Population structure of eleven Spanish ovine breeds and detection of selective sweeps with BayeScan and hapFLK
Manunza, Arianna (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Cardoso, Tainã Figueiredo (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Noce, Antonia (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Martinez, Amparo (Universidad de Córdoba. Departamento de Genética)
Pons Barro, Agueda (Servei de Millora Agrària i Pesquera (SEMILLA))
Bermejo Asensio, Luis Alberto (Universidad de La Laguna)
Landi, Vincenzo (Universidad de Córdoba. Departamento de Genética)
Sánchez Bonastre, Armando (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Jordana i Vidal, Jordi (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Delgado Bermejo, Juan Vicente (Universidad de Córdoba. Departamento de Genética)
Adán Belmonte, Silvia (Federación de Razas Autóctonas de Galicia (BOAGA))
Capote, Juan (Instituto Canario de Investigaciones Agrarias)
Vidal i Fàbrega, Oriol (Universitat de Girona. Departament de Biologia)
Ugarte Sagastizabal, Eva (Neiker-Tecnalia)
Arranz Santos, Juan José (Universidad de León. Departamento de Producción Animal)
Calvo Lacosta, Jorge Hugo (Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón)
Casellas Vidal, Joaquim (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Amills i Eras, Marcel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)

Fecha:	2016
Resumen:	The goals of the current work were to analyse the population structure of 11 Spanish ovine breeds and to detect genomic regions that may have been targeted by selection. A total of 141 individuals were genotyped with the Infinium 50 K Ovine SNP BeadChip (Illumina). We combined this dataset with Spanish ovine data previously reported by the International Sheep Genomics Consortium (N = 229). Multidimensional scaling and Admixture analyses revealed that Canaria de Pelo and, to a lesser extent, Roja Mallorquina, Latxa and Churra are clearly differentiated populations, while the remaining seven breeds (Ojalada, Castellana, Gallega, Xisqueta, Ripollesa, Rasa Aragonesa and Segureña) share a similar genetic background. Performance of a genome scan with BayeScan and hapFLK allowed us identifying three genomic regions that are consistently detected with both methods i. e. Oar3 (150-154 Mb), Oar6 (4-49 Mb) and Oar13 (68-74 Mb). Neighbor-joining trees based on polymorphisms mapping to these three selective sweeps did not show a clustering of breeds according to their predominant productive specialization (except the local tree based on Oar13 SNPs). Such cryptic signatures of selection have been also found in the bovine genome, posing a considerable challenge to understand the biological consequences of artificial selection.
Ayudas:	Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2015-0533
Nota:	Altres ajuts: grant (RZ2011-00015-C03-01) from the Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Materia:	Animals ; Cluster Analysis ; Genetic Variation ; Genetics, Population ; Genotype ; Genotyping Techniques ; Selection, Genetic ; Sheep ; Spain
Publicado en:	Scientific reports, Vol. 6 (June 2016) , art. 27296, ISSN 2045-2322

DOI: 10.1038/srep27296
PMID: 27272025

10 p, 860.4 KB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias > CRAG (Centro de Investigación en Agrigenómica)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados