SeqBreed : a python tool to evaluate genomic prediction in complex scenarios
Perez-Enciso, Miguel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Ramírez-Ayala, Lino César (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Zingaretti, Laura M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Fecha:	2020
Resumen:	Background: Genomic prediction (GP) is a method whereby DNA polymorphism information is used to predict breeding values for complex traits. Although GP can significantly enhance predictive accuracy, it can be expensive and difficult to implement. To help design optimum breeding programs and experiments, including genome-wide association studies and genomic selection experiments, we have developed SeqBreed, a generic and flexible forward simulator programmed in python3. Results: SeqBreed accommodates sex and mitochondrion chromosomes as well as autopolyploidy. It can simulate any number of complex phenotypes that are determined by any number of causal loci. SeqBreed implements several GP methods, including genomic best linear unbiased prediction (GBLUP), single-step GBLUP, pedigree-based BLUP, and mass selection. We illustrate its functionality with Drosophila genome reference panel (DGRP) sequence data and with tetraploid potato genotype data. Conclusions: SeqBreed is a flexible and easy to use tool that can be used to optimize GP or genome-wide association studies. It incorporates some of the most popular GP methods and includes several visualization tools. Code is open and can be freely modified. Software, documentation, and examples are available at https://github. com/miguelperezenciso/SeqBreed.
Ayudas:	Ministerio de Economía y Competitividad AGL2016-78709-R Ministerio de Economía y Competitividad BFU2016-77236-P Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2015-0533
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicado en:	Genetics Selection Evolution, Vol. 52 (February 2020) , art. 7, ISSN 0999-193X

DOI: 10.1186/s12711-020-0530-2
PMID: 32039696

9 p, 1.4 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias > CRAG (Centro de Investigación en Agrigenómica)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados