitution that prevents an excess of A to G and U to C transitions evoked by FU on the wild-type foot-and-mouth disease virus, while maintaining the same level of mutant spectrum complexity. [...]
2017 - 10.1093/gbe/evx075
Genome biology and evolution, Vol. 9 (may 2017) , p. 1212-1228
|
|
guest ::
email alert
or subscribe to the 
RSS feed.
